湘军去援助江西，到了南昌，长毛上来攻击，两下酣战起来。湘军毕竟是第一次上战场，自然打不过百战余生的悍匪。罗泽南等人又都是文质彬彬的书生，任凭你多么英勇，也抵挡不了这么厉害的炮弹。幸亏江忠源带兵杀出来，这才接应湘军入城。检点士兵，湘军和营兵已经损失了一二百人，罗泽南的朋友也死了七人。当下就和江忠源商量，江忠源说：“钢非炼不成，剑非磨不锐，湘楚的各位勇士，仗义而来，非常值得敬佩。但还没有经过磨炼，不能跟这帮长毛硬拼。不如先去剿灭土匪，积攒一点经验，也算是除去了长毛的羽翼。长毛没有了援兵，说不定就自己撤退了也说不准。”非常深谋远虑，众人齐声赞成。
于是夏廷樾去攻打樟树镇，罗泽南攻打安福县，江忠济和刘长佑攻打泰和县，留下郭嵩焘、朱孙诒两人和江忠源一起守城。不到半个月，各路土匪就都已经扫平了，各路人马陆续归来。江忠源率领人马出城，跟长毛恶斗了一场，竟然把长毛给杀退了，追击了十几里才回去。
郭嵩焘说：“这座城虽然已经解围了，但这帮反贼行动飘忽不定，而且东南各省，大部分都被水阻挡，江里的船都是反贼的，一旦遇到刮风，一天就可以走几百里。解了这边的围，就去那边围住，我们如果去救那边，他又到这边来了。他走水路，我们走陆路；他们用的船桨，我们却是带着所有的东西，他们以逸待劳，我们还怎么能赢他？现在应该训练水师，各处防守，才能够取胜。”江忠源也拍手称赞。于是就让郭嵩焘回了湖南，请曾国藩代替申请。曾国藩就把计划详细地报告上去了，主张造船买炮，训练士兵，洋洋洒洒写了几千字。清政府批准了，让他看着办。
曾国藩得到命令，就从长沙挪到衡州，赶造战船，创办水师，经过无数周折，问过无数老手，才终于造出三种战船：一种叫作快蟹，船式最大，用桨工二十八人，橹工八人；一种叫作长龙，比快蟹略小，用桨工十六人，橹工四人；一种叫作三板，船最小，用桨工十人。每船各置舱长一名，炮手三名，头工二名，舵工一名，副舵二名。快蟹是营官的坐船，长龙作为正哨，三板作为副哨，募集了水师五千人，每天操练，一共组织了十营。
六营是从衡州募集来的，就让成名标、诸殿元、杨载福、彭玉麟、邹汉章、龙献琛六人作为营官。四营是从湘潭募集来的，就让褚汝航、夏銮、胡嘉垣、胡作霖四人作为营官。褚汝航曾经担任过广东省同知，非常熟悉海上作战，就兼任水师的总指导。
又招募了陆师五千人，分为十三营，派周凤山、储玫躬、林源恩、邹世琦、邹寿璋、杨名声和曾国藩的堂兄弟曾国葆等人分别带领。并特别保举游击塔齐布为副将，充当先锋。水军陆军加起来一共有一万多人，由曾国藩担任总指挥，一等到船和炮都准备齐了，粮食和器械也都弄完备了，就打算沿湘江顺流而下，跟长毛一决雌雄。
忽然报告说长毛攻陷了九江，分路窜到湖北。湖广总督张亮基在田家镇被击溃，江忠源赶去支援，也被杀败了，长毛已经逐渐逼近武昌了。曾国藩说：“之前就听说湖广总督已经由吴老先生担任，张总督已经被调往山东，为什么出兵打仗却还是张总督主持呢？”
过了几天，接到湖广总督紧急求救信，打开一瞧，原来是新总督吴文熔亲自写的。这吴文熔是曾国藩的老师，听说武汉危急，急忙赶去武昌，张亮基这才得以交接工作。
这时长毛兵已经连破黄州、汉阳，武昌非常吃紧，所以才向曾国藩求救。曾国藩因为各种武器都还没准备齐全，一时不能出发，无奈清政府也派人来催促，既有皇上的命令，又有老师的恩情，只好派了几营去湖北支援。
正在调派人手的时候，吴总督的信又到了，还以为又是来求救的呢，打开一看才知道，原来长毛已经被击退了。又说衡湘水师关系到全局，应该加倍训练，千万不要轻易出击。曾国藩这才放下了心，停止派人支援。
谁知安徽的警报，又一天比一天紧了。自从石达开攻破安庆，安徽文武官员全都逃到庐州避难，勉强办公。没想到长毛头秦日纲又来了，接连攻陷舒、桐二城，在籍侍郎吕贤基殉难，秦日纲直接进攻庐州。
朝廷下令任命江忠源为安徽巡抚，又命令曾国藩出兵，和江忠源一块儿去支援庐州。曾国藩打算部署成熟才出发，而江忠源已经从湖北赶往安徽了。江忠源冒雨前进，到了六安州，将士大都生了病，江忠源也疲惫不堪。六安的官民请求他们留下来，江忠源不答应，留下总兵音德布率领一千人去防守，自己则率领几百人急速赶到庐州。
庐州城内的官员，大部分都已经逃跑了，没有粮食也没有器械，只有一千多名营兵和一千多名民兵，加上江忠源带去的几百名士兵，总共只有三千人。江忠源急忙带人上了城楼，誓死守城。才过了一天，秦日纲已经逼近城下。江忠源仗着一片热诚，激励将士，日夜防御。秦日纲倒也无法可施。
正当秦日纲打算撤围东去的时候，忽然胡以晃从安庆赶过来了，带来步兵骑兵十几万来帮助秦日纲，暗地里和城里的知府胡元炜勾结，作为内应，从水西门掘开地道，埋好炸药，轰塌了十几米城墙。
江忠源仍然拼死防御，边打边筑城，没想到胡元炜已经悄悄打开南门，把长毛放进来了。霎时间火势熊熊，全城鼎沸。江忠源知道无力回天了，就想拔刀自刎，被手下的仆人从后面抽走佩刀，背起江忠源就走。江忠源把仆人的耳朵给咬碎了，鲜血流到了肩膀上。仆人实在受不了，只好把他放在了地上。长毛已经追上来了，江忠源又徒手杀死了几名长毛，身中七枪，投水自尽。
败报传到了衡州，曾国藩叹息不已。正在他悲伤的时候，黄州又传来了噩耗，报告称湖北总督吴文熔阵亡，曾国藩大惊。原来吴文熔初到武昌时，巡抚崇纶便打算把军营挪到城外，阴谋逃跑。吴文熔到了总督府以后，和他约定死守，崇纶却不以为然。
吴文熔非常愤怒，拔出佩刀，扔在桌子上，愤怒地说：“誓死和城共存亡！各级官员，有敢说出城的人，我就白刀子进红刀子出！”于是崇纶不敢再说别的。
到了武昌解围，崇纶考虑到自己肯定不被看中，就暗想不如先发制人，于是举报吴文熔只是待在城里防守。朝廷竟然信了崇纶的鬼话，他们信任汉人永远比不上他们信任满人。
于是朝廷就命令吴文熔出省剿贼，在这之前，吴文熔已经调贵州道员胡林翼率领六百名四川兵去会剿。胡林翼还没有到，朝廷的命令已经到了。吴文熔不得已带了七千人出赴黄州，这时候正是腊月时节，好多将士都在路上被冻死了。崇纶又总来帮倒忙，武器粮食都不肯接应。文熔叹气说：“我已经年过六十，还怕一死吗？就是可惜死得不明不白。”于是逼近黄州，休息了几天，已经是咸丰四年正月。
吴文熔打听到长毛张灯结彩，就派兵去袭击，没想到半路上却遇到了敌人的埋伏，官兵纷纷溃逃。吴文熔率领都司刘富成往来冲突，杀死了几十名长毛，但终究因为军心涣散，寡不敌众，就下马朝北方磕了个头，投河而死。
曾国藩听说自己的老师死了，这才知道都是因为崇纶坑害，就咬牙切齿地说：“这个崇纶，真是太可恨了。我如果以后得志，非宰了他不可！”
忽然又有朝廷的命令到了军营，让他迅速率炮船士兵去救援武昌。曾国藩立刻招集水陆兵马，从衡州起程，到长沙会齐。水师沿湘江而下，陆师分路进军，这一队中流击水，那一队扬鞭大道，正有如火如荼的声势。
路上听说长毛兵已经陷岳州，破湘阴，入宁乡，不禁失声说：“了不得！了不得！”急忙命令水师赶赴湘阴，陆师赶赴宁乡。褚汝航率领几艘船先行，湘阴城内的长毛望风退去。
曾国藩听说打了胜仗，立刻督促战船继续前进。刚到洞庭湖口，突然狂风大作，白浪滔天。战船内的船长、舵手，连忙下帆抛锚，仍然支撑不住。一阵晃荡，两船相撞，慌乱了很久，才有些风平浪静。检点船只，已经损失好几十号，士兵和水手也淹死了几百人。曾国藩急忙下令暂时进入内港，缓一缓再出兵。
忽然接到陆军从宁乡发来的报告，说是打了胜仗，长毛已经逃走了。曾国藩说：“情况还不错！”
话还没说完，又有人过来报告，说是储玫躬将军去追击长毛阵亡了，曾国藩连说可惜。
接连又有人报告说：“邹寿璋、杨名声将军杀败长毛，追到岳州。没想到王錱将军从羊楼司战败逃回来，冲动了我军，长毛又乘势杀过来，我军被杀败了。”
曾国藩说：“王錱这家伙，就知道说大话，我以前劝他收敛些，他还不听，反而跟我顶嘴。这次被人家打败也是咎由自取，就可惜我们的队伍也受到影响了。应该立刻接应才行！”