两江总督的职务由李鸿章暂时代理，另任命刘郇膏代理江苏巡抚。先是任命曾国藩为毅勇侯，曾国荃为威毅伯，官文为果威伯，左宗棠为恪靖伯，李鸿章为肃毅伯。
曾国藩害怕自己的官当的太大遭人嫉恨，这时候接到管理三省的命令，就打算推辞掉。清政府不答应，只是催促他赶紧行动，曾国藩这才服从命令。这时捻军杀了僧王，变得更加骄狂，从山东弄好木船，打算向北进攻，京城附近已经戒严了。两江代理总督李鸿章害怕河北势单力孤，就派布政使潘鼎新率领十营淮军，从海上赶赴天津，跟河北总督刘长佑会合，负责保护京城的工作。捻军就退回亳州一带，窥伺雉河。
曾国藩听说了这个消息，立刻调派刘铭传、周盛波等人率领本部淮军赶去支援。刘周两位将领，一向在李鸿章手下听命，是淮军中有命的战将，这次奉命剿匪，纵横扫荡，所向无前。捻首任柱、赖文洸虽然竭力抗拒，终究不是他的对手，霎时间阵势已乱，分头逃跑，雉河这才转危为安。
朝廷给予了一定的奖赏，并且催促曾国藩尽快平定捻军。曾国藩老成持重，又汇报当下的情况，说很难迅速剿灭，一是因为自己的部队已经被裁减光了，除了剩下的三千名亲兵外，只剩下刘松山一军和刘铭传的淮军，不够调派，应该再在徐州招募些士兵，扩大部队的规模，但这样一来，最快也得几个月。
二是因为捻军战马极多，单靠步兵抵挡不住捻军，需要派人到古北口采办战马，在徐州训练骑兵，才能进兵。
三是因为捻军向北逃窜，全是凭借了黄河的险峻，徐州训练黄河水师，也要几个月。
四是因为河北应该自己派兵防守，而不是让河南的兵兼顾河北。
最后面几句最重要，说鲁、豫、苏、皖四省不能处处兼顾，山东只能办兖、沂、曹、济四郡，河南只能办归、陈两郡，江苏只能办徐、淮、海三郡，安徽只能办庐、凤、颍、泗四郡。这十三府，是捻军出没的地方，可以命令大臣负责，此外各省的总督、巡抚也要相应派兵防守，把责任分工明确。两宫太后正在倚重曾国藩，自然全部批准了。
曾国藩安排了好多天，这才去驻守徐州。这时捻军正春风得意，四处蔓延，忽而骚扰安徽，忽而逃到山东，忽而进入河南，虽然官军四处围剿，但总是找不到敌人。
朝廷当然会批评曾国藩，曾国藩只好回复说：“捻军是些流寇，官兵不能就这么跟着他们四处乱窜，现在要选择一些军事要地驻守，而不是追着捻军的屁股跑，军饷和器械要从水路运过来。要以江南为根本，清江浦为枢纽，沿淮、颍而上，可以到达临淮关，沿运河而上，可以到达徐州、济宁。现在正分设四镇重兵，安徽以临淮为老营，归刘松山驻扎；山东以济宁为老营，归潘鼎新驻扎；河南以周家口为老营，归刘铭传驻扎；江苏以徐州为老营，归张树声驻扎。一处有紧急情况，其他三处可以赶去救援，首尾相应，这样就可以以笨办法弥补缓慢，逐渐取得功效。”清政府没办法反驳，只好任由他慢慢布置。
正赶上张总愚窜到南阳，两宫太后又开始焦急起来，让李鸿章率领杨鼎勋等部队赶去剿灭。命令的末尾说：“可以跟曾国藩商量一下，但不用拘泥于命令，一定要保证安全。”
曾国藩回复说：“河洛没什么可以剿灭的捻军，淮军也没有可以调派的部队，李鸿章如果真去了河洛，难道要撤掉东路已经布置好的兵，赶去西部救援，看着山东、江苏被侵犯不管吗？”
看这份报告，可以知道曾国藩到底有多郁闷了。接着李鸿章也上了份报告，说得也很恳切。其文说：
我朝以前的赫赫战功完全凭借武力，这次军事行动也是这样。我刚到军营的时候，就听周天爵、福济、琦善、向荣、和春他们讨论，都说绿旗的兵有纪律，也比较好调派。其他各省的士兵则素质很差，只是在迫不得已的时候才就地招募一些。随时遣散淘汰，这本来也没什么，但这些人要调派到千里之外的时候，肯定会因为出现逃亡溃散的情况而耽误事。
咸丰初年，从广西招募的兵最多，向荣、张国梁把他们带到江南，沿路骚扰，一直到十年三月南京之变，溃败得一发不可收拾。所以曾国藩、江忠源、胡林翼、李续宾等人，自己创办军事组织，而不用一名绿营兵，就是因为绿营兵靠不住的缘故。湖南官训练的湖南兵，有感情基础，法制严密，又是从湖南向北转战江皖，有水路可以通，因地制宜，所以时间越久就越能成功。然而李续宜、唐训方用湖南兵剿灭淮北的捻军，刘长佑用湖南兵剿灭河北的骑马贼，都没有取得什么效果，就是因为离家太远，水土不服，所以才消灭不了敌人。
曾国藩就是看清了这一点，所以才解散自己的湘军，而让我保留淮军。就是为了以后消灭捻军，可以因地制宜。
捻军是由安徽、河南等地的一些无赖组成的，籍贯是安徽的，大都是蒙、亳、颍、宿人，都在淮北。我老家是庐州，属于淮南。我率领的淮军也是庐州、六安、安庆、扬州人居多，都是靠近河流的地方，所以在长江上下游剿灭捻军最有利。战士就算去其他的乡镇，也很给力。但如果调派到河洛地带，因为水土不服，恐怕就没那么厉害了，而且军心涣散。
朝廷对我给予厚望，想把西北的军事工作也交给我，就是因为我在东南地区打了几次胜仗，我的部下也都很卖命的缘故。但我如果去了，而我的兵不带去，我又有什么能耐呢？曾国藩筹划设徐州、济宁、周家口等地防军，都是我这里出的力最多。我如果不调去西部，就不能振奋士气。但如果把我调走了，安徽东部就不能保全了。如果想再去招募其他马军、步军，而身边不带亲信部队，肯定干不成什么事，也对全局帮不上忙。这就是为什么不能把部队拆开的原因。
要想消灭反贼，就要治兵，要想强兵，就要有充足的粮食，要想有充足的粮食，就得有人和地。我从咸丰三年到八年，都在皖北军中，看到和春、郑魁士打仗非常勇猛，最后都是因为没有粮食失败的。
袁甲三、翁同书也是因为没有粮食而遭到惨败。就是十年江南大营的溃败，十一年浙江的沦陷，也都是因为粮饷被切断了。官文、胡林翼筹措湖北的粮饷供应东征，曾国藩进图江皖，以在江西、湖南、广东筹集银两作为饷源，左宗棠以浙饷消灭闽、浙的反贼，我也是从苏、沪筹措到钱，才消灭了反贼。从古到今，只要是说打仗，没有不先考虑筹备粮食的。
曾国藩夏天奉命剿灭捻军，我则代理江苏总督，一直以来，我就把筹集粮食来当成自己的首要任务，来安定他的心。几个月来分屯豫东、苏、皖一千多里，湘、淮士兵四万多人，我负责粮食的供应，一直源源不断。还兼筹苏、松、扬州留防的各陆营，长江外海各水师，皖南、江西防剿遣撤各湘军的军饷，虽然经常入不敷出，调拨困难，但我仍然想方设法，没出状况。
我如果奉命西征，而现在负责运送粮食的人还没找好，我一旦带兵出去，粮食怎么办？谁来筹措粮食？而且要想消灭捻军，还需要训练马军来预备冲锋，需要的粮饷就更多了，河南被蹂躏了这么久，肯定难以供应。如果专从苏州往那边运送粮食，按照现在的税收，淮军就要挨饿，再加上道路那么远，马军步军肯定支撑不住。我一旦离开，又不能从远处控制这里，所以不能这么干。
我的部队一直在江南剿匪，看到洋人的洋枪非常厉害，于是就丢弃所有中国常用的鸟枪，全部换成了洋枪队。现在一共有出省留守的陆兵五万多人，大约有洋枪三四万杆，铜帽每月需一千多万颗，粗细洋火药每个月要十万多斤。都是按月在上海、香港各洋行提前购买，陆续供应。
这些事都是我亲自料理的，还有开花炮队四营，一队让潘鼎新带往济宁，一队让刘秉璋镇守苏州，副将罗荣光、刘玉龙两营是我的亲兵，现在分守南京城外的下关、江东桥两处江口，以预防奸人觊觎。我如果出省带兵，一定要带一些过去，来壮壮声势。只是炮队所用的器械子弹，全是仿照的洋人样式，所需铜、铁、木、煤各项材料也都来自外国，所以需要就近建厂子制造。
苏州先设三个厂，因为丁日昌已经在上海买了一个钢铁厂，丁日昌、韩殿甲的两个厂可以合并到上海铁厂，我曾经已经报告过。然后再在南京开设一个，这是为了以后作打算。我如果去了其他省份，炮厂和铁厂没人管理，肯定就松懈了，不但技术提不上去，经费恐怕也筹措不到。那么我军的装备供应恐怕就跟不上了。
这是我所考虑的一些情况，请皇上认真考虑一下，如果让我上战场，只要没有掣肘的事，我一定跃马战场，帮助曾国藩消灭反贼，万死不辞！
报告交上去，很快得到了批准。于是曾国藩在徐州，除了分设四镇外，又添练马队一支，让李鸿章的弟弟李昭庆率领，作为一队游击兵，命令他先赴河南，然后带队前进，驻扎在周家口，居中调度。捻军得到消息，竟然另辟蹊径，窜到了湖北。任柱、赖文洸向黄冈，张总愚向襄阳。蕲黄一带，遍地妖孽。曾国藩急忙调派刘铭传赶去援助湖北。刘铭传的军队刚到，任、张两股捻军又一起窜到了山东，连扑运河，被潘鼎新军击败。又窜到河南，遇到刘铭传的军队回援，于逃到了徐州。忽东忽西，忽分忽合，弄得官军疲于奔命。于是从容坐镇的曾国藩想了一个剿灭捻军的计策。不知道曾国藩想了一个什么计策？有没有效？