钦差大臣曾国藩，因为捻军四处捣乱，决定扼守沙河、贾鲁河，把捻军逼到西南部，以便釜底抽薪。从河南周家口以下到槐店为止，属沙河；从周家口以上到朱仙镇为止，属贾鲁河。两处全都设重兵扼守。从朱仙镇以北四十里，到汴梁省城，再往北三十里，到黄河南岸，没有河可以凭借，就挖壕沟设防。从槐店以下到正阳关，仍是沙河的余流，也派重兵驻扎。
从正阳关以下都属于滨淮河，由水师与皖军会防。各处都分派布置好，免得捻军四处逃窜。布置安排好，就传令刘铭传、潘鼎新、周盛波各军分防沙河，严守要隘，遍筑墙堡。
捻首张总愚和牛老红正渡沙河南下，任柱和赖文洸也渡过淮河向南流窜。这种到处设防的方法，正好用得上。各镇官军，正打算四面围剿，没想到突然天降大雨，水势暴涨，南阳、微山等湖跟运河连成一片，各路所筑的堤墙也大都坍塌了。又加上道路泥泞，深过马腹，军中的粮食子弹运送缓慢，情报的往来也经常耽误，老百姓的房子好多都被冲跑了，饥民遍地。
捻军更嚣张了，张、牛、任、赖联合起来，从汴梁省城附近排墙而进，直接进攻豫军。豫军只有抚标二营，挡不住大股的捻匪，当即溃退。捻军越过壕沟，向东流窜。
这时刘铭传正在朱仙镇，远远看见火光靠近西北，知道豫中有情况，立刻命令乌尔图那逊带领马队向东赶去支援，唐殿魁带领步军往北面堵截。两军到了开封境内，捻军的大部队已经渡过了黄河，窜到了山东。只有几个小捻匪落在后面，被灭掉了。当下山东告警，菏泽、曹县、郓城、钜野一带纷纷求援。警报接连送到清政府，这些酒囊饭袋的大臣就接连举报诬陷曾国藩，说他年纪大了，不能再担当重任了。
这事被曾国藩知道了，非常愤怒，竟然气出病来，借此请了个病假。清政府就命令李鸿章拿着大印赶往徐州，调派湘军、淮军，防卫徐州东面，并且和山东巡抚阎敬铭一块儿商量山东的军事情况，相互策应。
等到李鸿章赶到徐州后，刘铭传、潘鼎新两军已经跟随捻军到了郓北，跟捻军开了一仗，大获全胜。捻军又折回西窜，进入河南，打算掘开黄河，阻止官军追击，正在挖河堤的时候，铭、鼎两军先后追上来了，捻军分路逃走。
张总愚从河南窜到陕西，任柱、赖文洸从河南窜到安徽，从此张称西捻，任、赖称东捻。忧谗畏讥的曾国藩已经请了好几天病假，索性又写了份报告，请求罢免自己的官职，降成一般士兵，留在军营效力。
两宫太后看在他以前的功劳上，没有答应请求，让他留在军营调理，并且给了他一个月的假期。命令李鸿章代理钦差大臣，曾国藩仍然请求辞职，希望另选别人担任。李鸿章也写报告推辞，又把分兵筹饷的两个难点说了一下。于是朝廷就把他两人的职务对调了一下，两人不敢再违抗，只好答应。
就在曾、李交换职务的时候，东捻又从安徽回到河南，从河南窜到湖北。曾国藩的弟弟曾国荃这时正担任湖北巡抚，听说东捻窜过来，立刻出兵驻守德安，写信通知钦差大臣李鸿章，调兵进剿。李鸿章急忙传令刘铭传、刘秉璋等，从周家口拔队进驻始商城，跟周盛波、张树珊各军分道进入湖北。任柱、赖文洸本想从湖北进入陕西，联合西捻，因为被曾国荃所扼守，不能前进，于是带队直趋德安，绵亘几十里。
周盛波、张树珊军正从河南驰赶过来，跟捻军开了一战，任、赖带领部下冲突，被周、张开炮，连环轰击。捻军仍然不退，前赴后继，从下午打到傍晚，打了四个小时。周、张两军放了无数大炮，遍地开花，杀死无数捻军，捻军这才转而奔向西北。
张树珊跟周盛波军东西分追，相距约有二十余里。张树珊赶到德安府境王家湾，远远看见捻军就在前面，仍然不下数万名，当即带兵追上去。到了新家闸，捻军列阵以待，张树珊分两翼夹击，亲自率领副队居中，用马队作为外护，奋勇杀入，杀死敌人无数，捻军又回头逃窜。
兵法上说“穷寇莫追”，张树珊仗着锐气，打算一举消灭敌人，仍然带兵追赶，就因为这一追，犯了兵家大忌。张树珊追出去几十里，忽然听见后面喊声大起，有大队捻军杀到，前面的捻军也转身夹击，把张军前后队冲断。张树珊久战无功，也渐渐穷困，打到半夜，仍然冲不出去，所带来的部队也都伤亡殆尽。张树珊自知难免一死，大喊着冲进敌军，杀了个够本，力尽而死。
张树珊，庐州人，是张树声兄弟，从咸丰四年，跟着哥哥到皖北带兵，隶属于李鸿章的部下，张树声以谋著称，张树珊以勇武著称，两人相辅相成，所向无敌。到了同治四年，张树声赶赴徐州上任，张树珊也已经升为右江镇总兵，这次奉命支援湖北，李鸿章也一直担心他急功冒进，就让他跟周盛波一块儿出兵。没想到张树珊偏偏孤军深入，最终堕入捻军前后夹攻的诡计。
刘铭传听说张树珊战死，急忙赶到德安，会合周盛波军，追踪进攻，在下沙港打败捻军。捻军东窜到枣阳，西折到安陆府属的尹漋河。
这时提督鲍超正驻军樊城，刘铭传就写信跟他商量，约定日期一起夹击。刘铭传军从北向南，先到尹漋河，望见捻军全都驻扎在对岸，就留下王德成、龚元友两营护守辎重，亲自率领大军渡河。到了河中间，捻军打算过来攻击，被刘铭传用炮弹打退。
刘铭传的部队上了岸，捻军不战而走，被刘铭传的部队追杀了五六里。忽然有紧急情报传来，说是捻军已经渡河抢劫了辎重。刘铭传大惊，急忙分前敌步队为三营，又令马队三营回顾后路，六营刚出发，任赖二捻竟然率人回扑铭军，刘铭传急忙分中、左、右三军迎敌。
战不多时，左军统领刘盛藻败退过河，捻军并力攻打中、右两军，中军营官李锡增中弹身亡，刘铭传也支撑不住，只好边打边退。右军统领唐殿魁被困，战死阵中，于是捻军乘势掩杀，幸亏王德成、龚元友两营沿河救应，这才保护刘铭传过了河。
捻军又渡过河追击，刘铭传正在危机万分的时候，幸好鲍超亲自率领霆军赶来救援，两军一起努力，这才把捻军杀得向安陆西路窜去。刘铭传收拾残余，伤亡士兵超过五分之一，询问王、龚两营官，这才知道抢劫辎重是捻军弄出来的谣言，专门为了扰乱刘铭传的军心。
刘铭传后悔不已，报告给清政府，请求给予处分。朝廷下令赦免了他的罪，只是惩治刘盛藻监管不力，摘掉了官帽子，撤掉了勇字招牌，让他戴罪立功。其余阵亡的将士也都相应给予补贴。
同治六年，李鸿章抵达徐州，朝廷下令让他担任湖广总督，仍然留在军营率军剿灭捻军。李鸿章接到命令后又从徐州赶到周家口，商量决定先剿灭东捻，后剿灭西捻，又因为张树珊战死，刘铭传败退的缘故，知道穷追不是办法，于是又改用曾国藩的老办法，圈地运动。听说任柱、赖文洸还在湖北四处抢劫，急忙传令各路统领陆续赶赴湖北，围攻捻军。
赖文洸非常狡猾，他跟任柱商议，从湖北窜到河南，到了信阳。刘铭传急忙率军回防，周盛波也紧随其后赶过来，两路夹击，抓住了捻党汪老魁、陈大狗、祝老伏等十八人，杀死捻军二千多名，只是阵亡了总兵刘启福。
任、赖受此重创，只好折回，转而图谋安徽，又被刘秉璋、杨鼎勋等击败。任、赖急得没法，还想下窜，被刘铭传赶到湖北边境迎头痛揍了一顿。这时正是夏天，很久没有下雨，河流都已经干涸了。人马转战疲惫，没有水就制服不了敌人。李鸿章正在担心的时候，听说捻军又进逼南阳，急忙传令刘铭传尾追，周盛波迎截，潘鼎新、刘士奇等分路兜剿。任、赖闻风向东逃窜，竟然从河南窥探山东，一天一夜走了几百里，就像一阵风一样。各路人马来不及追赶，竟然被他冲破了运防，直接到达了济宁。上次曾国藩带兵时，除了在河南省的贾鲁河、沙河两岸设防外，又在山东省的运河东岸，修堤筑墙，提防捻军东窜。河南的防御虽然被攻破，但运防仍屹然如故。