南京被围困以后，总督陆建瀛率绿营兵守外城，将军祥厚、副都统霍隆武率驻防兵守内城。城外的商民也都自己招募民兵出击，守城的战士官兵也发炮助战。但这帮民兵都是临时招集起来的，对于打仗一窍不通，很快就被长毛给打败了，转身往回逃。城上的炮声却还没停下来，一阵子弹，把民兵打死很多，剩下的人四散逃跑了。长毛兵乘势扑城，陆建瀛是个文官，不善于带兵，勉强守了七八日，外援不来，子弹也打光了。
长毛在仪凤门外，暗地里挖了地道，埋了地雷，就听轰隆一声巨响，城被崩塌了好几米。守城的将士急忙过来筑城，连防守其他城门的官兵也过来帮忙。没想到长毛的其他部队偏偏从三山门爬过城墙进来了，外城沦陷了，陆建瀛自杀。洪秀全进了外城，接着进攻内城。祥厚、霍隆武拼命防御，打了两昼夜，都力竭身亡，内城也被攻破了。
长毛不问好歹，不管亲仇，有钱就抢，逢人就砍，遇到稍微漂亮点的妇女，拖的拖，拉的拉，奸淫强暴，无所不至。城里死去的官兵居民多达四万多人，时间是咸丰三年四月十日。
洪秀全发了一笔横财，立刻分赏给自己的部下，部下都称他为万岁，这家伙居然真拿自己当皇上了。他又招集东王杨秀清、北王韦昌辉、翼王石达开等人和军师钱江商量。钱江又提出其他策略，总体来说就是发兵北上，另外还有开设科举、设立税收、开垦矿山，以及周围通商等。
洪秀全说：“你提的这些意见，我肯定逐步施行。但南京是个有帝王气的好地方，我想在这里建都，你们觉得怎么样？”
钱江还没回答，东王杨秀清就说：“兄弟我正打算进攻河朔，昨天听一些水手说，河南水少，又没有粮食，土地平旷，也没有险峻的地方可以把守，如果打仗的时候被困，肯定四面受敌。这里以长江为天堑，城高池深，民富食足，正是建都的好地方，还有什么不同意见！”
钱江因为东王势力大，也不敢多说，只好说：“东王的话有道理，但镇江、扬州一带，应该尽快攻取，这样才能阻断南北的清军，巩固南京的根本。”
杨秀清说：“这话说得很对！”还没等洪秀全下命令，他就问大家：“谁愿意去攻打镇江和扬州？”丞相林凤祥说愿意去。
杨秀清说：“林丞相有勇有谋，这次去肯定能够大获全胜，但一个人去还不行，还要多带几个人去才好。”当下罗大纲、李开芳、曾立昌等人都愿意跟林凤祥一块儿去。
杨秀清说：“这就好！这就好！”于是就请洪秀全发命令，让他们去了。
洪秀全又说：“我们在这里建都，难道仍然称这里为南京吗？”杨秀清说：“咱们既然是天国，何不就称天京？”
洪秀全大喜，于是就把总督府改成了天宫，其他一些比较好的宅子就改成了王府。又招集工匠，大兴土木，修建得非常华丽。又设立了官职和一些礼仪规范，建立法律制度。王位最大，统辖一切政务，其次是丞相，有天官、地官、春官、夏官、秋官、冬官等名号，兼管文武。
打仗也有专门负责的武官，叫天将，有三十六检点，七十二指挥。又设立女官，分别担任政府机关的秘书，算是男女平等。朝廷设立了君臣的座位，免去一切拜跪的仪式。开会的时候要按照座位坐好，需要讲话的要站起来。
法律还禁止纳妾、禁止卖淫、禁止裹脚、禁止贩卖奴隶、禁止吸鸦片，有点类似于西方的摩西十诫，称之为天条，有违反的立刻处死。以三百六十六天为一年，有闰日无闰月，有星期制度，每到周末就赞美上帝。还专门建立了台子，来宣传他们的宗教，假装成上帝的样子。总之是不古不今不中不西的制度。
宫殿建好以后，正殿叫龙凤殿，匾额是“龙凤朝阳”四字，旁边有两联，一联是：“虎贲三千，直扫幽燕之地；龙飞九五，重开尧舜之天。”一联是：“拨妖雾而见青天，重整大明新气象；扫蛮氛以光祖国，挽回汉室旧江山。”这两联，大概是钱军师手笔。洪秀全把抢来的美女，选了几十个给自己当妃子。总之是当了回皇帝。
忽然有人报告说，钦差大臣向荣带领几万大军，已经到城东孝陵卫扎营了。洪秀全大惊说：“这个向妖，怎么就爱跟我作对？总得想法把这家伙干掉，才能安心！”
话还没说完，又有人报告说，清钦差大臣琦善带领河北、陕西、黑龙江的各路人马，与和河北提督陈金绶、内阁学士胜保，已经从河南出发，来攻天京了。洪秀全说：“这可怎么办？这可怎么办？”
钱江站起来说：“皇上不用担心，扬州一带，已经由老将林凤祥等出去进攻了，肯定能截住北军。更何况琦善那人，以前在广东时，就是个草包，这一路兵根本不用担心。只有向荣非常能打，又有张国梁当帮手，声势浩大，需要派重兵驻扎在城外，才能保证没事。”
就在讨论的时候，镇江扬州的捷报已经络绎不绝地送来了，并接到林凤祥的报告，大体是说：“二月二十一日攻陷镇江，二十三日攻陷扬州，一路进攻，一点阻碍也没遇上。现在已经缴获金银若干，子女若干，送来天京，敬求查收。只是清政府派琦善统帅各路妖兵到了这里，大概有几万人，我看他们队伍不整齐，攻城不上劲，一点也不用害怕。只要留下我指挥曾立昌，防守扬州，已经可以抵挡，我愿意率兵北伐”。
洪秀全跟钱江说：“果然不出军师所料。”
钱江说：“林丞相虽然雄才大略，但孤军深入，避免有什么闪失，还是请添派大兵，作为后援才好。”
杨秀清说：“就派丞相吉文元去吧！”
钱江说：“吉丞相吗？”言下好像不是很称心。
杨秀清说：“吉丞相是北王的亲戚，应该不会有什么异心。”
钱江说：“我不是担心他有异心，只是为北伐考虑，一定要安排周到才行！”
杨秀清说：“满清的精锐部队，都已经聚集到了南方，北方肯定很空虚，有林、吉两个人去，还怕打不赢吗？”钱江不敢再说什么，就任凭杨秀清派吉文元去了。
原来吉文元的妹子嫁给了北王韦昌辉，韦为北王，杨为东王，两人势力相当，杨想独揽大权，害怕韦在旁边妨碍，所以才先把吉文元调开，削掉他的羽翼，以方便以后篡位。
钱江早就看透了这点，所以才加以防范，但因为洪、杨为患难之交，疏不间亲，只好默不作声。
洪秀全就说：“江北的妖营已不足为虑，只是江南的妖营怎么抵御？”钱江说：“第一要增派重兵，分堵要口，只要坚守得住，就不要跟他开仗。等到他们旷日持久、军心松懈的时候，自然就容易攻破了。第二是分扰安徽、江西，截断他们的后路，切断他们的饷道，任凭他们再怎么骁勇，也肯定坚持不了多久，将来肯定死在我们手里。”洪秀全拍手称妙。
杨秀清说：“安徽、江西是江南的上流，关系很大。看来安徽一带，需要派翼王，江西一带，需要派北王，我愿意和天王共守此城。现在我的部下，如李秀成、陈玉成等人，都是后起英雄，叫他们分堵江南，还怕什么向、张二妖。”
洪秀全说：“好！好！”就命令北王韦昌辉出兵江西，翼王石达开出兵安徽。各位大王都被调走，杨秀清更加肆无忌惮了。两王各自带领了几十位天将和几万长毛兵，分路而去。
杨秀清又派遣手下的各位将官分别防守雨花台、天保城、秣陵关的各个要口，防范得像铜墙铁壁一样。接着，他就回去胡搞了。