朱一贵攻陷了台湾，逃走的官员和难民都聚集到澎湖，澎湖的守将也不知道怎么办才好，带着自己的家人，想逃往厦门，百姓都惊惶得不得了。只有守备林亮决定固守，跑到海边，拦住官民的家眷，不让回内陆，人心这才稍微镇定。水师提督施世骠从厦门赶到澎湖，南澳总兵蓝廷珍奉了福建总督的命令，也赶到澎湖来会合。
于是就任命守备林亮、千总董芳为先锋，率领舰队八千人，直接攻打鹿耳门。恰逢朱一贵和杜君英争老大的位子，自相残杀。乡民们痛恨朱一贵的抢劫行为，又各自结成民团，保护自己的村落。清兵听说朱一贵发生内讧，老百姓也都不向着他们，顿时勇气倍增。
到了鹿耳门，岸上大炮连发，林亮、董芳冒死直进，远远看见岸边的炮台上堆积了很多火药，林亮就让水兵用炮还击，轰打岸上的火药，炮声过处，火药上冲，震得天昏地暗，海水都被震起来。岸上的守兵，都被炸得不知去向。林亮、董芳立刻舍船登岸，率兵进攻。施世骠、蓝廷珍也带领大军跟随，节节进攻，随剿随抚。朱一贵、杜君英这类家伙，哪里打得过几员虎将？连战连败，连败连走。清兵乘势追杀，渐渐逼近台湾府城下。东西南北都布满了士兵，大炮的声音一整天都不停。朱一贵束手无策，只好躲在伪宫内，对了一群抢来的老婆，暗自哭泣。
外面的军师黄殿，想了一个劫营的计策，就在夜间悄悄打开城门，袭击清营，没想到早就被蓝廷珍料到了，摆了一个空城计，等李勇、吴外等人杀进来的时候，伏兵一齐掩杀过去，像砍瓜切菜一样。林亮杀了李勇，董芳刺死了吴外。后队的黄殿急忙往回逃，转身一看，城门已经关上了，城上站着一员大将，不是别人，正是清朝游击刘得紫。
原来刘得紫被杨泰抓去，献给了朱一贵。朱一贵很看重刘得紫的名望，没有杀他，只是把他囚禁了起来。刘得紫三天不吃不喝，情愿饿死。林皋、刘化鲤暗地里劝刘得紫吃饭，然后再慢慢想法子，刘得紫这才饮食如常。这次黄殿出城去劫营，把城里的队伍都带去了，林皋、刘化鲤二人就邀集老百姓，把刘得紫放出来，关上了城门，请刘得紫上城领导防御。
黄殿进退无路，跳进护城河自尽了。施世骠下令，降者免死，于是叛众都投降了。刘得紫开城把他们迎进去，把之前的情况说了一遍。施世骠就让人领着进了伪宫，抓到朱一贵，审问明白，关进了监狱。抢来的这些假王妃，也都让老百姓给认领回去了。
清兵从开始攻打鹿耳门，到收复台湾府城，总共只用了七天。施世骠又分兵去搜剿南北两路，抓到杜君英等人，和朱一贵监押到了北京，一律凌迟处死。又把弃台逃走的各级官员也都给处理了。因为王珍已经惧罪自尽，就让人把他的坟给掘了。施世骠等人则获得了不少奖励。
康熙帝因为台湾再次被平定，天下无事，自己也已经年近七旬，估计活不了多久了，索性开了一个盛会，凡是满、汉在职的官员，以及告老还乡或因罪被制裁的旧官，年纪在六十五以上的，都召进乾清宫，一一赐宴。
这时，正是康熙六十一年春，天气晴和，不寒不暖，一班老头儿，团坐在周围，差不多有一千个，围住这个老皇帝，喝起酒来，皇帝又特别加恩，叫他们不要拘谨，开怀畅饮。酒喝到一半，老皇帝动了诗兴，做成一首七律诗，让一块儿吃饭的这帮老头也跟着写一首。
这帮老头儿，早把这些玩意儿给扔了，满族的官更是白扯，现在突然要他们作诗，那简直就是要他们的命。不过，毕竟姜是老的辣，人也是老的精，这帮家伙早就猜到这老皇帝叫他们去喝酒，免不了要咬文嚼字，因此早就打通关节，先请了几个能诗作赋的老朋友给他们当枪手，又贿赂宫里的太监帮忙给送，所以当场都吟成了一诗，虽然好歹不一，总算没有丢脸。诗中意思，千首一律，全都是歌功颂德的。等到诗写完了，已经到了傍晚了，大家散了席，谢了圣恩，出宫回去了。这场盛宴，叫作千叟宴，康熙帝倒也非常得意。
可惜好景不长，转眼到了冬天，大学士、九卿等，正想到皇上七十大寿的时候，弄一个盛大的庆典，没想到天有不测风云，人有旦夕祸福，康熙帝竟然生起病来。这场病非同小可，症状是浑身火热，上不来气，太医院里的几个医生，轮流给治疗，忙个不停。吃了几服药，症状稍微有所缓解，气也有点顺了，只是仍然非常虚弱，起不来床。各个皇子也都早晚过来问安，四皇子胤祯，这次侍奉得却不殷勤了，每天晚上都到理藩院尚书府里密谈一回。理藩院尚书名叫隆科多，是四皇子胤祯的亲舅。
过了几天，康熙帝的身体又好了一些，因为卧床多日，所以有些烦躁，想出去溜达溜达。四皇子胤祯过来说：“父皇要出去散心，不如到畅春园里，地方宽敞，也近便，最利于休养。”
康熙帝说：“这主意不错，只是冬至该到郊外祭天了，我不能亲自去，你就替我去吧，到那里预先斋戒一番。”
四皇子胤祯听到这个命令，有些踌躇。康熙帝看他这个样，就问他：“你不愿意去啊？”
胤祯立刻跪下说：“儿臣怎么敢抗旨不尊，只是皇上身体还没好，我应该继续在您身边侍奉，所以接到命令才有些迟疑。”
康熙帝说：“你的兄弟这么多，哪个不能侍奉？你只管出去斋戒就行了，一定要虔诚一点。”胤祯无奈，只好照说的去办了。这天晚上，他又和自己的舅舅隆科多秘密商量了一晚上大事。
第二天，康熙帝到了畅春园，各位皇子也跟着一块儿去了。隆科多原本是皇亲，所以也跟着一块儿照料。只有四皇子胤祯已经去了斋所，不在其中。
又过了几天，康熙帝病症反而加重。御医轮流诊治，可康熙帝服了药也全然无效，反而更加气喘痰涌，有时甚至不省人事。各位皇子都很慌张，只有隆科多说不要紧。这天晚上，康熙帝把隆科多召进去，让他传旨，召回十四皇子，只是舌头打不过弯来，说到“十”的时候，停了一下，接着说出四子二字。
隆科多出来，就让宫里的太监去召四皇子胤祯。第二天早上，胤祯到了畅春园，先见了隆科多，跟隆科多稍微聊了几句，接着进去请安了。康熙帝看见他回来，痰又涌上来，喘得格外厉害。
各位皇子急忙站到两边伺候，就看见康熙帝指着胤祯说：“好！好！”只有这么俩字，没有其他的嘱咐，就这么两眼一翻，归天了。各位皇子齐声痛哭，四皇子胤祯更加悲痛，比其他皇子哭得都大声。
隆科多跟各位皇子说：“各位阿哥暂时别哭，请听读遗诏！”
这时各位皇子中，只有允禵还远出未归，允礽仍然被囚禁，没能出来奔丧。允禩先前已经被释放了，也在里面，听到遗诏二字，先嚷着说：“父皇已经有遗诏了吗？”
隆科多说：“自然有遗诏，请各位阿哥恭敬听着！”
于是就打开来读：“四皇子人品出众，非常像我，一定能继承我的遗志，所以特此让他继承皇帝位。”
允禩、允禟齐声说：“这遗诏是真的吗？”
隆科多严肃地说：“谁有几个脑袋，敢伪造遗诏？”
于是皇位已定，四皇子跑到御榻前，又是一阵痛哭，亲自为康熙帝换上衣服，这就是所谓的孝顺。紧接着就是给康熙帝隆重地办理丧事。后人有首满清宫词评价此事：
新月如钩夜色阑，太医直罢药炉寒。斧声烛影皆疑案，是是非非付史官。
康熙帝一共在位六十一年，守成之中，兼具创业，南征北讨，建设江山，就是任命的各级官员，也算是清正的多，贪污的少。
自从鳌拜伏罪后，后来只有大学士明珠，因为辅佐有功，得到康熙帝信任，稍微露出些骄狂的姿态，但也不像鳌拜那样专横。此外名臣如魏裔介、魏象枢、李光地、汤斌等人，都精通理学；于成龙、张伯行、熊赐履、张鹏翮、陆陇其等人，都恪守清操；彭孙遹、高士奇、朱彝尊、方苞等人，虽然没有什么功业，也算是治世文臣，有的通经，有的能文，肚子里都有学问，跟一群酒囊饭袋，毕竟不一样。