天津的宗教案才刚刚了结，两江总督马新贻又被刺杀了。朝廷任命李鸿章为河北总督，把曾国藩调去担任两江总督。这年曾国藩正好六十岁生日，朝廷送了他一块“勋高柱石”的匾，“福”字、“寿”字各一个，梵佛铜像一尊，玉如意一柄，蟒袍一件，还有其他一些零碎东西。
曾国藩去朝廷答谢，慈禧太后询问了一下天津的情况，然后让他迅速赶赴江南。曾国藩一一应答，随后退出，就在同治九年十月离开京城，一路上没事儿，到南京接管了所有的行政工作。
清政府的上一届总督被人刺杀，事关重大，于是就命令钦差郑敦谨南下，一块儿审问这起案件。招集了中军官、旗牌官、巡捕官、王命司、护印司、护勅司、刀斧手、捆绑手、刽子手、洋枪队、马刀队、钢叉队，弄得密密麻麻，场面壮观。曾国藩和郑敦谨一块儿审问，让人把凶犯张汶祥带上来。两边的衙役一声吆喝，就把张汶祥给推上来了，曾、郑两人先是恐吓，后是动用刑罚。
但这张汶祥毫无实供，只是说刺死马新贻，就可以消消心里的火，现在大事已了，愿意立刻受死。曾国藩又问他是什么人指使的，他就大喊说：“要刺杀马新贻的是我，把马新贻刺杀的也是我，我好汉做事好汉当，任凭你们处治就行了。”郑钦差还想引诱骗供，他索性说指使他的人，就是你们。弄得曾、郑二人无计可施，只好报告说：“这名凶犯没有人指使，应该处以极刑。”朝廷批准请求，这名罪犯就被凌迟处死。
张汶祥这家伙到底为了什么事，去刺杀马新贻？这个我们也无从考证。但据说，马新贻还没有发达的时候，曾经跟一个结义兄弟非常莫逆。后来那个结义兄弟娶了一位漂亮老婆，长得杏眼梅腮，妩媚动人，他看在眼里，羡慕得不得了。一时半会儿勾搭不上，日思夜想，差点弄出单相思病。
马新贻在官场很混得开，是个投机钻营的好手，从县官开始当起，一路稳升，没几年时间就当上了总督。当上总督以后，有了权力就可以胡作非为了。马新贻外表装出一副情深意重的样子，立刻把他结义兄弟提拔，派他到外地办公，又让他把家属搬到衙门，说是方便照顾，让他安心去办事就行了。他结义兄弟感谢不尽，急忙把家属安顿在总督衙门里。
马新贻早就摆好了迷魂阵，不怕勾搭不上别人的老婆。他结义兄弟的老婆毕竟是女人，对这种迷魂药还没有免疫力，一到了衙门，就被灌得烂醉，然后抱进寝室，宽衣解带，无所不至。等到醒来，已经生米煮成熟饭了。马新贻又使出浑身手段，女人嘛，多多少少有些势利眼，暗想马新贻是现任总督，比自己的丈夫要有钱有势，又加上脾气和相貌也比自己的丈夫要强一些。事情已经到了这一步，索性任由他摆弄，自己也乐得快活。后来马新贻更加宠爱，她也更加柔媚。天长地久有时尽，此情绵绵无绝期，真是天造地设的一对奸夫淫妇。
一年又一年，她丈夫惹动儿女情肠，多次写信请假，马新贻不但不批准，还秘密下达了一封文件，给他办事地方的长官，说他跟江洋大盗串通，证据确凿，不必审讯，可以当场杀掉。他这位结义兄弟还不知道怎么回事儿呢，脑袋已经搬家了。
消息传到省城，把马新贻乐得手舞足蹈。这次把心头大患消灭了，心想现在可以高枕无忧了。谁知道他的结义兄弟竟然有好友，听说了这件事，打抱不平，就到两江总督的衙门附近转悠，专门等着马新贻出门，假装是拦轿喊冤。然后三步并作两步走，手拿利刃，一刀扎进了马新贻的心口窝。身边的差役急忙把凶犯抓获，马新贻已经不省人事了。抬回官衙看见他情妇模模糊糊地说了句“我害了你，你害了我”后，就两眼一翻，双脚一蹬，呜呼哀哉了。他情妇一想，为了自己一个人，害死两条人命，良心发现，也悬梁自尽。
后来审问刺客，他只是说“我是好汉张汶祥，刺死了马新贻”，其他就没有一句真话了。再后来经过曾国藩和郑敦谨的复审，就像上面写的那样了。大侠干些挺牛的事，一般都不到处宣扬，这才是他们的过人之处，从这件事就可见一斑。后来有人说张汶祥是革命人物，就跟徐锡麟刺杀恩铭一样，这个恐怕就不是真的了。
同治帝即位后，忽忽悠悠，转眼过了十年，同治帝已经十七岁了。就算是寻常的百姓人家，也应该让他娶媳妇了，更何况是皇上呢！一帮满蒙官员，只要家里有女儿的，哪个不想把女儿嫁给皇上？一人得道，鸡犬升天啊。
只是慈禧太后就生了这么一个宝贝儿子，哪能不精挑细选，找个好点的儿媳妇？从同治八年起，就开始筹备大婚典礼，已经留意调查，直到十年冬天，这才挑选了几个淑女加美女。一个是状元郎、现任翰林院侍讲崇绮的女儿阿鲁特氏，一个是现任员外郎凤秀的女儿富察氏，一个是旧任知府崇龄的女儿赫舍哩氏，一个是前任都统赛尚阿的女儿，也是阿鲁特氏，才貌都差不多。
慈禧太后已经选好了，但还得跟慈安太后商量一下。慈安太后就说：“女的只要道德高尚就行，其他的都是次要的了。不知道这几个哪个品德最好，可以当皇后？”
慈禧太后说：“我听说这四个女孩儿，崇女年纪最大，今年已经十九岁，凤女年纪最轻，今年才十四岁。”
慈安太后接话说：“皇后母仪天下，还是年纪大一点的好。”慈禧太后呆了呆，接着说：“凤女虽然年轻，但据说她很贤淑。”
慈安太后就说：“立好皇后，还要选一些妃子，就让她当妃子好了。”
慈禧太后说：“那就把恭亲王奕䜣找来，让他也跟着商量一下吧！”
慈安太后点了点头，接着让太监把恭亲王给找了来。不一会儿，恭亲王过来进见，向两位太后行了礼。慈禧太后就把立皇后的事说了，恭亲王也主张立年纪大一点的。这事名正言顺，慈禧太后也不好不答应。于是清政府就在第二年春天下达了一份命令：
奉慈安皇太后、慈禧皇太后的命令，皇帝从六岁继承皇位，到现在已经十一年了。也应该选个贤惠的女人当老婆，立为皇后，以辅佐皇上在道德上的自我提升，并帮助管理宫里的事情了。现在选了翰林院侍讲的女儿阿鲁特氏，端庄贤惠，特此立为皇后，已经命令占星师预测了好日子，就在本年九月举行。所有一切采办的事情和相关事宜，特派恭亲王奕䜣、户部尚书宝鋆和各衙门共同办理。
这份命令下达以后，恭亲王等人揣摩慈禧太后的性格，知道她非常爱奢华，所以制定的礼仪也比平常多花费好几倍。正在预备的时候，忽然由江苏巡抚报告，两江总督曾国藩出缺。恭亲王吃了一惊，急忙进宫报告了两宫太后。
两宫太后也暗自叹息，就命令同治帝停止三天办公，并且下命令追赠曾国藩为太傅，按照大学士的待遇给予安葬，谥为文正，进入京城祭祀的昭忠祠、贤良祠。而且在湖南原籍、南京省城也都建立了专祠，把他一生的政绩全部交给历史工作者整理。一等侯爵让他的儿子曾纪泽继承，二儿子曾纪鸿被提拔为贡生，长孙曾广钧也被赏为举人，还有曾广钧、曾广铨等一帮子孙也都赏给员外郎、主事等职位。并派穆腾阿等人接连去祭拜。还有什么御赐的祭文碑文等，也都是翰林院给写的。实在太多，这里提供两篇：