川楚陕三省的教徒，头目虽然大多被灭掉了，但是剩下的余孽还有不少。额勒登保、德楞泰又到处去追杀，直到嘉庆七年冬天，才全部清除干净。嘉庆帝祭告了裕陵、高宗陵，又进行了一番广泛的宣传，封额勒登保为一等威勇侯，德楞泰为一等继勇侯，都是允许接班的，此外还兼职当太子太保，御前大臣。勒保被封为一等伯，明亮被封为一等男，杨遇春这些人也都有奖赏。

从这以后，被裁掉的士兵，有的无家可归，有的没钱生活。部队发的军饷，都被层层克扣，所以经常有士兵抢东西的现象。又经过额勒登保和德楞泰一年的南征北讨，这才平定。

从白莲教开始作乱，到最后平定，一共用了九年时间，花费的钱财竟然超过两亿两白银，杀死的教徒多达几十万，士兵和民兵的伤亡更是无法计算。嘉庆帝军事紧急的时候，还非常励精图治，思虑周详，但等到天下太平，内外的官员都来歌功颂德，嘉庆帝也觉得自己了不起，开始骄傲自满起来。以后过个生日，嫁个女儿，立个妃子，都搞个大阵仗，花销很大。

还有一件赏罚倒置的事情。川楚陕平定以后，因为地理的缘故，陕西省又添了一个宁陕镇，任命杨芳做镇台。宁陕地险粮贵，当时就有人建议，因为每月发的粮饷不够花，就约定每月多给盐米银，每人五钱，三年递减。

第二年届期，应该减一钱，布政使朱勋就以没有得到上级的命令为理由，四钱也都停发了，于是士兵开始喧闹。恰好陕西提督杨遇春奉旨进京，宁陕总兵杨芳调任提督，副将杨之震护宁陕镇，就把喧闹的兵士，不问是非，全都抓来，狠揍了一顿。士兵心里更怨恨了，里面有两个小头目，都是姓陈，一个叫陈达顺，一个叫陈先伦，就聚集士兵闹事，杀死了副将游击，抢劫了部队仓库的钱，放出了狱中的罪犯，趁机作乱。这时，正好杨遇春还没有出境，朝廷就让他带兵去剿灭，又任命成都将军德楞泰为钦差大臣，到陕西去当总指挥。

杨遇春刚到方柴关，叛兵已经设下埋伏，在那里等待了。他们推选蒲大芳为首领，蒲大芳骁桀善战，就把杨遇春给包围了，官兵和叛军互相都认识，竟然不听杨遇春的命令，纷纷逃跑了。杨遇春只好带领着几十名亲兵，跑到山上，看见蒲大芳骑马过来，就大声喝问：“你为什么造反？”蒲大芳一看是杨遇春，就远远地跪下，说了部队当下的情况。杨遇春说：“上级贪污腐败，你举报不就完了吗？干吗做这种大逆不道的事？”蒲大芳说：“现在我是骑虎难下，迫不得已，请大帅原谅我。”说完，站起来回去了。幸亏杨遇春平时对手下很不错，所以才没有被叛军给抓起来。

这时，杨芳也已经赶过来救援了。杨遇春就和他商量，杨芳说：“这帮叛军都是身经百战的，又不是乌合之众。要想灭了他们，可不容易。而且官兵打了九年仗，所受的创伤还没有恢复，何况以前都是自己人。自己人打自己人，都没有士气。听说叛首蒲大芳见了大帅，仍然远远地下跪磕头，我的家属也都是蒲大芳给送到石泉的。可见虽然蒲大芳反叛了，但以前的情谊并没有失去。还是我去劝劝他，如果蒲大芳愿意归降，事情就迎刃而解了。”

杨遇春非常高兴，就让杨芳去招抚蒲大芳。杨芳去了蒲大芳的军营，看到军营防守森严，跟着去的随从都吓得战战兢兢，请杨芳回去。

杨芳说：“如果苍天保佑生灵，就肯定不会让我死。何况我是为了和平而来，就算死了，也没什么遗憾。你们如果害怕，我一个人去就行了。”于是，就甩了一下马鞭子，一个人进去，到了蒲大芳的大营。蒲大芳急忙出来迎接，杨芳向着蒲大芳，失声痛哭说：“我和你们戮力数年，同患难，共生死，就像家人一样，现在开始对着干，反而和敌人一样了。我实在不愿意你们就这样被灭族，请你们先杀了我吧，免得让我看到你们的惨祸。”

蒲大芳等人听了这话，心里顿生感激之情，就说：“我们这些小兵，怎么敢冒犯镇台大人？大人真心相待，我蒲大芳也是有良心的人，不是感觉不到。就是怕朝廷不会放过我们，这怎么办？”

杨芳说：“如果你们是真心悔改，我就到钦差大人那儿全力求情，我们要生同生，要死同死，要犯罪同犯罪，肯定不会让你们独自承担。”

蒲大芳到这时也忍不住感激涕零，声泪俱下地说：“大人就是我的再生父母，我如果再不知好歹，恐怕老天爷也容不下我了。”

当下就对众人说：“我现在已经悔改了，情愿听这位杨镇台大人的，杨镇台让我活，我就活，杨镇台要我死，我也甘心死。要是兄弟们不以为然，悉听尊便。”

众人齐声说：“愿意跟随杨大人。”

杨芳看见叛兵都愿意投降，就说：“既然大家都愿意跟随我，这可太好了。但不知道提议作乱的人，有没有在这里？”

蒲大芳说：“不在这里。”

杨芳就说：“这个就不好赦免了。他杀了官，抢了仓库，放走了犯人，无法无天，如果不按法律制裁，还要什么政府？”

蒲大芳就说：“这个都包在我身上，请大人放心。”杨芳就回去了。

过了两天，蒲大芳果然带着陈先伦、陈达顺二人，献给清营，束手归命。这次叛乱，如果不是杨芳独自去招抚，恐怕会酿成大的风波，也许会比那些白莲教反贼还厉害。德楞泰把这两个首犯给处死以后，按照和杨芳的约定，把其他人都放了，让他们再回军营继续服兵役。报告上只是说，这帮士兵穷疯了，对杨芳的功劳却一个字也没提。

没想到，嘉庆帝突然下了狠命令，说德楞泰纵容手下，滥用权力，并且打算狠狠地制裁他。德楞泰急得没办法，就又上了份报告，竟然把所有的责任都推到了杨芳一个人身上。真是没有永恒的朋友，只有永恒的利益啊。嘉庆帝于是就把杨芳给革职发配了，蒲大芳等二百多人也都跟随杨芳一块儿被发配到了伊犁，之后又暗地里命令伊犁将军松筠把蒲大芳等人给诱杀了。杨遇春也因为这事儿被降为总兵，德楞泰的处罚最轻，只是革职留任。

后来德楞泰调任陕西，剿平西乡叛兵，这才官复原职。德楞泰终于良心发现，暗地里报告了杨芳的功劳，杨芳这才被放回来，但已经受了不少屈辱。西北一带，经过多次剿灭，已经没什么事儿了，偏偏东南的海寇又开始兴风作浪了。开放海关，是从康熙年间开始的，康熙帝曾任用客卿，如西洋人汤若望、南怀仁等人，都曾担任过职务。外国的船队，得到这几个内援，就在中国沿海进行贸易，往来于江浙闽粤间。

乾隆末年，安南阮光平父子，篡夺了国家政权，因为国库中很空虚，他们就想了一个盗贼的政策，招集沿海的无赖，给他们兵船，封他们官职，专门叫他们抢劫海上的商船，用来当作国家的财政收入，这种政策倒是挺新鲜的。于是海寇越来越厉害，嘉庆五年，海寇驾着一百多艘小船，围攻台州，竟然想上岸抢劫。

浙江定海镇总兵李长庚生长于闽海，海洋知识很丰富，而且非常忠心勇猛，这天得到警报，就带领三镇水师出口抵御。正好遇到台风，雷雨大作，海盗的船也大部分被撞沉了，有几百个海盗到岸上来避风，都被李长庚捉住了。当场审讯，里面有四个头目是安南总兵，佩有安南王敕印。李长庚大怒，把四人给磔死了，并通知安南，把敕印也让人给扔回去了。

恰好安南又有内乱，广南王后裔阮福映从暹罗回国，得到暹罗人的援助，恢复了领土，灭了新阮，这才想到联络清朝，一面声明纵容海盗的是阮光平父子，跟自己没关系，一面让人给清朝交贡品求清朝册封，并请求仍然以越南为国名。嘉庆帝就封他为越南国王，让他管好那帮海盗，阮福映都答应照办了。无奈海盗已经非常多，虽然没有了安南政府的保护，但依然野心勃勃，照旧在海上干没本钱的买卖。其中有两个厉害的头目，叫蔡牵、朱，兼并了群盗，号令一方。

蔡牵有一百多艘小艇，朱也有一百多艘小艇，把闽海作为根据地，不管是哪国的商船，一旦到了海上，出海的一律交买路钱四百元，进海的翻倍。就这样，两人成了海上的暴发户。他们又和陆地上的土匪联合起来，从他们那儿购买军火，所以非常猖狂，官兵也没有办法剿灭。

李长庚还比较有气魄，跟这帮海盗狠掐了几回。嘉庆帝因为李长庚有功，就提拔他为福建提督。福建总督玉德却偏偏跟李长庚作对，报告说李长庚是福建人，应该回避，朝廷就下令将李长庚调任浙江。

浙江巡抚阮元，江苏仪征县人，是清代了不起的文学家，对军事知识也不陌生。见了李长庚，跟他讨论起怎么剿灭海盗，对李长庚大加赏识。李长庚建议造船制炮，阮抚台全都同意了，然后给他筹款十几万两。

李长庚有了这笔巨款，就放开胆子，造起三十艘大船，称之为霆船，铸造了四百尊大炮，配备在各个船上，乘风破浪，所向披靡，接连在岐头、东霍等海域打败蔡牵，抓住了贼头张如茂等人，兵威大振。嘉庆八年，蔡牵到定海，去普陀山进香。李长庚得到消息以后，就把霆船一齐放出，四面掩击。蔡牵来不及防备，急忙跳下小船逃跑了。其他的大艇，都被李长庚一阵炮弹，打得稀巴烂。李长庚接着乘胜追击。

这时的蔡牵就像丧家犬一样，逃到了福建海上，又看见霆船追过来，占住了上风，冲不过去。蔡牵急忙拿出几万两银子，派人到福建总督玉德那儿请求投降。玉德见了银子，就像蚊子见了血一样，立刻叮住不放，钱这东西可真是害了天下的官吏。玉德也不管蔡牵投降的事儿是真是假，立刻派兴泉道庆徕到海口招抚。蔡牵就和庆徕约定，如果答应投降，就必须让李长庚退兵回港，不能再穷追不舍。庆徕立刻报告了玉德，玉德就下令让李长庚回兵。

李长庚明知道蔡牵是诈降，可惜自己的官职太小，还得听上级的。无奈之下，只好带着自己的部队回港了。

蔡牵就暗地里修好自己的装备，带上足够的粮食，逃跑了。他又偷偷贿赂奸商，让他们替他制造巨舰，比霆船还要大的船，说是用来当商船，一出了海就交给他。蔡牵得到这批巨舰，又在海上称王称霸了，抢劫了台湾几千担的米去接济朱，两人联合起来，再次侵犯温州。

温州总兵胡振声仓皇失措，带着一帮参差不齐的水师去阻击，没几下子，就全军覆没了，胡振声也掉进河里淹死了。蔡牵他们返回福建，福建那边竟然连个抵挡的都没有。

嘉庆帝得到消息，就让李长庚来率领闽浙水师。李长庚士为知己者死，感恩图报，让温州海坛二镇作为左右翼，日夕操练，于嘉庆九年仲秋，向马迹洋出发。