同治帝亲自主持朝政以后，一年以内，倒也不敢懈怠，全都用心处理。只是他的性格很刚强，和慈禧太后很相似。慈禧太后虽然已经把政权交出去了，但遇到有些军国大事，仍然让太监秘密打探，打探以后，就会把同治帝叫去批评一顿，问他为什么不来报告。偏偏同治帝也很倔强，心想母后已经把政权交给我了，为什么还来干涉？母后让他禀报，他就更加隐瞒，因此母子之间，反而产生了矛盾。
只有慈安太后静养深宫，什么事都不问，而且每次同治帝去拜见的时候，总是和颜悦色，没有心情不好的时候。同治帝因为她和蔼可亲，所以经常去拜见，跟自己的亲娘反而变得生疏了。
慈禧太后更加不高兴了，有时候就把皇后叫去，命令她劝劝同治帝。皇后虽然连连答应，但心里却跟同治帝的心思差不多。花前月下，私语喁喁，竟然把慈禧太后所说的话全部告诉了同治帝，惹得同治帝更生气了。背后说话，难免有疏漏，消息传到了慈禧太后耳里，索性迁怒于皇后，恨她恨得咬牙切齿。
同治帝也心情不好，太监文喜、桂宝等人就想替同治帝解忧，于是怂恿同治帝重建圆明园。这个建议正中同治帝的下怀，自然立刻批准，接着就命令总管内务府选好日子尽快开工。下达的命令里面却说是预备让两宫皇太后用来休息的，以方便颐养天年，自己也算尽一下孝。其实暗地里打的算盘和当年咸丰帝是一样的。
只有恭亲王奕䜣关心国家大事，暗想国家已经出现财政赤字了，还怎么能大兴土木呢？于是就进谏同治帝，请他停止。同治帝一番高兴，被老头儿出来这么一啰唆，心里很不自在。恭亲王奕䜣仍然唠唠叨叨，拿古往今来的好皇帝来劝说，说要怎么节俭，要怎么勤劳，说个没完。结果惹得同治帝暴跳如雷，就说：“修建圆明园，就是为了让两宫太后享享清福。我记得孟子说过：‘尊亲之至，莫大乎以天下养。’我现在建造个小园子，就是为了奉养两位太后，叔叔却说这样做不好，我还真是不信了。”奕䜣还想再劝说，同治帝怒形于色，站起来一甩袖子，走到里面去了。奕䜣只好退出来。
事有凑巧，奕䜣刚退出宫门，他儿子载澂就进宫来见同治帝了。载澂曾在宏德殿伴读，自小就跟同治帝关系不错，等到同治帝亲政，退朝有闲暇的时候，经常让载澂自由出入宫里，聊天解闷。这天载澂求见，太监急忙报告了同治帝，偏偏同治帝不让他进去。
载澂莫名其妙，仍旧像平时一样开玩笑，说：“皇上平时非常豁达，怎么今天摆起架子来了？”说完，扬长而去。太监就把载澂说的话全部报告了。
同治帝大怒说：“他老子刚刚来嘚瑟了一把，没想到他又过来嘚瑟。他说我摆架子，我就摆给他看。”
于是立刻宣召军机大臣、大学士文祥进见。文祥奉旨进去，同治帝说：“恭王奕䜣对我无礼，他儿子载澂更加不像话，我打算将他们俩全都赐死，叫你进来草拟个命令。”
文祥不听不要紧，一听这个命令，连忙跪下，只是不停地磕头。同治帝说：“你干什么？”
文祥说：“恭、恭亲王奕、奕䜣一向勤劳认真，就算他犯了罪，也恳求皇上赦免他！”
同治帝冷笑一声说：“我明白了！你们都是他的党羽，所以事事维护他。”
文祥又磕了几个头，随口回答说：“奴才不、不敢。”
同治帝又说：“如果让他死有点太重的话，那就把他的官职罢免了。”
文祥到这个地步也不敢再违抗命令，就马马虎虎地弄了份命令。同治帝看完以后，点了点头，就说：“你把这份命令拿去，明天就照着这份命令宣布吧！”
文祥接旨退出，也不回府，一路跑到恭亲王家里，秘密通报了恭亲王。恭亲王也很着急，急忙找来几个心腹商量。三个臭皮匠顶个诸葛亮，一面由文祥赶紧报告了慈禧太后，一面由御史沈淮、姚百川出面写了一份报告，报告说：“皇上打算修建圆明园，奉养两位太后，这是以孝治天下的楷模，但圆明园自从被毁掉以后，所有的景观都被毁掉了，不如三海名胜，就在皇宫里，让人修建，也能很快修好。”
报告刚写好，文祥已经从宫里面出来，回去报告了恭亲王。他报告说：“草拟的命令已经交给了西太后，大概能逃过一劫。”恭亲王这才稍稍放心。
第二天，沈、姚两御史又把报告交上去。同治帝看到“便于修建的时候”，这才有些回心转意，当下就命令内阁草拟了道命令，当天宣布说：
“上次下命令让总管内务府大臣修建圆明园工程，选好日子尽快开工，本来是为了让两位太后颐养天年，我自己也能稍微尽一下孝。
“今年开工以后，听说工程量浩大，而且不是一时半会儿就能修建好的，现在国家财政艰难，经费不足，军事工作还没有搞好，各省也经常遭遇一些自然灾害。我想到这些，就不打算大兴土木，来增加老百姓的负担了，所有圆明园的工程，现在全部停止，等以后国家太平，国库充裕时，再修建好了。
“因为想到三海就在皇宫旁边，楼阁坚固，稍微进行下修理，工程也不是很大，所以就让有关大臣去查看一下三海的情况，具体怎么修理，拿出一个完整的规划方案报告上来。”
过了几天，同治帝上朝，正赶上恭王奕䜣也跟着大伙儿一块儿朝见，刚好被同治帝瞧见，官职、官服照旧，不由得诧异起来。退朝后，立刻召见文祥，问他上次已经下令把守恭亲王的官职给撤免了，怎么他一点事儿没有？
文祥没什么可以辩解的，就把问题推到西太后一个人身上，说：“西太后听说了这件事，就把命令取消了，所以恭亲王才官照当，官服照穿。”
同治帝愤怒地说：“我既然已经亲政了，你们就应该按照我的命令办事，你们就知道有我娘，难道不知道有我吗？”接着把文祥臭骂一顿，让他滚出去，立刻拿起朱笔，写了几行，让太监通知大臣们：
传令在朝廷的各位亲王大臣，我从去年正月二十六日亲政以来，每次召见恭亲王，他说话之间，有很多失礼的地方，特此罢免他亲王的职务，也不能继承了。现在就降级为郡王，仍然留在军机处办公。还有载澂也罢免贝勒郡王的头衔，算是小小的惩罚。
这道命令刚颁布，没出几个小时，西太后那里，奕䜣和文祥已经进去哭诉了。西太后安慰了他们一番，接着把同治帝叫去训斥了一顿，让他把恭亲王父子的官职还回去。气得同治帝哑口无言，只好退出去，第二天又下了一道命令：
我奉慈安端裕康庆皇太后、慈禧端祐康颐皇太后命令，昨天降旨将恭亲王革去亲王官职，不能继承，降级为郡王，并且撤免了载澂贝勒郡王的头衔，恭亲王每次汇报工作的时候，说话冲撞，本来罪有应得。
但看在他自从辅政以来，多少有些功劳的分上，所以现在就让他官复原职，连载澂的贝勒郡王头衔也一起赏还。希望他以后能深切体会朝廷的深意，引以为戒，锐意任难，不要辜负我的期望。
自从有了这道命令以后，同治帝接连好多天都心情不爽。文喜、桂宝就又想了一个办法，劝说同治帝微服私访。同治帝的命就要断送在他们俩人手里了。
北京的八大胡同以前一直是娼妓聚居的地方，花天酒地，朝廷也不管。同治帝听了文喜、桂宝的话，就带着他们两人，微服出游，到了妓院，发现享受人生乐事果然跟宫里大不一样。妓女一个个生得无比妖艳，眉挑目语，无非卖弄风骚，浅透轻颦，随处惹人怜惜。开琼筵以坐花，飞羽觞而醉月。灯红酒绿，玉软香温。既而玉山半颓，海棠欲睡，罗襦半解，芗泽先融，衣扣轻松，柔情欲醉。描不尽的媚态，说不完的绸缪。唯愿终老此乡，其他皆非乐土！
当时内务府里有一个忠心耿耿的满族官员，名叫桂庆，因为同治帝年轻好色，害怕皇帝活不长，就请求把蛊惑的太监全部开除。至于罪魁祸首，应该立刻杀掉。请求皇太后保护皇上，千万不要让他沉溺于声色之中。话说得非常真挚恳切，但同治帝不愿意听，就连西太后也不愿意听。西太后是什么用心？大概是为了偏袒太监吧。
桂庆一看劝说不动，就辞职回家了。从此，同治帝每天晚上出去寻欢作乐，逍遥快活。到了第二天早上，大臣们都上朝了，他还没有返回宫。恭亲王以下都已经听说了，但因为上次圆明园的事，谁也不敢再劝说，只是暗地里报告了慈禧太后。慈禧太后也批评了几次。
但因为同治帝一直不听，惹恼了慈禧太后，索性完全不管不问了，只是朝廷的大事让恭亲王等人格外留心。同治帝更惬意了，恰好赶上西太后四十岁生日，总算在宫里住了两天，也照旧庆贺了一下。
这年没什么重要的情况，只是跟中国通商的日本国中的小田县民和琉球国的渔民，因为航行在海上，遇到风漂到了台湾，被当地人给杀了。日本派人来诘责，清政府就说台湾地区的情况自己一直都不过问。日本就派中将西乡从道率兵赶到台湾，攻击当地居民。
福建省船政大臣沈葆桢和藩司潘蔚赶往台湾查办，说台湾是中国领土，日本不能动用武力。西乡从道哪肯答应？而且说琉球是他的保护国，所有被杀的渔民都要中国赔偿。
沈葆桢于是就写信给河北总督李鸿章，请他调派十三营，赶赴台湾防守。日本看到台湾的防御逐渐牢固，就又派专使大久保利通赶到京城，跟总理衙门交涉。当时由英使威妥玛居中调停，让中国拿出十万两白银，军费赔款四十万两白银，这才算了事，日本兵退出台湾。其实琉球一直就是中国的领土，不是日本的保护国，清政府只是让日本退兵就完了，对于这些事却都没有申明。