左宗棠到了陕西，听说捻军和回族反军勾结，就报告说先剿灭捻军，后剿灭回族叛军，朝廷批准了这个建议。左宗棠就命令提督刘松山和总兵郭宝昌、刘厚基等人率军剿灭捻军，不让捻军和回族叛军会合。张总愚就从陕西进入山西，又从山西进入河南，又从河南进入河北，直接骚扰保定、深州等地，京城郊外戒严。盛京将军都兴阿奉命赶赴天津，严行防堵。并调派李鸿章率军北上，会剿西捻。李鸿章不敢迟慢，急忙传令各路兵马，启程前进。只有刘铭传因为旧伤发作，不能乘马，请假休养，所以没有参与。

李鸿章到了京城郊外南部，因为河北平原旷野，没有险峻的地方可以凭借，就下令坚壁清野，让捻军没地方掠夺食物，然后再用兜剿的办法。于是就劝说命令当地的乡民，让他们建设大寨，一遇到警报，就把粮草牲畜藏到寨子里，免得被匪徒抢走。无奈的是张总愚四处逃窜，连建大寨的时间都来不及。

第一次接仗，郭松林、潘鼎勋各军在安平城下攻破捻军；第二次接仗，河南陕西各军也赶来了，跟郭松林等会合，追击捻军到饶阳县内，杀死捻党邱德才、张五孩；第三次接仗，捻军偷渡滹沱河，郭松林、杨鼎勋兼程追到，陕军统领刘松山，豫军统领张曜、宋庆也先后赶过来，各路截击，杀死渡河的各路捻军很多，张总愚向南逃窜；第四次接仗，捻军从河北窜到河南，又从河南窜回河北，各军在滑县的大伾山堵击，又获大胜；第五次接仗，仍然在滑县，捻军用诱敌深入的计策引诱官军，记名提督陈振邦阵亡，其余的各军，也伤失不少。于是朝廷的政策也由宽变严，先是左宗棠被批评，后来李鸿章也受到官员的诘难，就连河北总督官文和河南巡抚李鹤年也都被革职留任了。

左宗棠一向脾气大，因为这次被批评，就亲自率领部队赶到京城郊外。他跟李鸿章一起商量军事问题，决定严守运防，把反贼逼到海边。计划好以后，张总愚已经去了天津，幸亏郭松林等人冒着雨忍着饿，日夜兼程跑了几百里，这才跑到捻军的前面，击败张捻，捻军这才折回。

以前张捻的计策非常厉害，他从陕西赶到京城郊外，极其迅速，本想马到成功，就立刻夺取天津塘沽，没想到淮军也日夜兼程地赶来了，经过对战，没能实现预期目标。

他又故意窜到河南，牵制淮军南下，然后迅速回去侵犯天津塘沽，出人不意，夺下了奥区。

偏偏郭松林等人跟捻军打了许多仗了，早就熟悉捻军的伎俩，预防他回来偷袭，就跟着他们一块儿向北赶，而且每次走在他们前面。一场酣斗，竟然打了胜仗，从此捻军的计谋已经失灵，转而进入运东。

李鸿章于是力主防运，打算先扼守西北运河，联筑长墙，断绝捻军的出路。正赶上郭松林等追击捻军南下，道出沧州。沧州南有捷地坝，在运河东岸，正处在减河口，可以随时开启关闭，通过蓄水可以给运河充水，降低水位还能阻击捻军过河窜往天津。

李鸿章就命令郭松林腾出潘鼎新、杨鼎勋两军来修建减河长墙八十多里，分兵扼守，天津的防御措施才得以巩固。又调派淮、直、豫、陕、皖、楚各军严守运河地带，运防也终于建好了。李鸿章又亲自率领周盛波军从德州沿运河察勘形势。他还没有回到大本营，张捻果然就率领捻军攻打减河长墙，看到淮军整队出迎，料想打不过，不战即走。到了盐山附近，突然遇到两支大军，一支是湘军刘松山部，一支是豫军张曜、宋庆部，由陕西总督左宗棠率领前来。两下对垒，张捻吃了大亏，由盐山逃走，逃到荏平、高唐境内。

因为捻军没有步军，全靠马军，每个人有三四匹马，行动迅速，一遇到敌人就逃跑，很难追上。李鸿章就命令士兵添筑长墙，一层紧一层，一步紧一步，圈地越来越紧迫，捻军的势力也越来越危急。等捻军到了沙河附近，被郭松林打探到了行踪。郭松林趁着大雨赶来袭击，走了十几里路，渡过沙河。捻军正打算带兵前进，还没排好队，突然看见官兵来了，大吃一惊，立即想骑马逃跑，无奈下雨下得道路泥泞，马走不了，这时前有郭松林，后有潘鼎新，前后夹击，马步连环进攻，无不以一当百，子弹如雨而下，呼声雷动。

捻军形势危急，官军乘势紧追，一直追到了商河城下。从沙河到商河三十里，沿路的尸体首尾相接，都可以连成一串了。张总愚仍然亲自率领黑旗队，回身打了几个回合，被官军列枪齐发，中了几发子弹，掉下马来。旁边有几十个士兵赶紧过来把他扶起来，保护着他逃跑了。这一场大战，击毙捻军两三千名，活捉了一千多名，还有五千多名向东逃跑了。

李鸿章又调派刘铭传赶赴军队，联络各路军团，把捻军逼到山东省，到了济阳境内，又杀死走在后面的二百多名捻军，活捉了捻党郑文起，剩下的捻军转而向南逃跑，窜到了黄河沿岸的老海洼，游水狂奔。各路官军也游水进逼，由水登陆，把捻军里面最骁勇的头目程二老坎、程三老坎、张锦泗、周六等人全部杀死。

张捻辗转到了德州，连番抢渡运河，都被炮船、民团击溃。著名捻匪张正邦、张正位、张可师、张九临、尹汤成、李老怀、邱麻子等人纷纷率领部下缴械投降了。张总愚再窜到商河，已经零零落落，不能组成队伍了。

刘铭传等人又率队来追，把张总愚逼到黄河运河附近，八面围攻，生擒了张总愚的爱子张葵儿、哥哥张宗道、弟弟张宗先、侄子张正江，以及捻军著名头目程四老坎、马老三、樊大等人，并把他们全都当场处决了。

张总愚在乱军队伍里逃跑了，向东北逃到骇河边，再看手下的人，一共只剩下八人，忍不住泪流满面，就下马跟八人永诀，投水而死。等到官军追过来，六人被杀，两人被活捉，西捻也就此肃清。

当下把喜讯报告上去，李鸿章、左宗棠等仍然官还原职，其余的得力干将也都按功劳给予了奖赏。军机大臣恭亲王奕䜣和文祥、宝鋆、沈桂芬等人也因为协助军事，日夜勤劳，而得到奖赏，其他的郡王、贝勒、贝子和内外文武大臣全都升官一级。又是所谓的春风化雨，四海升平了。

只有陕西、甘肃反叛的回族还没有平定，于是左宗棠去报告工作的时候，夸海口说，五年就能平定。

两宫太后非常欣慰，让他尽快赶回陕西。还有云南一带，也有反叛的回族骚扰，云贵总督潘铎被反叛的回民马荣杀死了，幸亏代理藩司岑毓英秘密安抚回族首领马如龙，合击马荣，这才一举消灭。岑毓英本来是广东西部的诸生，带领民兵赶赴云南，多次建立战功。等潘铎死后，朝廷命令劳崇光继任。劳崇光一见岑毓英，就大加赏识，把云贵的军事工作全部交给了岑毓英。正赶上苗民陶新春兄弟开始造反，岑毓英又出省剿灭，部队出去还没有回来，云南西部的首领杜文秀，聚众几十万，接连攻陷二十多城，直接侵犯省城。劳崇光急忙传令岑毓英回来救援。

岑毓英兼程返回云南，反叛的回民早就听说了他的威名，已经怕得要死，等到交战，岑军果然非常勇猛，几十个大小回营，全被岑军一一踹破。杜文秀逃回大理府，岑毓英于是晋升为云南巡抚。

两宫皇太后和同治皇上猜想陕甘、云贵一带很快就能平定，于是就把平时担惊受怕的心思收起来，开始逍遥自在了。慈安太后性格宽厚温和，还没什么；这位花容月貌，聪明伶俐的慈禧逃回，却开始放荡，宠信了一个安得海，闹出一出招摇撞骗的笑话。