嘉庆帝接连接到阿林保的举报，也开始有些半信半疑，只是因为以前阮元等人极力推荐李长庚，而且海上的战功确实属李长庚最多，就暂时留着，没有回复，密令浙江巡府清安泰复查。安泰虽然比不上阮元，但毕竟不像阿林保一样，他也发了份报告。大意是说：

李长庚熟悉海上的状况，每次打仗都亲自掌舵，就是经常掌舵的人也比不上他。而且他忠于祖国，两年没有回过家，把所有的钱全部捐出来制造船械，所得到的赏赐也都分给部下，所以部下才都愿意为他拼命。而且每次打仗他都身先士卒，多次冒着危险。

八月份在渔山剿灭海盗，围攻蔡牵，枪弹像雨点一样打过来，他身上受了好几处伤，士兵也伤了一百四十人，但仍然坚持战斗不撤退，所以敌人才有“不畏千万兵，只畏李长庚”这样的话传出来。因为海上的船经过二三十天就要清洗一下，不然就会驾驶不灵，所以回岸也不是为了逗留。而且海上剿贼全靠风力，如果风势不顺，即使只隔着几十里，十几天也到不了。

所以海上战争，没有风的时候不能打，刮大风的时候不能打，下大雨的时候不能打，逆风的时候不能打，下雾的时候不能打，晚上太黑不能打，台风快来的时候不能打，道路不熟不能打，敌人太多不能打，前面没有停靠的地方不能打。等到真打起来，没有什么可指望的，全都是靠炮轰，船这么颠簸，能打中几个？我们顺风攻打，敌人顺风逃跑，又没有什么埋伏可以提前设好，没有险要的地方可以凭借。只是靠把敌人的船给打坏，等到敌人走得慢了，这才围攻，然后敌人就会跳到海里，这时候才终于俘获敌人几艘船，其他的就都跑了。海盗往来于三省之间，数千里都是海洋，因为外洋浩瀚，没有什么可以抢的，所以他们从不走那儿。只有被追得急了，这才跑到那里，如果天色很晚，我们就只能回港，让他们逃过一劫。

而且船在大海上，波浪滔天，一个不小心，就会有被淹死的危险，所以如果船上的桅杆被风刮坏了，整个船上的人都会大惊失色，就算敌人已经在眼前了，也只能放掉，等到把桅杆修好，敌人早没影了，所以可能一个月也抓不到一个海盗。而且，船就是官兵的城堡，船如果造得结实高大，追击敌人也方便。现在浙省的兵船，都是李长庚监督制造的，只是军队的船有一定的规定，而商船却没有。一旦商船被敌人使用，制造得越高大，敌人就越难剿灭。

现在李长庚的船队一直跟着敌人的船，但海盗的船太坚固，炮弹也多，所以将士们明知道擒贼应先擒王，却不能施行。部队的惯例是三个月发一次薪，但海上路途遥远，来回要花费很多时间。这也是一大弊病。而且岸上的某些人还帮助敌人，所以最好合两省之力，或许才能奏效。

这篇报告，写得非常恳切真挚，把李长庚一生的谋划和海上的情况全都交代清楚了。

嘉庆帝看了这篇报告，才知道阿林保搞鬼。就专门下了道命令，大意说：“阿林保在不到一个月的时间里，专门打击报复李长庚，如果我听信谗言，那不是自毁长城吗？所以以后剿灭海盗的事，就全部交给李长庚办吧。阿林保不得再牵制他，要是再敢这样，玉德就是前车之鉴。”命令虽然严峻，但奸臣还在，忠臣仍然不能随心所欲地施展自己的才华。又下令建造了三十艘大船，还没有造好，只好先借民用的商船代替。

阿林保一看自己的诬陷没管用，反而被臭骂了一顿，气得暴跳如雷，独自一个人大叫道：“不灭了李长庚，我誓不罢休。早晚弄死他，才能出了我心中的这口气。”于是，就一再下令催战。

按照清朝的惯例，总督大多也兼任兵部尚书的职位，全省的水陆各军也都受管制。李长庚虽然管理所有的水军，但还是得听从阿林保的。李长庚正想把船修好，把器械整理好，哪知道阿林保的催战文书三天一道，五天两道，不到一个月，就下了十道。

李长庚长叹一声说：“我就算不死在海盗的手里，也早晚死在奸臣的手里。那还是跟海盗同归于尽吧！”

于是招集各个军事将领，选好日子出发，又给家里寄了封信，写给夫人吴氏的，上面说：“已经把性命交给国家了，就不能再照顾家庭。”并将自己的几颗牙齿，一块儿送回家里。这次出战，是凭着一股怒气驶船出港的。敌人看见李长庚的船，吓得望风逃跑，都逃到广东海面了。

李长庚带人追到竿塘，这才追到几艘海盗船，打坏了几艘，抓住了一个头目，是蔡牵的侄子，名叫天来。蔡牵因为李长庚到了广东，就向北逃到浙江，李长庚又追到浙江，在温州把他打败。蔡牵又从浙江逃回广东，李长庚只是紧追不舍，遇到他就首当其冲，不顾死活，弄得蔡牵走投无路，非常苦恼，接连又打败了几次。

嘉庆十二年，李长庚命总兵许松年等人去追击朱。他自己则率领精兵专门剿灭蔡牵，朱被许松年击败，已经穷途末路。李长庚也接连打败了蔡牵几次，蔡牵这时已经只剩下三只海盗船了。

李长庚想一举歼灭敌人，就命令福建水师提督张见升一同穷追。蔡牵逃到黑水洋，李长庚也率领水师追过来。蔡牵无处可逃，只好拼命死战。李长庚亲自击鼓，督促部队围攻。

大约打了四个小时，蔡牵船上的船帆被炮弹打到，裂成几块，李长庚趁机让士兵放火，渐渐逼近蔡牵船的后艄，火势猛烈，已经烧到蔡牵的船了。士兵就想趁着火势扑过去，只听见蔡牵的船后面，一声炮响，炮弹飞到李长庚的船里。士兵向后一看，自己的统帅李长庚已经摔倒在地上，喉咙里鲜血直冒，赶忙营救，眼看是无药可救了。

部队没了主帅，自然慌乱，本来张见生跟在后面，完全可以过来继续指挥，再有半天就可以歼灭敌人。谁知道他是阿林保的心腹，他不怕蔡牵跑掉，就怕李长庚死不了。当下就带领着部队撤退。蔡牵带着自己剩下的三只残船，逃到了安南。

消息传到了京城，嘉庆帝非常震惊心痛，特地下令追封李长庚为壮烈伯，赐谥忠毅，下令让地方官妥为保护，把尸体送回老家。可是人已经死了，这样的特恩又有何用？

随后将李长庚的手下王得禄、邱良功二人升任为提督，分别率领李长庚的旧部，叫他们同心敌忾，为李长庚报仇。

这时蔡牵和朱已经穷途末路了，闽督又改任方维甸，浙抚又重任阮元，军机大臣也换了戴衢亨，这些人齐心协力，要剿灭这些跳梁小丑自然非常容易。许松年在闽海击毙了朱，朱的弟弟朱渥带领手下来投降。

王、邱二提督听说许松年已经立了大功，害怕自己落到别人的后面，就带领部队，发誓要抓到蔡牵。这时蔡牵已经带领自己的残余势力，再次逃到了闽浙海上。直到定海的渔山，二提督才终于跟踪过来，乘着上风开炮轰击，接着转战到绿水洋。这时天色已经黑了，二提督就让手下放火烧贼船。没想到起了风浪，蔡牵又趁着风浪逃跑了。

二提督气坏了，当晚就商量办法。邱良功对王得禄说：“前天临出发时，阮公就说，让我们分隔敌船，专门攻打蔡牵。明天要想抓到蔡牵，看来就得用这个办法。”王得禄说：“这个办法不错。”

第二天，两人继续带兵去追击。蔡牵一见了就逃，驶出了黑水洋。邱良功赶忙追上，让舰队各自去分堵，自己的船和蔡牵的船并列，专门攻打蔡牵。王得禄的船也赶了过来，和邱良功的船并列，接应邱良功。两下里誓死猛扑，硝烟弥漫，突然邱良功船上的风篷和蔡牵船上的风篷结到了一块儿，蔡牵船上的人拿着长矛把邱良功的风篷给扯毁，又用木棍拦住邱良功的船。

邱良功大吼一声，拿着雪亮的宝刀去劈敌人的木棍，说时迟那时快，敌人的长矛已经刺到了邱良功的脚上，血流如注。邱良功的部下看到主帅受伤了，急忙毁掉木棍，把邱良功救出来。蔡牵正想逃跑，王得禄又带人攻过来，子弹像雨点般打过来。蔡牵仍然誓死抵拒。打到傍晚，蔡牵船上的子弹都用完了，他想等待别的船来营救，无奈别的船都被闽浙二军给挡住了，自顾不暇。

王得禄知道敌人已经到了山穷水尽的地步了，就放火烧蔡牵船尾的小楼，突觉身上中了几颗子弹，虽然很疼，却又觉得没有子弹那么猛烈。仔细一看，原来不是子弹，是外国用的银元。

王得禄大喊说：“海盗的子弹已经用完了，打过来的都是银元，伤不了人。战士们，给我冲。抓住贼头，一块儿受奖赏。”

士兵一看，地上确实都是些银元，这下胆子更大了，跟着力气也来了。于是一面放火，一面用枪矛钩断海盗的桅杆。蔡牵知道这回肯定没命了，于是用自己船上的炮把自己的船给炸毁了，连人连船掉进了海里。危害多年的海上巨盗，就这样去龙王那儿避难了。剩下的人大部分投降了。王得禄、邱良功收兵而回，立刻用红旗报捷。

朝廷下令封王得禄二等子，邱良功二等男，于是闽浙二洋的巨盗都被消灭了。广东海上本来还有几个江洋大盗，被广东总督百龄用坚壁清野的办法，弄得非常穷困，之后又被清剿，这些家伙受不了，也都投降了。

嘉庆帝消灭了白莲教教徒和海盗，于是下令严禁西洋人传教。正好赶上粤民陈若望私自给西洋人德天赐递送书信、地图，事情被查出来，抓到许多传教习教的人，于是就把德天赐发配到热河，幽禁在额鲁特营房，陈若望发配到伊犁，给额鲁特人为奴，传教习教的这些罪犯，也都发配了。过了几年，西洋人兰月旺潜到湖北传教，被耒阳县查获，将他抓住，送到省里，报告给刑部，又被治罪，绞死了。

这时，英吉利多次派人来请求通商，被清朝政府给拒绝了。忽然，广东沿海的澳门岛外来了十三艘英国的军舰，舰长叫度路利，给粤督写信，声明愿意帮助剿灭海盗，只要答应可以通商就行。粤督吴熊光以海盗已经都被消灭了为由给拒绝了。英国舰队仍然逗留着不走，反而到澳门上岸，占领了各个炮台。

吴熊光按照实际情况报告了，清政府责备吴熊光办事拖拉，做了留职查看的处理。并说：“如果英国舰队仍然逗留，就派人灭了他们。”吴熊光通知了英国舰队，英国舰队这才撤走。

英国又派使臣墨尔斯到达京城，跟政府直接交涉。清政府要他们行跪拜礼，他们不答应，就被驱逐回国了。

英国人不知道实际情况，就没有采取其他行动，清政府还以为自己把他们给唬住了呢。嘉庆帝遂到五台山游玩，开展娱乐活动。到了嘉庆帝十六年，彗星出现在西北方，钦天监说这是要打仗的征兆，希望提前准备。经过钦天监的仔细核查，时间上应该在嘉庆十八年闰八月，如果将十八年闰八月改到十九年闰二月，或许可以解除这次灾难，嘉庆帝就答应了。