捻军自从任柱死后，推选赖文洸为首领，赖文洸激励手下的士兵为任柱报仇，从赣榆县奔到海州，收拾起残余势力，打算卷土重来。正赶上清军营里又来了一员大将郭松林，郭一向隶属于李鸿章麾下，因为平苏常有功，被任命为福建陆路提督。之前因为伤病请了假，现在病好了，又回到了军营，李鸿章派马步二十营，交给他统领，让他赶赴前线抗敌。
郭松林跟刘铭传是老搭档了，自然竭力帮助，两人与潘鼎新会合后赶到海州，在上庄镇击败赖文洸，收降捻党五营头目李宗诗，又追到山东诸城县境内，路上看到有马在附近游弋，急忙让士兵迅速前进，步步为营。没走几里路，果然看见几百名捻军飞奔而来，被鼎军一阵痛击，都拍马逃走。
潘鼎新跟步军各统领说：“这是捻军惯用的伎俩，明明是引诱我们，让我们中埋伏。我们偏偏追过去，但你们一定要处处留心，如果遇到伏兵，千万不要惊慌。只要扎稳脚跟，等我的命令就行！”
诸位将领齐声答应，潘鼎新就亲自率领马军，分东西两路追过去，步军随后慢慢跟过来，一声呼哨，捻军从冈上三路压下，风卷潮涌，飘忽而来。潘鼎新从容指挥，命令前后马步两队各自严密列阵，用枪对付敌人，不能随便走动，违反命令的立刻砍头。命令一下达，各军将士就屹立不动，任凭捻军如何冲突，都只用枪来对付，捻军无计可施，所有锐气已经不战而挫。潘鼎新一看捻军已经懈怠，立刻鸣鼓进军，前面是马队，后面是步兵，纵横奔突，锐不可当，杀得捻军叫苦连天，转眼间就跑得精光。
从此赖文洸一筹莫展，就向寿光、昌邑、潍县三县交界处来回奔逃，到了潍县东北安堌，又想按照老办法，从海滩窜渡到内地。突然看见清军大队已经带兵赶来，远远看见旗子上写着一个“刘”字，知道不是以前的王心安。
赖文洸到了这时候，已经来不及逃跑了，只好仓促整顿队伍，迎战刘铭传的部队。正在交战的时候，就听见四面八方又有清军杀到，口口声声喊着要杀赖贼。赖文洸难免有些慌张，急忙冲开血路，向东狂奔，一口气跑到杞城，部队已经凌乱了，毫无纪律。突然听见前面有炮声枪声在空中响起，清军随声而来，当头拦截。
为首的一员大将，红顶花翎，跃马当前。这位大将就是郭松林。赖文洸还不知道他的厉害，立刻率军迎战，被郭松林手刃了几人，这才知道不是一般的软柿子。正打算再从原路返回的时候，谁知道刘铭传的部队也已经赶过来了。赖文洸已经陷入包围圈，不得不力战求生，就下令步队居中，马队分成两翼，恶狠狠地相扑，究竟弱不胜强，被铭、松各军追到河曲，捻军自相践踏，尸体一片狼藉。后面的捻军大都游泳逃跑了，赖文洸也侥幸逃脱。
各路官军一路跟踪追剿，直到胶州县的小南沟，趁其不备，又尽力掩杀了一阵。只剩下几个老捻匪和七八千残余势力跟着赖文洸，逃到了寿光。官军四路围攻，把赖文洸的队伍逼到了海边，圈入南、北洋河与巨弥河中间，河水很深，捻军背水死战，郭松林、杨鼎勋两军从东面攻入，刘铭传率大军从西面攻入，把捻军冲得四分五裂。
赖文洸死战了一天，眼看支撑不住，索性把马匹辎重全部扔掉，轻装向东逃跑。刘铭传让士兵不要随便拿，专心追赶，由洋河追到弥河，捻军已经零星四散，赖文洸还想冲过运防，奔到沭阳，遇到了皖军程文炳部，略打几个回合，当即折回，又到了淮安。
淮安有李昭庆、刘秉璋、黄翼升等水陆各军驻扎，赖文洸眼看冲不过去，就又窜到扬州。恰好道员吴毓兰奉了李鸿章的命令，率领淮军防御，听说捻军来了，立刻带队迎战。赖文洸不敢恋战，仍然边打边逃。清军追杀到瓦窑铺的时候，突然天下大雨，漆黑一片，打到快天明时，又杀死了几百名捻军。
只是赖文洸已经进入包围圈，无路可走，就下令放火烧老百姓的房子，想借此迷惑官军，然后趁乱逃跑。没想到吴毓兰早就提防着这一招，率军冒火搜剿，就看见火光中有一位首领，骑着黄马，手里拿着黄旗，正在指挥残余的捻军，猜想就是赖文洸，于是连发数枪，打中了赖文洸的马头，赖文洸跟马一块儿摔倒在地上。吴毓兰急忙命令亲兵赶快过去捉拿，逮了个正着。经过审讯确实是赖文洸本人，当场就给击毙了。剩下的捻军已经不过几百人，全部被消灭干净，就算有几个逃出去，也被各军给搜杀了。
东捻的各股势力，算是全部扫平了，捷报送上去，自然又是一些赏赐。李鸿章被赏赐一骑都尉世职，提督刘铭传以下，也均有赏赐。曾国藩因为筹饷有功，已经升为体仁阁大学士，这时候又加上一个云骑尉世职。一将功成万骨枯！
其中还有一位勾结捻匪的张七先生，占踞山东省肥城县的黄崖山，也被官军进山剿灭，杀得一个不留。
这位张七先生名叫张积中，本是江南仪征县人，年轻时曾读过诗书，因为屡试不中，就穷极思变，投靠到周星垣门下，拜他为师。周被称为太谷先生，修炼各种采补术，门徒很多。张积中学了五六年，完全学会了师傅的采补之术。
周星垣被江苏总督百龄抓去砍了脑袋，门下的徒弟纷纷逃走。张积中也避到了山东，听说朝廷的禁令又开始放宽，就打着传播宗教的名义招募男女教徒。有时候预测个天气什么的，还比较准，所以被迷惑的人就更多了。还有一些官员竟然也将信将疑，于是周围的人都称他为张圣人。事有凑巧，捻匪骚扰山东，他就假借筹措防御的名义，占领了黄崖山，磊石头当阵营，依靠山当堡垒。还欺骗愚昧的百姓说，北方就要发生动乱了。只有这里才能避难。因此老百姓就更信任他了，纷纷趋之若鹜。
他就装腔作势，不轻易见人，平时讲课也都是由他的弟子赵伟堂、刘耀东等人代替。姓张的就和两个女弟子，藏到密室里，也不知道在研究什么经典。这两个女弟子，一个人叫素馨，据说是周星垣的孙媳妇；一个叫蓉裳，是一个姓吴的寡妇。就在这深山里面，每个月搞两次仪式，仪式偏偏在深夜里举行，到时候香烟缭绕，整个屋里都透着一股香气。
张积中拿着剑站在当中，两个女的一身盛装站在两边，弄得非常庄严。不是本教会员，都不让观看，人们都说，这是张圣人在作法。谁知道，这家伙后来竟然勾结捻军一块儿造反。捻军失败以后，就剩这么一座孤危的黄崖山，哪里还保得住？被官军一阵乱杀，不仅张积中被杀，就连素馨、蓉裳两个女的也都下落不明，不是死了就是逃了。
话分两头，东捻失势的时候，正是西捻蔓延的时候。西捻首领张总愚从河南窜到陕西，正赶上回族反叛骚扰陕甘，就跟他勾结到一起了。
陕西回族的头目叫白彦虎，甘肃回族的头目叫马化隆。他们因为太平军造反，也跟着一块儿闹腾起来。清政府曾经赦免了胜保的罪，让他带兵去剿灭，结果一直也没有成果，后来清政府一怒之下，把胜保给弄死了，另换成了多隆阿。多隆阿接连攻破回族反军的堡垒，后来因为伤势太重而身亡，又让杨岳斌率领部队，也因为病情而请假。
西部接连接到警报，惹恼了恪靖伯左宗棠，自己请命赶去剿灭，为国家效力。两宫太后很高兴地批准了，让他立刻赶往陕甘。