且说水晶宫中，逃回的虾兵蟹将三太子敖丙也被哪吒所杀，还被抽了龙筋的消息带回给东海龙王。东海龙王丧子心痛，更是勃然大怒，发誓一定要找李靖一家算账。他请来了西海龙王、南海龙王、北海龙王，让他们为自己做主，四海龙王一起兴风作浪，水淹陈塘关，要李靖交出哪吒。
李靖正要前往东海向龙王请罪，谁知四海龙王已经找上门来。他们不肯听李靖解释，引发洪水将陈塘关围困，天空阴云密布，不时传来雷声阵阵。
哪吒想要出城还击，却被李靖阻拦。李靖怕他再惹是生非，便收了他的乾坤圈与混天绫，还将哪吒绑起来命家人好好看守。哪吒没有了武器，又见父亲这样对自己，他心里满是委屈。
他向父亲大声辩解：“是他们先动手打我的！爹爹，你让我出去！打得过，我就一个人翻江倒海，保护陈塘关；打不过，我一个人拼了命也就算了，绝不连累陈塘关的无辜百姓，还有爹爹娘亲。”
李靖要将哪吒交给四海龙王处置，可是殷氏每日都哭着求他不要交出哪吒。而他虽然憎恨哪吒闯下大祸，可也始终不忍心让哪吒去死。就这样一日一日过去，围着陈塘关的洪水一直没有褪去，满城的百姓都日夜生活在恐惧与焦灼之中。
哪吒不忍心因为自己的过错而牵连陈塘关所有百姓遭殃，更不愿看母亲终日以泪洗面。终于有一日趁家人看守不备，他提起李靖的宝剑就跑出城去。李靖和殷氏知道后也赶忙追了出去。
陈塘关外，四海龙王眼见哪吒出城，便祭出飓风将哪吒团团围住，唯恐他逃走，更不让李靖夫妇上前。只见哪吒以剑指天，大喊道：“老妖龙，你听着！我一人做事一人当，不许你们祸害别人！既然我杀了你的儿子，如今我愿一命抵一命，我死后你们便褪去洪水，不许再为难于陈塘关百姓和我爹爹！”
东海龙王隐在阴云密布处，听到哪吒的话后，也现身答应道：“好！只要你死了我就再不追究！”
“哪吒！”身后传来殷氏的大声呼唤，哪吒举起剑，回头望了父母一眼，含泪说道：“爹爹娘亲，你们的骨肉我还给你们，我不连累你们！”
说完他用剑割下自己胳膊上的一片肉，殷氏心疼地大呼不要，李靖也不忍再看下去，他拉住殷氏扭开头不看哪吒。
哪吒又看向李靖，然后竟咬牙又剔下一段骨头，殷氏再也看不下去，大叫一声昏死过去。最后哪吒缓缓抬起头，将宝剑举起向着脖颈处划下，顿时血流不止。他用尽最后的力气，举起手伸向高空，大喊着：“师父！”
哪吒已死，四海龙王见报了仇，便不再为难李靖，围困陈塘关。他们将洪水褪去，大摇大摆地回到东海摆宴来庆祝哪吒之死。
可是哪吒虽死，他的魂魄却还滞留人间。他的魂魄飘飘荡荡，最后来到了金光洞寻找他的师父太乙真人。
太乙真人早知哪吒会有此一劫。他让哪吒给自己的母亲托梦，让她在陈塘关外翠屏山造一座哪吒神庙，受香火三载后哪吒便可再世为人。殷氏梦醒后与李靖说起却被拒绝，她只好瞒着丈夫自己筹钱建起了哪吒神庙与哪吒神像一座。庙宇修好之后，哪吒魂魄便常在翠屏山哪吒神庙里显灵，无论祈福消灾，只要百姓前来祈求，没有不灵验的。后来四方的百姓都得知哪吒神庙灵验，便纷纷前来进香，香火络绎不绝。
可是半年后李靖也知道了这件事情，不由得勃然大怒，带人砸了哪吒神庙，损毁了哪吒金身，再不许百姓进香祭拜。哪吒魂魄得知，心中不快，只得又去找太乙真人想办法。太乙真人得知李靖的所作所为后，也不禁感叹李靖心胸太过狭隘。
他不忍哪吒自此化为孤魂，便从莲池中取来莲藕作为骨骼，荷叶作为肌肉，又将莲花花瓣铺下，摆成人型。最后将一粒金丹放置在中间，做法将哪吒魂魄推入莲花做的身体之中，大喝一声：“哪吒速速化身为人！”
只听得一声巨响，莲藕做的哪吒活了过来。哪吒欣喜地看着自己的新身体，感激地跪下拜谢太乙真人再造之恩，太乙真人看到爱徒复生，心里也为哪吒高兴，于是他又将火尖枪、风火轮、乾坤圈、混天绫、金砖等一起传给了哪吒，并细细教授他各种法宝的使用方法。不一会儿哪吒便学会了神通，他再一次叩谢师父，然后脚踩风火轮，手舞火尖枪，急匆匆往东海去了。
东海水晶宫中，东海龙王正在宴请其他三海龙王，宫殿中歌舞升平好不热闹。突然一个虾兵跑进来惊恐地大叫道：“不好啦！哪吒打进来了！”
只听“砰”一声，水晶宫的大门被人踹开。哪吒冲杀了进来，虾兵蟹将皆不是对手。不知何时哪吒竟变出三头六臂，越战越勇，丝毫不惧。他祭起混天绫，挥动乾坤圈，火尖枪在手中游刃有余，直杀得东海水军落花流水，狼狈不堪。四海龙王起初还与哪吒顽抗，渐渐发现都不是哪吒对手，他们不想落得个被剥皮抽筋的下场，便纷纷求饶。
陈塘关百姓看到哪吒复活，而且变得如此骁勇善战，打赢了四海龙王，纷纷跑出来为他欢呼庆祝。这时太乙真人和燃灯古佛也赶了来，在他们的协调下，哪吒与李靖终于重修于好，恢复了父子情分。燃灯古佛又送给李靖一座玲珑宝塔，已防哪天哪吒不听话了，便可将他关在塔中。哪吒忌惮李靖手中的宝塔，从此后再也不敢冒失冲撞。
后来武王伐纣，哪吒凭借一身高强本领，做了姜子牙的先行官，屡建奇功。李靖的另外两个儿子金吒、木吒也学成下山，同父亲和弟弟一道帮助武王进行伐纣大业，他们立下不少丰功伟业，最后都被封神，成了神仙。