这样，虽然受到西班牙战争的干扰，恺撒仍然可能在马其顿发起攻击，至少他不会放慢脚步。他早已命令战船和运输船在布隆迪西乌姆会合，在西班牙军队投降和马西利亚落败后，他又将那里的精英部队调遣到目的地。毫无疑问，恺撒要求士兵竭尽全力地做事，但是战斗减员还是困扰着恺撒，在经过普拉森提亚时，最老的四个军团之一，即第九军团竟然发生了兵变，这显然是关于军中情绪的一个危险信号。但是，恺撒凭借着自己的镇定和个人威望镇压住了兵变，并没有因此而妨碍登船。但是，在罗马纪元705年即公元前49年3月追击庞培时就已经暴露出来的船只缺乏问题，现在也威胁到了这次的远征行动。恺撒已经命人在高卢、西西里和意大利港口建造船舶，但还没有完工。他在亚得里亚海的舰船，去年在库里克塔被摧毁，布隆迪西乌姆只有不到十二艘舰船，总共十二个军团和一万名骑兵，当前只能运输不足三分之一的兵力前往希腊。敌人庞大的舰队在亚得里亚海拥有绝对的霸权，尤其是东部沿海地区的大陆和岛屿上的一切港口。在这种情况下，就提出了这样一个问题，恺撒为什么舍弃经伊利里亚的陆路而选择走海路？走陆路可以免于受到舰队的威胁，而且他的队伍大部分来自高卢，走陆路比走布隆迪西乌姆的海路更快捷。确实，伊利里亚地区的贫瘠和崎岖让军队行军困难重重，但是，不久之后另一支军队就通过了这里，所以这个阻碍对高卢的征服者来说，并非无法克服。或者，恺撒认为，当他艰难跋涉着穿过伊利里亚时，庞培将调遣自己的全部兵力驶过亚得里亚海，于是，他们两人的位置将会立刻转换——恺撒在马其顿而庞培在意大利，虽然能够预料到行动迟缓的对手，不太可能做出如此迅速的转变。或者，恺撒之所以决定走海路，是因为他认为那时他的舰队将能控制海域，然而，当他从西班牙返回后，才意识到亚得里亚海的实际情况，不过要改变作战计划已经太迟。或者，恺撒的急性子经常让他仓促做出决定，我们甚至可以说很有可能是，此刻他还没有占领伊庇鲁斯港，敌人却可以在几天之内占领，所以无法抵抗住再次大胆出击而挫败敌人整个计划的诱惑。
恺撒首次成功登陆伊庇鲁斯
然而，可能是在罗马纪元706年即公元前48年1月4日，恺撒率领着因为辛苦和疾病而人数锐减的六个军团和六百名骑兵，从布隆迪西乌姆出发前往伊庇鲁斯海岸。这次出征类似于有勇无谋的不列颠远征，但至少第一步很顺利。他们抵达阿克罗科劳尼（acroceraunian，即奇马拉）峭壁的中间，在人迹罕至的帕莱萨（paleassa，即帕尔贾萨）登陆。庞培在奥里克港（oricum）停泊的十八艘船和敌军舰队总部科西拉（corcyra）的人员，都看到了这次恺撒的士兵运输。但是，其中一处的人员认为自己势单力薄，而另一处的人员还没有准备好出航，所以，这一次的士兵运输没有受到任何阻挠，顺利登陆。船舶立刻返回运输第二批士兵，当晚恺撒就登上了阿克罗斯伦安山。他的首次成功和带给敌人的震惊一样巨大。在伊庇鲁斯的民兵，没有一处进行抵抗，恺撒夺取了重要的沿海城镇奥里克和阿波罗尼亚连同一些较小的城镇。都拉基乌姆是庞培所选择的仓库主要驻扎地，这里存放着各种物资，但驻兵薄弱，这时也陷入了极大的危险之中。
恺撒与意大利的联系被切断
但是，随着战事的深入，恺撒并没有取得开始时的辉煌战绩。随后，深感内疚的毕布路斯加倍努力来弥补自己因疏忽所犯下的过错。他不仅捕获了近三十艘返回罗马的运输船，还将船上的一切付之一炬。他对恺撒所占据的整个海岸线，即从萨松岛至科西拉港进行严防把守。不过，由于当时正值一年中气候最恶劣的季节，而且守卫船上所需要的一切物资甚至包括木柴和水都需要从科西拉运送，所以任务非常艰苦，毕布路斯很快就因劳累过度而逝世。事实上，他的继任者利波，有一段时间甚至将整个布隆迪西乌姆港全面封锁。他驻扎在港口前的一个小岛上，直到缺少淡水时才撤离。恺撒的军官无法将第二批士兵运送给统帅，恺撒仅凭一己之力也无法夺取都拉基乌姆。庞培从恺撒的和平使节那里得知，恺撒准备渡到伊庇鲁斯沿岸。于是，庞培加速前进，及时占领了那里的军械库。恺撒的处境变得十分危险。虽然他势单力薄，还是尽一切可能扩大在伊庇鲁斯沿岸的势力范围，但军队的供给还是很困难，处境危险。反观敌人却控制着海域，拥有都拉基乌姆的储备，物资供应充足。恺撒军队的人数不过两万人，而庞培军队的人数至少是他的两倍，所以恺撒不敢挑起战事。不过幸运的是，庞培并不急于进攻，他正在阿普索河的右岸，即都拉基乌姆和阿波罗尼亚之间有序地搭建冬季的营房，以便等到春季波加蒙的军团到来后，以绝对的优势歼灭敌人。就这样，几个月过去了。如果好的时节到来，敌人兵力增加并且舰队可以自由航行，而恺撒还滞留在原地，那么他薄弱的军队将被夹在伊庇鲁斯的峭壁间，一面是海上强大的舰队，一面是陆路上三倍于己的敌军，那么他将全军覆没。现在，冬季正在慢慢结束，他唯一的希望仍然寄托在运输船，因为偷渡或冲破防线的希望都不大，但在经过第一次大胆的蛮干后，只有在逼不得已的情况下才会进行第二次冒险。我们可以从恺撒的决定看出他当时的处境多么危险——当舰船还未来到时，他决定独自乘坐一条渔船，渡过亚得里亚海前往布隆迪西乌姆去接应士兵，而现实中找不到一条船来承担这次冒险的航海任务，最终他只能放弃。
安东尼驶向伊庇鲁斯港
但是，无需他亲自出马，他在意大利有一位忠心的军官马尔库斯·安东尼，会用尽全力来救援自己的主人。运输船装载了四个军团和八百名骑兵再次从布隆迪西乌姆港出发，幸运的是一阵南风让他们成功避过了利波的船队。但这阵南风虽然救了运输船，却让它无法在指定的阿波罗尼亚港登陆，迫使它驶过恺撒和庞培的营地，驶向都拉基乌姆北边的利苏斯，所幸的是这个城镇也是依附于恺撒的。当运输船驶过都拉基乌姆港时，罗德斯的船队便出动进行追击，安东尼的船刚驶入利苏斯港，敌军舰船就出现在了港口前。可就在此时，风向突然改变，将舰船刮向外海，船体的一部分撞上了沿岸的岩石峭壁。这次不可思议的幸运，让第二批运输的士兵也成功登陆。
恺撒军队汇合
安东尼和恺撒之间隔着都拉基乌姆和全部敌军，确实还有几天的行程，但是安东尼通过格拉巴—巴尔干山口，绕过都拉基乌姆，幸运地完成了这次凶险的行军。恺撒来到阿普索河右岸迎接他。
庞培本想阻止两支敌军的汇合，迫使安东尼孤军奋战，现在这个想法落空了，他便在格努萨河的阿斯帕拉吉姆占领了一个新的据点。格努萨河位于阿普索河与都拉基乌姆城之间，与阿普索河平行。庞培来到新的据点后再次按兵不动。现在，恺撒感到兵力充足，想要与庞培一决高下，但后者拒绝出战。另一方面，恺撒成功地欺骗了敌人，用自己更善于行军的部队切入敌人军营和作为基地的都拉基乌姆之间，给敌人来了个措手不及。
格拉巴—巴尔干山脉自东向西延伸，直至亚得里亚海在都拉基乌姆的狭窄岬角，并且在都拉基乌姆以东十四英里的地方向西南延伸出一个侧面，这个侧面朝向海洋形成新月形，山峦主脉和侧面之间包围着一个小平原，平原向外延伸，围绕着海岸上的一个悬崖。现在，庞培扎下营地，虽然恺撒对他实施了封锁，并控制了通往都拉基乌姆的陆上路线，但他依靠舰队的帮助，依然可以继续和城镇保持联系，可以轻松地补足一切必需品。反观恺撒的军队，虽然派遣了一支强大的分遣队去往内陆，虽然统帅尽力组织了一条运输系统，保证日常供给，但还是出现供给短缺，他们常常用肉、燕麦甚至根茎来代替习惯食用的小麦。
恺撒包围庞培的军营
因为恺撒的对手沉着冷静，一直按兵不动，他便占据了围绕着庞培所控制的沿岸平原的高地。这样至少能阻止敌人优势兵力和骑兵的活动，还能更自由地攻击都拉基乌姆，如果可能，还能迫使对手出战或登船。恺撒有近一半的兵力被派往内陆，用余下的兵力来包围大概比自己多两倍且人员集中、依靠着大海和舰船的敌军，这看起来有些异想天开。然而，恺撒的老兵们凭借着不懈的努力，围绕着庞培的军营修建了一条长约十六英里的包围线，随后又像此前在阿莱西亚一样，在这条线之外又修建了一条包围线，用于防御来自都拉基乌姆的进攻，还可以防止敌人利用舰队轻松实施的迂回战术。庞培不止一次地想要攻破这条防线，但他并不打算用战争的方式来突破包围，他宁愿在自己的军营周围也修建多处战壕，将它们连成一条防线。双方都努力把战壕尽量向前推进，在不断的冲突中，工程进展缓慢。同时，在恺撒军营的另一边，他们与都拉基乌姆的守军不断有小规模战斗，恺撒希望借助城内的居民来控制这座要塞，但遭到了敌军舰船的阻挠。各个据点都不断有小型冲突发生，最激烈的时候，一天有六处据点同时交战，通常都是英勇善战的恺撒军占据上风。例如有一次，恺撒的一支步兵在战壕中连续几个小时抵抗四个军团的进攻，直到援兵到来。两边都没有取得明显的胜利，不过，包围逐渐让庞培军感到无法忍受。从高地流向平原的小溪被截流后，迫使他们只能依靠稀缺而又水质糟糕的井水。更让人感到糟糕的是，缺少驮兽和马匹的饲料，舰船不能及时补充，让它们成群地死去，虽然马匹被舰船运往都拉基乌姆，但还是收效甚微，因为他们同样找不到充足的饲料。
恺撒的防线被攻破恺撒再尝败仗
为了摆脱这种困境，庞培不能再拖延了，他要向敌人发起进攻。从两位凯尔特人的逃兵那里，他得知敌人在两条防线之间忽视了对海岸地区的防御，两道防御墙之间相隔六百英尺。据此，庞培想出了他的作战计划。他让军营里的军团攻击恺撒的内圈防线，让船上的轻步兵登陆后攻击敌人的外围防线，再派第三支队伍前往敌人两条防线的空虚处，从后面攻击防御完备的敌人。庞培军夺取了沿海的战壕，驻守的士兵都落荒而逃。旁边的战壕在指挥官马尔库斯·安东尼的率领下，艰难守住了阵地，暂时阻止了庞培军的前进。但是，暂且不说恺撒军队损失的惨重，其沿海最外围的防线仍然被庞培军控制，现在防线也被攻破了。
恺撒急于想要反攻庞培的军团，很快机会出现了。庞培的军团不慎陷入孤军作战，他就率领大量步兵发起攻击。但是，这次进攻遭到了顽强的抵抗。由于交战地曾多次作为大大小小队伍的营地，所以山坡和壕沟纵横交错，让恺撒的右翼部队和骑兵完全迷了路，落入一条从旧营地通往河流的沟渠里，无法支援左翼部队攻击庞培的军团。所以，庞培急忙率领五个军团赶来援助他的队伍，他发现敌人的两翼分离，其中一支已经完全陷入孤立无援的境地。当恺撒军看见他进攻时，都变得惊慌失措，四处逃散。如果战事的结果是恺撒军损失了一千名精兵，没有遭受一场完败，那只是因为庞培在这坑洼不平的路面无法自由发挥军力，进一步来说是他担心中计，首先鸣金收兵。
恺撒失利的后果
但即使如此，这些日子也让恺撒损失惨重。他不仅遭受了最严重的损失，四个月花费巨大人力所修建的战壕一下就垮了，而且由于近期的交战，让他又重回原点，恺撒被驱赶到距离海洋更远的地方。由于庞培的长子格涅乌斯的大胆进攻，让恺撒停留在奥里克港的几艘船，不是被烧毁就是被抢走。随后，他们又放火烧毁了停留在利苏斯的运输船，这让恺撒再也无法通过海路从布隆迪西乌姆运送增援部队。现在，庞培数量众多的骑兵可以畅通无阻地涌入附近地区，这严重威胁到了恺撒军队的补给。恺撒军队的补给本来就已经困难重重，现在完全无法维系。没有舰船的恺撒胆大妄为地向坐拥海洋和舰船的敌人发起攻击，结果彻底失败。迄今为止，在战区内，他遭遇到了坚不可摧的防御阵地，无法给都拉基乌姆或敌军以致命一击。另一方面，现在完全由庞培一人决定，是否在最有利的形势下，继续进攻补给已经严重匮乏的对手。战争进入到危急关头。迄今为止，庞培在作战中显然没有制订特别的计划，只是根据每次迫在眉睫的进攻调整他的防御。这样做无可厚非，因为随着战事的延长，让他有机会训练士兵作战、调来后备军、更充分地发挥舰队在亚得里亚海上的巨大优势。恺撒被击败，不仅有战术问题，还有战略问题。确实，都拉基乌姆恺撒的战败没有达到庞培预料的结果，恺撒的老兵拥有着卓越的军人气质，他们不会因为饥饿和叛乱而立刻完全瓦解。不过，这结果似乎还是取决于他的对手，明智的乘胜追击，将会收获全部的胜果。
庞培的战争前景西庇阿和卡尔维努斯
攻击的主动权掌握在庞培手中，他也决定发起进攻。他有三种不同的方式来取得胜利果实。第一种也是最简单的一种，就是继续攻击败军，如果他们逃，他就追。第二种是庞培将恺撒和他的精锐部队留在希腊，而他亲自率领主力部队返回意大利，这也是他长久以来准备采取的行动。毫无疑问，意大利的人民是反对君主制的。恺撒把最好的军队和英勇可靠的将领派往希腊后，此刻正是后方空虚的时候。最后一种是胜利者转战内陆，与梅特路斯·西庇阿的军团会合，一起俘获恺撒驻守在内陆的军队。确实，在恺撒的第二批援军到达意大利后，他一方面立即派遣一支强大的分遣队，前往埃托利亚和色萨利为军队收粮；另一方面命令格涅乌斯·多米提乌斯·卡尔维努斯率领两个军团，沿伊格纳提亚大道前往马其顿，以便拦截从德萨罗尼卡出发，沿同一条路行进的西庇阿的军队，有可能的话将它逐个击破。当卡尔维努斯和西庇阿之间相距只有几英里时，西庇阿突然调转方向南下，留下马尔库斯·法沃尼乌斯率领辎重部队，而自己迅速渡过哈里亚克蒙河，进入色萨利，用优势兵力进攻由卢奇乌斯·卡西乌斯·朗基努斯所率领的恺撒新兵团。但是，朗基努斯翻过山向安布拉西亚方向撤退，想要和格涅乌斯·卡尔维西乌斯·萨比努斯所率领的分遣队会合，这支队伍是由恺撒派往埃托利亚的。西庇阿只能派遣色雷斯的骑兵去追击，因为卡尔维努斯威胁到了他留在哈里亚克蒙河上的法沃尼乌斯所率领的后备队，正如他自己想要攻击朗基努斯一样。所以，卡尔维努斯和西庇阿再次在哈里亚克蒙河相遇，他们在这里安营扎寨，对峙多日。
恺撒从都拉基乌姆向色萨利撤退
庞培可以从这些计划中进行选择，恺撒却别无选择。在那次惨烈的战役之后，他开始向阿波罗尼亚撤退。对于一支被敌军追击的败军而言，从都拉基乌姆向阿波罗尼亚撤退的行动并不容易，沿途道路崎岖，需要蹚过几条河流。但是，凭借着统帅的机智聪明和战士们坚持不懈的努力，迫使庞培在追击四天后，因为徒劳无功而放弃。现在，庞培的决定是出征意大利还是转战内陆。虽然前者好像都更明智更具吸引力，还得到了很多声音的支持，但他不想抛弃西庇阿的队伍，更想乘此机会拿下卡尔维努斯的队伍。此时，卡尔维努斯正位于赫拉克莱亚—林塞斯蒂斯（heraclea—lyncestis）的伊格那提亚大道上，介于庞培和西庇阿之间。在恺撒向阿波罗尼亚撤退后，他的军队距离恺撒的军队比距离庞培的军队还要远，而且对于都拉基乌姆的战事一无所知，也不知道自己的危险处境。因为在都拉基乌姆取胜后，整个地区都倾向于庞培，恺撒的信使在各地都遭到了逮捕。直到敌军主力部队距离他只有几小时路程时，卡尔维努斯才从敌人的先遣队那里得知事情的实情。最后时刻，他向南方的色萨利快速前进，才避免了这场即将到来的杀戮，庞培只得满足于替深陷困境的西庇阿解围。
此时，恺撒已经顺利抵达阿波罗尼亚。都拉基乌姆惨败后，他立即决定将战场由沿海转入内陆，让敌人的舰船鞭长莫及，这是他此前战败的根本原因。恺撒的库房在阿波罗尼亚，所以向这里行进只是要把伤兵安顿到安全的地方，并给士兵发放军饷。他一处理完这些事务，就立即向色萨利出发，让驻军留守阿波罗尼亚、奥里克和利苏斯。卡尔维努斯的队伍也在朝色萨利的方向前进。两支由昆图斯·科尼菲乌斯所率领的军团从意大利出发，由陆路经伊利里亚前来。相较于伊庇鲁斯，恺撒在色萨利与援军会合更容易。他沿着崎岖的小路攀登埃乌河谷，越过将伊庇鲁斯和色萨利分隔开的山脉，抵达佩涅奥斯河（peneius）。卡尔维努斯也奉命来到这里，于是两军经过路程最短，也最不容易受到敌人攻击的线路成功完成会师。会师的地点位于距离佩涅奥斯河源头不远的埃吉尼乌姆（aeginium）。现在，会合后的大军来到第一座色萨利城镇贡菲（gomphi），他们将城门紧闭，拒绝其他人入内。大军通过迅速的猛攻，对这座城镇进行劫掠，这让其他色萨利的城镇魂飞魄散。随后，只要恺撒军团出现在城墙前，他们就立刻投降。伴随着不断的行军和冲突，依靠着佩涅奥斯河流域所提供的并不充裕的补给，他们所经历过的灾难性事件和记忆都逐渐消散。
都拉基乌姆的胜利并未给胜利者带来太多立竿见影的效果。庞培和他笨拙的军队、众多的骑兵无法跟随灵活的敌人进入山地。恺撒就像卡尔维努斯一样躲避了追兵，两人都安全地抵达色萨利会合。现在，如果庞培毫不迟疑地率领主力部队登船前往意大利，必将在那里取得胜利，这或许是最好的方案。但此时，只有一支舰船前往西西里和意大利。在联合作战的营地，人们认为经过都拉基乌姆一役，与恺撒的争斗已经取得了决定性的胜利，现在只剩下收获胜利果实了，换句话说就是搜捕败军。他们先前的过度谨慎，在缺乏审时度势的情况下被自大所蒙蔽，忽视了以下事实：严格说来，他们的追击已经失败，他们得准备在色萨利迎接一支彻底重整旗鼓后的军队，那里远离海洋，失去了舰船的支持，跟着对手来到由他所选择的战场，这些都是不小的风险。他们只是决定不惜一切代价要和恺撒作战，尽可能快地用最便捷的方式抓住他。加图负责管理都拉基乌姆和科西拉，在前者留下了十八支步兵中的一支驻守，在后者留有三百艘战船。庞培和西庇阿向佩涅奥斯河下游前进，显然前者是沿着伊格纳提亚路至佩拉后转入向南的大道，后者从哈里亚克蒙河穿过奥林匹斯山口，二人在拉里萨（larisa）相遇。
驻扎在法萨卢的军队
恺撒的营地位于拉里萨以南的平原上，这是库诺斯克法莱丘陵（cynoscephalae）和俄特律斯山（othrysand）的延伸，佩涅奥斯河的支流埃尼佩乌斯河（enipeus）穿境而过。恺撒的军队就驻扎在埃尼佩乌斯河的左岸靠近法萨卢城（pharsalus）的地方，庞培的军队则在他的对面安营扎寨，即埃尼佩乌斯河的右岸沿库诺斯克法莱高地的斜坡处。庞培的全部兵力都集合在这里，而恺撒还在期盼着此前派往埃托利亚和色萨利、现在由昆图斯·福菲乌斯·卡勒努斯（quintusfufiuscalenus）率领的位于希腊的两个军团，以及跟随恺撒经由陆路从意大利出发，已经到达伊利里亚的科菲尼菲奇乌斯的两个军团。庞培有七个军团近四万七千名士兵和七千名骑兵，步兵人数是恺撒的两倍多，骑兵人数是他的七倍。连续不断的疲劳应战让恺撒的军队兵力大减，八个军团能参战的人数不足两万两千名士兵，所以人数只是正常情况下的一半。取胜的庞培军有骑兵无数，还有上好的仓库让物资供应充足，而恺撒军则在困境中勉强维持生计，只能寄希望于从即将到来的粮食收割中获得更多的供给。庞培的士兵状态正佳，他们从最后一次的战役中学会了如何打仗，也更加信任统帅。
在庞培这一边，所有的军事专家都赞成这样一种观点，即现在他们和恺撒在色萨利对峙，决战不能再拖延。毫无疑问，在军事会议上还有一个比这个更有分量的理由，那就是众多体面的军官和其他随军人员难以忍受流亡生活。自都拉基乌姆之战以来，这些贵族就将本党的胜利视为必然的事实，已经就恺撒大祭司的填补事宜产生激烈的争论，他们向罗马下达命令，在广场租赁房屋以供下次选举使用。
两军被一条河流隔开，对于渡河作战一事，庞培一直举棋不定，而兵力较弱的恺撒也不敢冒险过河，这引起人们的愤慨。据说，庞培之所以拖延战事，只是想更久地统治这些前执政官和前副执政官，占据统帅之职。庞培还是屈服了。恺撒给人以不想开战的感觉，却计划绕过敌军，向斯科图萨出发。当他看见庞培的军队在岸边准备作战时，他也安排军团准备出战。
战役
于是，法萨卢战役在罗马纪元706年即公元前48年8月9日爆发，战场差不多就是一百五十年前罗马人奠定其在东方统治权的地方。庞培的右翼位于佩涅奥斯河，恺撒在他的对面，将左翼布置在佩涅奥斯河前崎岖不平的山地上，另外两翼则驻扎在平原上，双方均用骑兵和轻步兵掩护。庞培的意图是用步兵防守，而用骑兵冲垮他所面对的按照日耳曼式由轻步兵混合而成的薄弱骑兵，然后从后部攻击恺撒右翼。恺撒那英勇的步兵抵抗住了敌人的第一波进攻，战役就此停滞。同样，英勇的拉比努斯经过短暂的抵抗，驱散了敌人的骑兵，为了绕过步兵，他将兵力向左翼展开。但是，恺撒已经预见到自己的骑兵会败下阵来，所以将他最精锐的两千人军团布置在骑兵的后方。当敌人的骑兵追逐恺撒的骑兵而沿着线路飞驰过来时，这批精锐士兵突然冲出来，顽强勇猛地攻击他们。敌人的骑兵在遭到这批特殊步兵的意想不到的攻击时，立刻陷入混乱，全速冲出了战场。现在，获胜的军团转而攻击失去保护的敌军弓弩手，然后冲向敌人的左翼，开始攻击。同时，恺撒一直保留的第三队也沿整条战线开始进攻。庞培最好军团的意外战败，让对手士气大振，而本方士兵，尤其是统帅都备受打击。庞培从一开始就不相信自己的步兵，当他看见骑兵逃跑后，甚至还没等恺撒下达统帅攻击的命令，就立刻骑马从战场飞奔回营。他的军团开始军心动摇，很快就从河流处向营地撤退，期间损失惨重。
庞培出逃
那天就这样战败了，很多骁勇善战的士兵都牺牲了，但军队基本保全了下来，庞培的处境也远不及恺撒在都拉基乌姆战败时所面对的危机。但是，恺撒在命运的变迁中懂得，即使是对待幸运女神最宠爱的人，她有时也会抽身离去，只为让自己通过坚持不懈的努力再次将她带回身边。而庞培一直以来都受到幸运女神的垂青，当她离他而去时，让他感到绝望不已。恺撒拥有强大的心性，绝望只会让他释放出更巨大的能量，而庞培庸俗的灵魂，在面对同样压力时，则陷入悲观失望的无尽深渊之中。正如昔日他与塞多留（sertorius）作战时一样，当面对强大的对手时，他曾差点临阵脱逃。当他看见自己的军团从河边撤退时，他扔掉统帅的围巾，从最近的路线逃往海边，准备登船。他的军队群龙无首，灰心丧气。虽然西庇阿拥有庞培一样的最高命令权，但只是名义上的统帅，他想在壁垒后防御，但恺撒不允许他休息。军营中罗马人和色雷斯守兵的顽强抵抗很快就被攻破了，大量的士兵落荒而逃，被迫退往克兰农（crannon）和斯科图萨（scotussa）高地。庞培的军营就驻扎在这片高地之下。他们企图沿着山路前进返回拉里萨，但恺撒的军队将战利品和疲劳抛诸脑后，通过平原上更顺畅的小路前进，拦截了逃亡者的路线。事实上，到了深夜庞培军停止行军时，追兵甚至已经建起了一条防线，阻止逃兵前往附近唯一一条小河。
法萨卢之战就这样结束了。敌军不仅战败，还被彻底歼灭，战场上的敌军死伤人数为一万五千人，而恺撒仅损失了两百人。战后的清晨，有近两万人放下了武器，举手投降。只有个别队伍，其中包括最著名的军官逃往山上避难，庞培军的十一面鹰旗有九面都交给了恺撒。就在战役打响的那天，恺撒还提醒自己的士兵，不要忘记敌人是自己的同胞，不要像毕布路斯和拉比努斯那样对待战俘。不过，现在他也认为有严惩战俘的必要。普通士兵都被收编入恺撒的军队，地位较高者则被处以罚金或没收财产，而被俘获的元老和骑士则被处死，鲜有例外。仁慈的时期已经过去，内战持续时间越长，也就变得越发残酷，越难和解。
法萨卢战役的政治效果东部投降
随着时间的流逝，罗马纪元706年即公元前48年8月9日的战争后果才逐渐显现出来。毫无疑问，此前那些因为庞培更强大而依附于他的人们，在法萨卢战败后，全都转投恺撒一方。庞培的战败具有决定意义，让所有不愿或不必替失利者而战的人都和胜利者联合起来。所有的国王、市民、庞培的保护国现在都召回了他们的海军和陆军，并拒绝向战败者提供避难场所，包括埃及、普兰尼、叙利亚各城邦、腓尼基、西利西亚、小亚细亚、罗德斯和雅典等所有东部地区。事实上，一直装腔作势的博斯普鲁斯国王法纳塞斯，听到法萨卢战役的消息后，不仅占领了几年前庞培宣告为自由市的法纳歌利亚和经他批准的科尔基斯王子的领土，甚至还将庞培授予德奥塔卢斯王的小亚美尼亚据为己有。在这普遍的归顺中，仅有的例外是小城梅伽拉被恺撒包围并遭到猛攻，还有一个是努米底亚王尤巴。他早就预料到恺撒要吞并他的王国，在他战胜库里奥后就更确信无疑了，所以不论好坏，他都必须忍受战败的党派。
法萨卢战役后的贵族
宪政党的跟随者即所有不是诚心加入党派的人士，或者像马尔库斯·西塞罗之流，他们就像围绕着布罗肯山的女巫一样在贵族周围活动。正如属国向法萨卢的胜者投降一样，他们也和新君主讲和，因此，新君主满怀轻蔑之心客气地与请愿人和解。但是，战败党派中的中坚分子却不妥协。虽然贵族阶级大势已去，可是，贵族却永远也不会转投君主政体。人类最高的启示已经被摧毁，曾经信仰的真理成了谎言，昔日赐福的政体成了诅咒，但是，即使是那逝去的福音也仍然拥有信徒，如果这种信仰不能像人间信仰的真理那样撼动高山，它仍然相信自己直到最后，直到它拖住最后一位祭司和最后一位信徒，直到新一代人不再笼罩在过去和死亡的阴影之下，统治一个重建的新世界，它才离开人间。罗马正是如此。无论贵族统治堕落到何种深渊，它曾经是一个伟大的政治制度，曾经依靠着它神圣的火焰，征服意大利并战胜汉尼拔，虽然这火焰已经黯淡无光，但只要罗马贵族存在，它就将继续在贵族中燃烧，这些旧政体中的人不会和新君主达成友好的谅解。大部分宪政派至少在表面上认输了，承认了这位君主，甚至接受了恺撒的赦免，尽可能地选择退休回归个人生活。不过，通常这种做法内心都有所保留，那就是寻求自保等待未来改朝换代。这种做法主要是一些不太出名的党派人士，但是精明能干的马尔库斯·马尔凯乌斯也在这些谨慎者之中，自愿流放到勒斯博斯，正是他造成了和恺撒的决裂。不过，大多数真正的贵族，他们的热情都比冷静的思考更强烈，毫无疑问，他们仍然用还有可能成功来自我欺骗的同时，还担忧必然会遭到胜利者的报复，两种思想以各种方式交织在一起。
加图
或者没有人像马尔库斯·加图一样，对事态的判断如此痛彻和分明，不受自己的恐惧或希望所影响。在伊莱尔达和法萨卢之战后，他就完全相信君主制不可避免，强烈的道德感让他承认这个事实并按照它来行事，所以对于宪政党是否应该继续作战，他曾犹豫不决，继续作战必然会让许多不知道为何而战的人为这项必败的事业牺牲自己。当他决定不是为了胜利，而是为了一个即将灭亡的荣耀而与君主制作战时，对于那些不愿与共和制共存亡而要和君主制和解的人，他都尽可能不让他牵涉入战争之中。他认为，当共和制仅仅是受到威胁时，人们有权力和义务强迫冷漠和恶劣的人员加入战斗，但是现在，还强迫个人与必败的共和制同归于尽则是毫无意义的暴行。他不但释放了每个愿意返回意大利的人员，而且当狂热的党派人士中最疯狂的小格涅乌斯·庞培，坚持要把这些人尤其是西塞罗处死时，也只有加图凭借着自己的道德权威阻止了这种行为。
庞培
庞培也不想和解。如果这个职位就该属于他，我们想他一定知道，一个渴望王冠的人不可能再回到普通生活中，因此世界上没有失败者的容身之地。但是，庞培不是因为太过高尚而没有请求原谅，他若请求，宽宏大量的胜利者或许不会拒绝他，相反，他是太过卑鄙而没有请求原谅。无论是他无法下定决心依靠恺撒也好，优柔寡断也罢，在法萨卢的不幸所造成的巨大影响消失后，他又开始怀抱希望。庞培决定继续和恺撒对抗，在法萨卢之后，他将去寻找另一个战场。
战役的军事影响逃散的将领
因此，无论恺撒多么努力想用宽容审慎的态度去平息对手的愤怒，减少他们的数目，然而战争没有改变多少，依然继续进行。但是，几乎所有的领导人都参加了法萨卢战役，除了卢奇乌斯·多米提乌斯·阿亨巴布斯在战斗中被杀，其他的都逃了出来，不过他们散布在各地，不能继续讨论一个共同的作战计划。他们大部分都来到科泽拉即马尔库斯·加图率领后备部队留守的地方，一些人是经由马其顿和伊利里亚的荒山来到这里，一些人是搭乘舰船来到这里。在加图的主持下，他们在这里召开了战争会议，到会的有梅特路斯·西庇阿、蒂乌斯·拉比努斯、卢奇乌斯·阿弗拉尼乌斯、小格涅乌斯·庞培等，但是统帅的缺席，让大家对他的生死未卜感到痛心。党内意见产生了分歧，让他们无法达成任何共同的协议，最终，他们采取各自认为对自己和共同事业最合适的方式行动。事实上，我们很难说出在他们可能抓住的众多稻草中，哪一根会在水上漂浮最久。
马其顿和希腊、意大利、埃及、西班牙、阿非利加
法萨卢之战让马其顿和希腊失守。加图听到战败的消息后，立刻撤离了都拉基乌姆。的确，在此期间，他仍然为宪政党把守着科西拉，卢提利乌斯·卢普斯把守着伯罗奔尼撒。那一刻，看起来好像庞培将在伯罗奔尼撒的帕特雷进行抵抗，但卡列努斯进军的消息足以把他们从这片地区吓跑。他们也不打算再坚守科西拉。在意大利和西西里沿岸，庞培在都拉基乌姆胜利后将舰队派往那里，攻打布隆迪西乌姆、梅萨那和维勃港口，并取得了重要的胜利。尤其是在梅萨那，他们烧毁了正在为恺撒准备的所有舰船。但是，作战的船舶大多来自小亚细亚和叙利亚，由于法萨卢战役而被他们的城邦召回，所以这次远征无疾而终。此时，在小亚细亚和叙利亚都没有双方的军队，除了有一支法纳塞斯的博斯普鲁斯军队，表面上是为了恺撒占领了属于对手的多个地区。
在埃及，实际上还有一支庞大的罗马军队，由伽比尼乌斯留下的队伍，及随后招募的意大利流浪汉和叙利亚或西西里的土匪组成。但是显而易见，亚历山大的朝廷绝不想被战败党紧紧地控制或由他们调遣自己的兵力，这一点从不久之后他们召回了埃及的舰船便得到了证实。
对于战败者而言，西方的形势稍微有利一些。在西班牙，人民对庞培怀有强烈的同情心，因此恺撒不得不放弃想要从这里攻打阿非利加的念头。所以，一旦这个半岛来一位著名的领袖，叛乱似乎就不可避免。
此外在阿非利加，联合派更准确地说是这里真正的统治者努米底亚王尤巴，自罗马纪元705年即公元前49年秋天，就在不受打扰的情况下进行备战。联合派因为法萨卢战役失去了整个东方，但他们可能以一种荣耀的方式继续在西班牙作战。当然还有阿非利加，因为努米底亚王早已臣服于罗马，请求他帮忙对付革命同胞，无疑会让罗马人感到痛心耻辱，但这绝不是叛国行为。在这场让人失望的战争中，有些人会不再顾虑正义或荣誉，宣称自己置身法外，发动强盗式的战争行为；或者，他们将和独立的邻国联合起来，把公敌引入内部冲突；或者，最后他们将口头承认君主制，却继续用刺客的匕首恢复正统的共和制。
强盗和海盗的战争
至少战败者应该撤退并退出新的君主政体，这是理所当然的事情，这是关于他们所处绝境最真实的表述。自人类有记录以来，山林尤其是海洋永远都是罪犯的避难所，也是无法忍受痛苦和压迫者的安身所。庞培党和共和派自然会在山林和海上发起对恺撒君主政体的反击战，直至他们被驱逐出去，尤其是他们会发动大规模的海上劫掠，而且组织更牢固，目标更明确。即使是来自东方的舰队被召回以后，他们仍然拥有一支属于自己的庞大舰队，而到目前为止，恺撒几乎没有战船。达尔马提亚人为了自己的利益起兵反抗恺撒，庞培党与他们联手，控制了最为重要的海域和港口，这对海战尤其是小规模的战役非常有利。以前，苏拉追捕平民派最终导致了塞多留的叛乱，这场战争最初是由海盗发起，然后是强盗，最后演变成一场非常严重的战事。如果加图派的贵族和庞培的追随者中有马略平民派那样的意志和激情，如果在他们中间有一位真正的海上国王，那么也许会在还未被征服的海上，兴起一个独立于恺撒君主制并能与其匹敌的国家。
盟国帕提亚
由于想把独立的邻国拖入罗马的内战，借助它的财力反击革命，这从各方面看都应受到更为强烈的反对。法律和良心将叛国视为比强盗更为严重的罪行，一伙胜利的强盗比依靠公敌返回国家的流亡者，更容易回归到一个自由而且秩序良好的国家。而且，战败的党派几乎不可能用这种方式实现复辟。他们唯一能够寻求帮助的国家就是帕提亚，至于它是否会将他们的事情当作自己的事情则让人怀疑，也不太可能为了此事与恺撒斗争到底。共和派密谋的时机还未到来。
恺撒追击庞培至埃及
因此，战败党的残余势力只能无奈地听从命运的驱使，甚至那些决定继续战斗的人士也不知道该如何做、从哪儿做起。向来当机立断、行动迅速的恺撒，抛开一切事务追击庞培——他的敌人中只有此人是让他肃然起敬的官员，抓住庞培就等于让一半的敌人束手就擒，而且可能是最危险的那一部分。恺撒带了一些士兵随他渡过赫勒斯滂海峡，他的孤舟遇到了正驶往黑海的敌军舰船。敌舰中全体船员被法萨卢之战的消息吓得魂不附体，因而被恺撒全部俘获。当最必需的准备工作一完成，恺撒赶紧前往东方追击庞培。后者已经从法萨卢战场逃往勒博博斯，从这里带上他的妻子和次子塞克斯图斯，绕过小亚细亚驶往西西里，然后去塞浦路斯。庞培原本可以在科西拉或阿非利加和他的党徒汇合，但是，他憎恨贵族同盟，想到法萨卢之战尤其是他可耻地逃跑后，在那里等待他的待遇，似乎这才导致他采取自己的路线，宁可向帕提亚王寻求保护也不去找加图。当他在塞浦路斯向罗马包税商和商人敛财和召集奴隶，并武装了一支两千人的奴隶队伍时，他收到消息说安条克已经拥护恺撒，这样前往帕提亚的道路就无法通行了。所以，他改变计划，启航前往埃及，那里有很多他的老兵在军队里服役，而且这个国家的位置和丰富的资源可以给他时间和机会来重整旗鼓。
在埃及，托勒密·奥勒特斯去世后，按照他的遗愿，他的孩子十六岁的克利奥帕特拉（cleopatra）和十岁的托勒密·狄俄尼索斯（ptolemaeusdionysus）结为夫妻共同继承王位。但不久之后，其弟弟更准确地说是他的监护者波提努斯，将姐姐赶出王国，迫使她前往叙利亚避难，她准备由此返回祖国。为了保护东部边界，托勒密和波提努斯将埃及的全部兵力布防在佩鲁修姆，正是在此时，庞培在卡西角抛锚，请求国王允许他登陆。埃及王室早就得知了法萨卢战役的惨败，准备拒绝庞培的请求，但是国王的导师狄奥多图斯（theodotus）指出，那样的话，庞培就可能利用自己在埃及军队的关系煽动叛乱。他认为对于庞培，如果他们能借此机会除掉他，才是较为安全的策略。在希腊世界的政客中，这种政治推理容易且行之有效。
庞培之死
王室军队的将领阿契拉斯和几名庞培的旧将乘船前往庞培的帆船，他们邀请前去会见国王。由于海水太浅，他们请庞培登上他们的驳船。当庞培上岸时，军事保民官卢奇乌斯·塞普提乌斯从后面刺杀了他。庞培的妻儿在帆船的甲板上目睹了这次谋杀，却无法施救或报复（罗马纪元706年即公元前48年9月28日）。
三十年前的同一天，庞培在战胜米特拉达特斯后，在进入首都时享受了凯旋式，就是这个被一代人称为伟人的人物多年来统治着罗马，现在死在了他的旧将手下，死在了卡西海滩的荒凉沙地上。他是一位好官，但在情商和智商方面的天赋平庸。三十年来，命运坚定不移地让他轻松顺利地完成所有任务，让他采摘到别人栽种培育的桂冠，让他拥有获得最高权力所必需的一切条件，只是为了让他亲自展示一个史无前例的虚假的伟人形象。最可怜的莫过于庞培名不副实，这种不可避免的不幸即是君主制的宿命，因为在一千年里，人民中几乎不可能再出现一位名副其实的国王。如果从未有人像庞培一样，其虚假的外表与真实的内在间的不相称体现得如此突兀，那么从某种意义上来说，正是他开启了一系列罗马君王的事实，这真是发人深省。
恺撒抵达埃及
当恺撒追随庞培的足迹来到亚历山大城的停泊处时，一切已经结束。当凶手将庞培的头颅献到恺撒的船上时，他深感不安地将头转了过去。就是这个人，他的女婿，多年来和他共同统治罗马，为了生擒他而让自己来到了埃及。恺撒将如何处置被俘的庞培？鲁莽刺客的匕首让这个问题无法解答。但是，野心和同情心共存于恺撒伟大的灵魂中，他将下令饶恕曾经的朋友，而利害关系又将要求他用刽子手之外的方法铲除庞培。二十年来，庞培是罗马公认的统治者，这种根深蒂固的统治权不会因为统治者的死亡而消灭。庞培的离世不会让庞培党分崩离析，反而让他们换掉了这位年老无能的领袖，交由他的儿子格涅乌斯和塞克斯图斯担任。这两个年轻人办事积极，而且后者确实具有决断力。世袭性的王位觊觎者立刻像寄生虫一样附着在新成立的世袭君主政体上，这种人员的变化对于恺撒来说是否利大于弊，非常值得怀疑。
恺撒管理埃及
现在，恺撒在埃及已经无事可做了，罗马人和埃及人都认为他将立即启航去征服阿非利加，胜利之后还有繁重的组织任务等待着他。但是恺撒还是按照惯例，无论他走到庞大帝国的哪个地方，最后都会立刻亲自处理事务，他坚信罗马守兵和埃及王室都不会有所反对，此外这里还遭遇到了紧迫的经济困境。恺撒率领两支混合军团在亚历山大城登陆，共有3200名步兵和800名凯尔特人与日耳曼人的骑兵，并在皇宫安营扎寨，着手征收必要的款项和处理埃及王室的继承问题。他并未理会波提努斯的无礼谩骂，恺撒不会为这种琐事耽误自己的要事。他对待埃及人秉持着正直的原则，甚至有些纵容。虽然埃及人曾给庞培提供帮助，完全有理由对他们征收战争费用，但恺撒还是免除了对这片贫瘠土地的收费。而在罗马纪元695年即公元前59年规定的欠款，自那时起埃及只偿还了一半，现在恺撒将它全部免除，只用支付一千万第纳尔。他让交战的姐弟立即停止战争，将他们的争端交由仲裁人调查和裁决。姐弟俩都屈服了，由于弟弟已经住在皇宫，克利奥帕特拉也搬了进来。恺撒按照奥勒特斯的遗嘱，将埃及王国判给这两位已经结为夫妻的姐弟，即克利奥帕特拉和托勒密。他更是未经请求，取消了早前的塞浦路斯合并法案，将塞浦路斯国作为埃及王次子的封地，分给了奥勒特斯的幼女阿尔西诺埃（arsinoe）和幼子小托勒密。
亚历山大城的叛乱
但是一场暴风雨正在悄悄地酝酿着。亚历山大城和罗马一样也是一座国际性的都市，它的居民人数并不亚于意大利的首都，而商业精神的觉醒、手工艺技术、科学和艺术品位则远高于意大利。这里的公民具有强烈的民族自尊感，即使缺乏政治意识，至少有一种躁动的精神，这导致他们像如今的巴黎人民一样，经常会热衷于上街发动暴乱。当他们看见罗马的统帅支配着拉吉德王宫，他们的国王接受仲裁人的判决，这种感受可想而知。波提努斯和年轻的国王都非常不满这样专横地追讨旧债，还干涉王位的争夺，这样做只能让克利奥帕特拉受益。为了满足罗马人的需要，他们将神庙里的珍品和用来炫耀的国王金器都扔进了熔炉。埃及人向来敬畏神灵，甚至有些迷信，他们为拥有这座世界闻名的华丽皇宫而欢喜，就好像属于自己的一样，现在看到神庙里四壁空荡，国王的餐桌上摆着木制餐具，这让他们越发愤怒。长久以来，罗马的驻军一直居住在埃及，很多士兵与埃及妇女结婚，基本已经失去了其原有的国民性，而且大批士兵都是庞培的旧将，还有意大利的逃犯和奴隶。他们也痛恨恺撒，痛恨他麾下一些傲慢的军团士兵，正是由于他的命令，才不得不停止在叙利亚边界的行动。甚至在登陆时，当群众看见罗马战斧进入古老的皇宫时，就已经引起了一次骚乱，还有很多进城的士兵在城内被刺杀。这些都让恺撒意识到，以他弱小的兵力面对如此愤怒的群众，是多么危险的一件事。但此时正值一年中西北风盛行的季节，很难返航，而且意图登船很容易变成发动叛乱的信号，此外事情没有完成就离开也不是恺撒的性格。因此，他立刻命令亚细亚的援军过来支援，同时在援军到来之前，他尽力表现出泰然处之的样子。他在军营里的生活从没有比在亚历山大休息时更快乐的时光了。聪明美丽的克利奥帕特拉对一般人尤其是对她的仲裁人，施展着自己的魅力，恺撒似乎在他所有的胜利中也最珍视赢得美人的芳心。这是一出严肃剧目的欢快序幕，正如后来所证实的，阿契拉斯按照国王和监护人的密令，率领驻守在埃及的罗马军突然出现在亚历山大。人民一看见军队来攻打恺撒，他们就立刻与士兵联合起来。
恺撒在亚历山大城
恺撒用才智多少弥补了先前的鲁莽，他赶紧召集各地人员，逮捕了国王和他的大臣，并用壕沟围住了王宫和邻近的剧院。因为他的战舰停泊在剧院前的重要港口，来不及转移到安全的地方，他就下令将其烧毁。而对于指挥港口的灯塔，他用船占据了灯塔所在的法洛斯岛（pharos），这样，至少可以控制住一个防御阵地，保住一条运送物资和援军的道路。同时，他命令小亚细亚的将领和最近的属国，包括叙利亚人、纳巴泰人、克里特人和罗德斯人，立即派援军和船只赶来埃及。叛乱由公主阿尔西诺埃和她的密友宦官伽尼墨德斯率领，此时已经掌握了整个埃及和首都大部分地区。首都的大街上每天都有战事发生，但是两边都没有获得胜利。恺撒无法夺取更大的活动区域，无法前往城后玛雷亚湖饮用干净的水源，那里可以为他提供水源和草料。而另一方面，亚历山大人无法战胜被围困者，就切断他们的饮用水，因为在恺撒所在的城区，尼罗河的水由于引入了海水而无法饮用，但恺撒在海滩上意外挖掘出了有饮用水的水井。
围攻者无法通过陆路击败恺撒，便直接毁掉他的舰船，让他无法通过海路获得补给物资。灯塔所在的岛和把此岛与大陆连起来的防波堤，将港口分成东西两部分，海水通过防波堤上的两个拱形洞口流通。恺撒控制着灯塔所在的岛和东港，亚历山大人则控制着防波堤和西港，因为亚历山大的舰船被烧毁了，所以恺撒的船舶可以随意进出港口。从小亚细亚调来的军团登上了一艘运输船，当恺撒的舰船拖着这艘运输船驶来时，亚历山大人本想让着火的船从西港驶入东港，却没有成功，他们便将库中的剩余物资装上一艘小舰船，想用它来封堵恺撒舰船的去路。但是，恺撒军中出色的罗德斯水手战胜了敌人。然而不久之后，亚历山大人夺取了灯塔岛，由此彻底封锁了用于停靠大型船舶的狭窄而多礁的东部港口。所以，恺撒的舰船被迫只能停靠在东部港口前的开敞锚地，他的海上交通线变得很狭小。在这个锚地，恺撒的舰船多次遭到敌人强大海军的攻击。他们既无法回避这种敌众我寡的战争，同时因为灯塔岛的失守完全封锁了内港，他们也无法撤退，又因为失去了停泊港口，让恺撒完全无法驶入大海。虽然英勇的罗马军团有娴熟的罗德斯水手的支持，常常让罗马人获胜，但是亚历山大人坚持不懈地补充和增加他们的海军兵力。每当围攻者要开战，被围者就不得不应战，一旦被围者有一次彻底失败，恺撒就将被完全包围，最终导致战败。
所以，必须想方设法夺回灯塔岛。恺撒军从两路发起进攻，一路乘船由港口进攻，一路驾驶战舰由海岸进攻。事实上，他们不仅夺回了灯塔岛，还控制了防波堤的下端。只是到了防波堤的第二个拱洞，恺撒下令停止进攻，用横切墙堵住防波堤朝向城市的一面。但是，激烈的战事在修墙者的周围爆发，罗马军纷纷逃离与灯塔岛相连的防波堤的下端。不料，一支埃及军在此登陆，他们从后面攻击聚集在防波堤横切墙上的罗马步兵和海军，让全军慌不择路地跳入海中。一部分人被罗马船舶救起，而大部分人都溺水身亡。在这一天，大约有四百名士兵和很多战舰上的士兵都牺牲了。统帅本人也遭遇到了相同的命运，不得不登船避难，但是当船舶因为人员超载下沉时，他只能游到另一条船上求生。恺撒虽然损失惨重，但是收复了灯塔岛，已经足以弥补其损失。此时灯塔岛连同远至第一个拱门的防波堤，都仍然掌握在恺撒的手中。
小亚细亚的援军
最后，渴望已久的援军终于到来了。波加蒙的米特拉达特斯，是米特拉达特斯·攸帕托一派骁勇善战的武士，号称是他的私生子。他通过陆路从叙利亚带来了一支混合军队，包括黎巴嫩亲王的伊泰里亚人、散西科蓝之子詹布里克的贝都因人、大臣安提帕托领导的犹太人以及西西里、叙利亚和小酋长的分遣队。幸好米特拉达特斯在抵达佩鲁修姆时，占领了此地，由此沿大路前往孟菲斯，可以避免三角洲纵横交错的水网地区，然后在尼罗河分支前渡河。在埃及这片土地上，居住了特别多的犹太农民，他的军队前进期间获得了很多来自他们的帮助。恺撒释放了年轻的国王托勒密，希望通过这种方法来缓解这里的动乱，结果毫无用处。埃及人民在托勒密的领导下派遣了一支军队前往尼罗河，想要将米特拉达特斯阻止在更远的河岸。这支军队竟然和敌军相遇在孟菲斯之外一个号称“犹太军营”的地方，位于翁尼（onion）和赫利奥波利斯（heliopolis）之间。然而，受过罗马式军队的调遣和安营扎寨训练的米特拉达特斯，在冲突中获胜，抵达了对岸的孟菲斯。另一方面，恺撒一得知援军抵达的消息，就用船将一部分军队运往亚历山大以西玛雷亚湖的尾部，绕过湖水顺着尼罗河而下，迎接沿河而来的米特拉达特斯。
尼罗河战役
两队人马没有遇到敌人的阻拦顺利会师。恺撒随后来到国王退守的三角洲地区，虽然敌人的先头部队在前方挖了一道深渠，恺撒还是在第一次出击时就将他们击败，然后立刻猛攻埃及的军营。这座军营设在高地的山脚下，位于尼罗河和难以穿行的沼泽地之间，与尼罗河仅隔一条小路。恺撒命令军队同时从三个方向攻打埃及军营，一支队伍从前方进攻，一支队伍沿尼罗河的小路从侧翼进攻，与此同时第三支分遣队悄悄登上军营后方的高地。恺撒的军队攻下了军营，取得完胜。埃及人不是死在敌人的刀下，就是在逃往尼罗河上的舰船时溺水身亡。年轻的国王由于他所乘坐的船只负荷过重而沉没，他也落入祖国的河水中。
平定亚历山大城
尼罗河战役后，恺撒立即率领他的骑兵从陆路进入被埃及人占领的首都城区。敌人身穿丧服，手持神像前来恭迎恺撒并祈求和平。恺撒的军队看见他从出发时的反方向胜利凯旋，都欢欣鼓舞地迎接他。这座城市曾斗胆想要阻挠世界之主的计划，险些让他丧命，现在它的命运掌握在他的手里。但是恺撒是一位太过感性的统治者，他就像对待马西利亚人一样对待亚历山大人。恺撒规劝这里的市民，在未来的日子里认真培养和平的艺术，治愈他们加注在自己身上的创伤。他指出，这座城市饱受创伤，粮仓枯竭，世界闻名的图书馆和一些重要的公共建筑都在烧毁舰船的过程中被毁灭了。此外，他满怀诚意地赋予亚历山大城中的犹太人与希腊人享有同样的权利，并在亚历山大城派驻了一支正规罗马守军，此前驻守这里的罗马守军至少在名义上服从埃及国王的命令。这支守军其中两支队伍来自围攻这里的军团，第三支队伍是随后来自叙利亚的军团，守军的将领由他亲自任命。对于这个职位，他特意挑选了一位值得信赖的人——鲁菲奥（rufio）。他的出身让他不会滥用权力，他是一位精明能干的士兵，但却是被释放的奴隶的儿子。克利奥帕特拉和她的弟弟托勒密在罗马的霸权下取得共同统治埃及的权力。公主阿尔西诺埃被押往意大利，这样埃及人不能再用她来作为发动叛乱的借口。因为遵循东方风气的埃及人非常忠于他们的王朝，却不关心具体的统治者，塞浦路斯再一次成为罗马西利西亚行省的一部分。
恺撒在亚历山大时的罗马事务
亚历山大城的叛乱本身无足轻重，与同时发生在罗马国内的一系列重要的事件联系甚微，然而却对它们产生了重大影响。它迫使这位大权在握者，这位无他则事务无法分派、事情无法解决的人，在罗马纪元706年即公元前48年10月至罗马纪元707年即公元前47年3月，将他的正事放在一边，而和犹太人、贝都因人一起攻打这座城市的一群乌合之众。这也让他们亲身感受到了一人专政的后果：他们有君主，但君主的缺失，就会让各地陷入混乱之中。此时，恺撒派就像庞培派一样，无人管理，各地事务尤其是意外事件，全凭官员的个人能力来处理。
法萨卢投降
在恺撒出发前往埃及时，小亚细亚并没有可以同他抗衡的敌人。但是，恺撒命令副将格涅乌斯·多米提乌斯·卡尔维努斯（gnaeusdomitiuscalvinus），将法萨卢国王擅自从庞培的同盟国夺走的土地收回来。法萨卢国王就像他的父亲一样，也是一位顽固不化、狂妄自大的暴君，他断然拒绝从小亚美尼亚撤离，这让恺撒军除了讨伐之外别无选择。卡尔维努斯有三个军团，其中有两个军团不得不被派往埃及，剩下一个军团是由法萨卢战役中的战俘组成。为了弥补空缺，他急忙用定居在本都行省的罗马人整编了一个军团，再加上来自德奥塔鲁斯麾下按照罗马方式训练的两个军团，一起出征小亚美尼亚。但博斯普鲁斯（bosporan）的军队曾多次与黑海的居民交战，显然比卡尔维努斯的军队更加骁勇善战。
卡尔维努斯在尼科波利斯战败恺撒在泽拉取胜
在尼科波利斯的交战中，卡尔维努斯在本都行省所征召的军团被击溃，加拉提亚的军团逃走了，只有一支罗马的老兵军团杀出重围，损失不大。卡尔维努斯非但没能占领小亚美尼亚，甚至无法阻止法萨卢重新夺回“世代相传”的本都地区。法萨卢国王将君主可怕的任性全部发泄到当地的居民身上，尤其是不幸的阿弥索斯人（罗马纪元706—707年即公元前48—前47年）。当恺撒亲自来到小亚美尼亚时，他让人通知国王：虽然法萨卢没有给予庞培援助，也不能饶恕他给帝国造成的损害，在进行任何协商之前，他必须撤离本都行省并返还掠夺的财产。国王当然宣称他准备投降，不过他深知恺撒要赶回西方，所以并没有真的准备撤离。他不知道恺撒无论做什么，都会把手头的事情做完。恺撒不再进行谈判，率领从亚历山大城带来的一个军团，同卡尔维努斯和德奥塔鲁斯的军队一起，直接进攻法萨卢在泽拉的军营。当博斯普鲁斯人看见恺撒攻来时，勇敢地越过掩护在他们前方的沟壑，冲上山攻打罗马人。恺撒的士兵正在安营扎寨，队伍一时间陷入了混乱，但是身经百战的老兵迅速集结起来，以身作则发起总攻，并取得了完胜（罗马纪元707年即公元前47年8月2日）。五天之内战争就结束了——在时间宝贵的时候，此时取得的胜利真是无比幸运的事情。
小亚细亚的管理
法萨卢国王经西诺逃回国，恺撒派国王同父异母的弟弟去追赶他。为了奖励这位波加蒙英勇的米特拉达特斯在埃及立下的战功，恺撒让他取代法萨卢成为博斯普鲁斯的国王。在其他方面，叙利亚和小亚细亚的事务均已得到和平解决，恺撒自己的盟友都获得了丰厚的奖赏，而那些庞培的盟友通常在缴纳罚金或被训斥后释放。只有庞培属国中最强大的德奥塔鲁斯，再次局限于自己世袭的狭小领地托利斯托伯吉，卡帕多奇亚的阿里奥巴赞国王取代他拥有了小亚美尼亚，德奥塔鲁斯所篡夺的特罗克弥的四帝共治的职位授予博斯普鲁斯的新国王。这位国王的母亲来自伽拉廷的王室，父亲来自本都地区。
伊利里亚的海陆之战伽比尼乌斯战败陶里斯的海战胜利
当恺撒在埃及时，伊利里亚也发生了非常严重的事件。几个世纪以来，达尔马提亚沿岸一直都是罗马统治的痛处。自都拉基乌姆战役以来，这里的居民就开始公开与恺撒作对，而且自色萨利战争开始，分散的庞培党就涌入了内陆地区。然而，罗马军团随昆图斯·科尔尼菲西乌斯从意大利来到这里，镇压了当地人和流亡者，同时还能在这贫瘠的地区解决军队补给的难题。甚至当库里克塔战役的胜利者、悍将马尔库斯·屋大维率领庞培的舰队来到这片海域，从海陆两个方向对恺撒军发起攻击时，科尔尼菲西乌斯依靠船舶和耶德斯丁（iadestini，即扎拉）港口的支援，不仅知道如何坚守阵地，还能与敌人的舰船战斗，并在海战中取得几次胜利。但是，恺撒将流亡中的奥卢斯·伽比尼乌斯召回，任命他为新的伊利里亚总督。当罗马纪元706—707年即公元前48—前47年的冬季，这位新总督率领十五个步兵队和三千名骑兵由陆路来到伊利里亚时，战局发生了转变。他不像前任总督将战事局限在小范围之内，这个积极勇猛的人不顾天气严寒，立刻率领全军向山区进军。但是，不利的气候条件、补给的困难和达尔马提亚人的英勇抵抗，摧毁了他的军队。伽比尼乌斯不得不开始撤退，在中途又遭到了达尔马提亚人的攻击，一败涂地。他率领着这支优秀军队的残兵败将艰难地抵达萨隆，不久他就死在了此地。于是，很多伊利里亚沿岸的城镇都向屋大维的舰队投降，那些依附于恺撒的城镇如萨隆和伊庇道鲁斯（epidaurus，在拉古萨—维齐亚之间），在海上遭到舰队的逼迫，在陆上又遭到蛮族的逼迫，看起来被围困在萨隆的残兵败将不久也将缴械投降。当时，布隆迪西乌姆据点的指挥官是充满魄力的普布利乌斯·瓦提尼乌斯，由于没有战船，他便让人将战舰舰首突出的铁嘴安装在普通船只上，用医院离职的士兵充当船员。他用这种临时修建的战船与屋大维强大的战舰在陶里斯岛（tauris，即勒西纳和库尔佐拉之间的托尔科拉）交战。同许多案例一样，在一场战争中，骁勇善战的将领和海军可以弥补战舰的不足，恺撒军打了一场漂亮的胜仗。马尔库斯·屋大维离开了这片水域前往阿非利加（罗马纪元707年即公元前47年春）。当然，达尔马提亚人继续进行了多年顽强抵抗，但都只限于局部的山区战争。当恺撒从埃及返回时，这位果断的副将已经平息了伊利里亚即将发生的危险。
联合派整顿阿非利加
阿非利加的形势越发严峻。自内战开始以来，宪政党就不断地在阿非利加扩大势力范围，获得绝对统治权。或者说直到法萨卢战役，国王尤巴都统治着这里，是他战胜了库里奥，他那飞奔的骑兵和无数弓箭手成了军队的主力。庞培的总督瓦罗成了国王旁边的下属，甚至要将库里奥的士兵交给他，不得不目睹他们被处死或押往努米底亚的内陆地区。法萨卢战役后，一切发生了转变。除庞培本人外，战败党中没有一位名人想要投奔帕提亚人。他们也没想过联合起来控制海域，马尔库斯·屋大维在伊利里亚海域所发动的战争只是个别行为，没有取得持久的胜利。很多共和派和庞培党都逃往阿非利加，只有在这里他们才能继续对篡位者发起荣誉之战。法萨卢逃散的残兵，驻守都拉基乌姆、科西拉和伯罗奔尼撒的军队，还有伊利里亚舰船的剩余力量都逐渐聚集在一起。第二统帅梅特路斯·西庇阿、庞培的两个儿子格涅乌斯和塞克斯图斯、共和派的政治领袖马尔库斯·加图、精明能干的军官拉比努斯、阿弗拉尼乌斯、裴特雷、屋大维等，都在这里碰面。如果说流亡者的数量有所减少，但他们甚至可能变得更加狂热。他们不仅继续杀害俘虏，甚至还杀害已经休战的恺撒军官，而且国王尤巴兼有支持者的愤怒和阿非利加半开化人的狂暴，立下规定说，任何城邦的公民，要是怀疑有同情敌人的倾向，就将被斩草除根，将城镇烧毁。他甚至对一些城镇实施了这项政策，例如哈德鲁米图姆旁边不幸的瓦加城。事实上，只是由于加图的大力干预，该行省繁荣的首都乌提卡——一座像曾经的迦太基一样的城市，才没有遭到尤巴同样的毒手。他们仅仅对该城的市民采取防范措施，说这些市民倾向于恺撒并非虚言。
无论恺撒本人还是他的任何副将，都没有对阿非利加采取行动，这让联合派有充足的时间整顿政治和军事。首先，庞培死后，需要选出新任统帅弥补空缺。国王尤巴不想维持法萨卢战役前，他在阿非利加所处的地位。事实上，他不再像是罗马的被保护者，而像是与罗马平起平坐的同盟者，甚至是保护者。例如，他将自己的名字和纹章刻在罗马银币上，不仅如此，他甚至提出在军营里只有他能身穿紫袍，提议让罗马将领脱掉他们的紫色官服。另外，梅特路斯·西庇阿要求担任最高统帅，因为在色萨利战役中，庞培从女婿的角度而非军事的角度考虑，曾承认他享有平等的地位。瓦鲁斯自命为阿非利加的总督，也提出相同的要求，因为战争将在他的行省爆发。最后，军队希望由前执政官马尔库斯·加图来领导。对于这个困难重重的职位，只有加图拥有所需的奉献精神、活力和权威。如果他不是军人，那么任命一个听信忠言让属下做事的非军人为统帅，比任命一个像瓦鲁斯那样能力未经考验的军官，或像梅特路斯·西庇阿那样经检验毫无能力的人为统帅要好得多。但是，最后还是决定由西庇阿担任，这个决议主要也是由加图本人做出的。他之所以这样做，并不是因为他感到自己无法胜任这个任务，也不是因为他的虚荣心认为婉拒比接受更合理，更不是因为他喜爱或敬重西庇阿。相反，他们之间存在分歧，西庇阿的无能众人皆知，他之所以能获得如此重要的地位，仅仅是因为他是庞培的岳父。加图这样做仅仅是因为他固守法律的形式，宁愿选择让共和制由于法律的原因灭亡，也不要用违规的方式拯救它。
法萨卢战役后，加图和马尔库斯·西塞罗在科西拉相遇。自西塞罗管理西利西亚以来，他仍然拥有将军的军衔，依照法律是比加图职位还要高的官员，因此加图将科西拉的指挥权交给了西塞罗。他的这个意愿几乎让不幸的支持者感到绝望，现在他们无数次诅咒来自阿玛诺斯的荣誉，这连稍微有点眼光的人都感到惊讶。现在，当遇到风险更大的事情时，他采用了同样的原则。加图衡量关于统帅位置由谁担任的问题，就像考虑关于图斯库鲁姆的一块地的问题，他将其判给了西庇阿。这个判决让他和瓦鲁斯的候选人资格一同被撤销。但是，理直气壮地面对尤巴王要求的人也是他，也只有他。这让尤巴王感觉罗马贵族来到这里与到帕提亚大王那里不同，他们并不是作为一个恳求者来向保护者寻求援助，而是命令属国提供帮助。就目前罗马在阿非利加的兵力状况而言，尤巴王不免会降低一些要求，但他仍然坚持让懦弱的西庇阿用罗马国库支付他的军饷，并向他保证，获胜后将阿非利加行省割让给他。
三百人的元老院也伴随着新任统帅再次成立了。元老院设在乌提卡，为了填补席位，允许骑士阶层中最受尊重和最富有的人加入。
战事准备正全力向前推进，这主要得益于加图的热心。每一个能入伍的人员，甚至是释放奴隶和利比亚人，都被召入军团。这导致很多人员脱离农业，大量的土地无人耕种，但所产生的结果确实惊人。重步兵数量达到十四个军团，其中两个军团是由瓦鲁斯成立，另外八个军团是由流亡人员和行省招募的人员组成，还有四个军团是由国王尤巴按照罗马方式配备。重骑兵除了尤巴按照罗马方式配备的外，是由随拉比努斯一起来到阿非利加的凯尔特人和日耳曼人以及其他各类人员组成，共有一千六百人。轻骑兵是由无数没有缰绳仅持有标枪的努米底亚人、一些骑马的弓箭手和一大队步行的弓箭手组成。此外还有尤巴的一百二十头大象，普布利乌斯·瓦鲁斯和马尔库斯·屋大维所指挥的五十五艘战舰。由于急需金钱，元老院采用自动征税的方式来补救，因此他们让阿非利加最富有的资本家进入元老院，让资金更为充足。没有恺撒，没有他那让人苦恼的军团，而西班牙和意大利又不断发生动乱，法萨卢战败的记忆开始被胜利的新希望所取代。
恺撒在埃及所浪费的时间，让他遭受了前所未有的损失。如果他在庞培死后立即前往阿非利加，将会遇见一支实力薄弱、纪律散漫、胆小怯懦的军队，而且组织混乱不堪。然而现在的阿非利加，尤其是经过加图的努力，在名帅的领导下，受到严格的管理，军队人数和法萨卢战败时不相上下。
西班牙的运动
这次恺撒远征阿非利加，好像受到了特殊灾星的主宰。甚至在他登船前往埃及之前，他已经做好了出征阿非利加的各种初步准备，但所有这些只是酿成了祸患。按照恺撒的安排，南部行省的总督昆图斯·卡西乌斯·郎吉努斯将率领四个军团自西班牙前往阿非利加，在这里与西毛里塔尼亚的国王博古德会合，然后一起进军努米底亚和阿非利加。但前往阿非利加的军队里，包括很多本地西班牙人和两支以前隶属于庞培的军团。然而这支军队以及该行省弥漫着对庞培的同情，同时，听命于恺撒的总督笨拙而又粗暴的行为，也无法安抚他们的情绪。一场正式的叛乱爆发了。军队和城市既有支持总督的，也有反对总督的。那些已经揭竿而起反对恺撒副将的人们，甚至公然亮出庞培的军旗。庞培的长子格涅乌斯已经从阿非利加登船前往西班牙，想要借此机会扭转局面。但是，最受尊敬的恺撒党人亲自否认了这位总督，同时还加上北方行省统帅的干预，才及时镇压了叛乱。格涅乌斯·庞培本想在毛里塔尼亚建立自己的势力范围却无功而返，但这次事件却让他耽误了时间，来迟了。恺撒从东方返回后，派遣盖乌斯·特雷博尼乌斯前去接替卡西乌斯（罗马纪元707年即公元前47年秋天），各地都对特雷博尼乌斯惟命是从。但在铸成大错的过程中，共和派在阿非利加的组织完全没有受到来自西班牙的干扰，而郎吉努斯事件同时还导致拥护恺撒的西毛里塔尼亚的国王博古德，将军队调回西班牙，没法阻止国王尤巴的扩张。
坎帕尼亚的军事叛乱
恺撒让军队前往南意大利集合，以便和他一起登船前往阿非利加，就是在这些军队中发生了尤为严重的事件。他们大多都是老兵，为恺撒奠定了高卢、西班牙和色萨利的王权。这些军队的精神面貌没有因为胜利而提升，反而因为在南意大利长时间的休息而变得涣散。将领对他们所提出的非人要求，结果只让他们惊恐地发现人数在不断减少，甚至在这些铁汉心中悄悄滋生出怨恨，只要有时间让他们安静下来，他们便会变得心烦意乱。唯一能够影响他们的人，已经有一年的时间不见踪迹、杳无音信。比起士兵对军官的畏惧，军官更加畏惧士兵，他们忽视了这些征服世界者在营地所犯下的所有暴行，也忽视了他们违反军纪的所有行为。当登船前往西西里的命令下达时，士兵们将要离开坎帕尼亚安逸的生活，而去参加第三次战役，这次战役的辛苦程度肯定不亚于西班牙和色萨利的战役。长时间松弛下来的缰绳突然被拉紧，很快就扯断了。军团拒绝服从命令直到允诺的赏赐发放为止，他们轻蔑地回绝了恺撒派来的军官，甚至向他们投掷石头。军官们试图提高允诺的军饷来平复刚刚萌发的叛意，结果不仅没有成功，士兵们还成群结队地前往首都，强迫统帅履行承诺。在途中，几位军官试图阻住叛乱，却被士兵们杀害。这是一次棘手的危机。
恺撒命令城里的几名士兵把守城门，至少抵挡住第一波进攻的劫掠，然后他突然出现在愤怒的人群中，问他们想要什么。他们高呼：“退伍。”这个要求立即就被恺撒批准了。恺撒补充道，关于他曾允诺给士兵的凯旋赏，还有他尚未言明但已决定给他们的土地，他们可以在他和其他士兵胜利凯旋时申请，因为已经提前退伍，所以他们不能参加凯旋礼。士兵们对于这种转变毫无准备，他们确信，恺撒没有他们无法进行阿非利加的战争，他们之所以要求退伍，只是为了一旦被拒绝，他们能为服役附加自己的条件。他们有些担忧关于自己不可或缺的想法，重新回归他们的目标又太棘手，很难将走错方向的谈判带回正轨。作为男人，他们感到惭愧，因为统帅对于已经忘掉忠诚的士兵还尽责地遵守自己的诺言，甚至现在还要慷慨地给予他们比承诺更多的东西。作为士兵，他们深受触动，因为统帅说他们将来仅能作为市民旁观战友的凯旋仪式，当他不再称他们为“战友”而是“市民”时，听他说出来是如此陌生，正是用这种形式的说辞好像一下子就将他们过去的从军生涯全部毁灭。除此之外，这个男人的个人风采让人着迷，具有一种无法抵抗的力量，士兵们站在那里沉思了半晌，直到四周传来喊声，请求统帅再次开恩，允许他们被称为恺撒的士兵。恺撒等他们恳求到自己心满意足后才同意，但是兵变的罪魁祸首被剥夺了三分之一的凯旋赏。这是历史上最伟大的心理战杰作，没有比这更成功的。
恺撒前往阿非利加鲁斯皮那的冲突
这次兵变对出征阿非利加造成了不利影响，至少严重拖延了出征时间。当恺撒到达利利巴厄姆港准备登船时，预计前往阿非利加的十个军团还没有在此地集合，身经百战的军队更是远远落在后面。然而六个军团中差不多有五个是新兵队，他们刚抵达，战船和运输船就来了，恺撒便和他们一起离港出海（按未修正的历法是罗马纪元707年即公元前47年12月25日，按儒略历大约是8月8日）。因为秋风盛行，敌人的舰船停靠在迦太基海湾前埃吉穆岛的沙滩上，没有阻碍航道。但还是这阵秋风，将恺撒的舰队吹得七零八落，当他借机在哈德鲁米图姆（hadrumetum，即苏萨）不远处登陆时，随他一起上岸的只有不足三千的步兵，而且其中大部分为新兵，还有一百五十人的骑兵。恺撒本来打算占领哈德鲁米图姆，可是这里被敌人重兵把守，只能宣告放弃。不过，他控制了两处相距不远的海港，鲁斯皮那（ruspina，即苏萨附近的莫尔斯提尔）和小勒普蒂。在这里，他用壕沟围住自己，但这个据点并不安全，所以他让骑兵守在船上，船上备有淡水做好出航的准备。一旦他遭到了强敌的进攻，随时都能登船出港。不过无需如此，因为正在此时，偏离航道的舰船也相继抵达（罗马纪元708年即公元前46年1月3日）。由于庞培的部署，恺撒军出现了粮食匮乏。恺撒率领三个军团于次日开始进入内陆地区，但是行进到距离鲁斯皮那不远的地区时，遭到了拉比努斯的攻击，他们是为了把恺撒逐出阿非利加而从沿岸赶来的军队。因为拉比努斯只有骑兵和弓箭手，而恺撒只有步兵，所以恺撒军团很快就被团团围住，遭到敌人的射击，毫无还手之力，也无法进攻取胜。毫无疑问，整条战线的展开再次解救了侧翼，恺撒英勇地冲锋陷阵保住了他的军队的荣誉，但是撤退不可避免。如果鲁斯皮那远一些，摩尔人的标枪，或许能取得与帕提亚人的弓箭在卡莱一样的战果。
恺撒在鲁斯皮那的据点
这次的战役让恺撒深深地知道了即将到来的战争有多困难，他不再让这些缺乏经验、对新战术感到气馁的士兵遭到攻击，而是等待老兵团的到来。敌人的武器在远距离作战中具有绝对优势，恺撒只是利用间隙稍作抵抗。他将舰船上适合作战的士兵合并到陆军里，充当轻骑兵或弓箭手，但收效甚微。相反，恺撒所实行的牵制战倒是更见成效。盖图利亚（gaetulian）是一支在大阿拉特斯山南麓朝向撒哈拉沙漠地区的游牧部落，恺撒成功地让这支部落拿起武器和尤巴作战，原来因为马略和苏拉时期的战争也曾波及到了他们。庞培那时让他们臣服于努米底亚王，而伟大的马略所进行的朱古达战争至今还让他们记忆犹新，所以从一开始他们就更倾向于马略的继承人。毛里塔尼亚的国王即丁吉斯的博古德和约尔的博古斯，他们和尤巴生来就是对手，长久以来都和恺撒保持着联盟关系。此外，最后一位喀提林派人士即努凯里亚的普布利乌斯·西提乌斯（publiussittius），仍然游荡于尤巴和博古斯两国之间。十八年前，这个人由意大利的破产商人变成了一位毛里塔尼亚的游击队领袖。从此以后，他在利比亚的冲突中，名声鹊起，还有一队追随他的忠仆。博古斯和西提乌斯联合起来攻入努米底亚，占领了重要的城镇锡尔塔。他们的攻势以及连同盖图利亚人的攻击，迫使尤巴王将一部分军队调往南部和西部边界。
不过，恺撒的处境仍然不是很乐观。他的军队全都挤在一块六平方英里的区域里，虽然有舰船运送粮食，恺撒的骑兵还是和此前在都拉基乌姆的庞培士兵一样，草料供给匮乏。虽然恺撒尽力了，但是敌人的轻骑兵还是具有极大的优势，看起来好像利用老兵将进攻引入内陆地区几乎不可能。如果西庇阿撤退，放弃沿海城镇，他或者可以像奥罗德斯的维齐尔战胜克拉苏、尤巴战胜库里奥一样获胜，至少也能把战事无限期地拖延下去。只要稍微考虑一下，就能想到这个作战计划，甚至连加图，虽然他完全不是一位军事家，也建议采用此战术，同时自告奋勇随军队前往意大利，号召共和党起兵反抗——该地区正陷入混乱之中，兵变很容易成功。但加图只能建议，不能下达命令。
作为统帅的西庇阿决定让战事在沿海地区展开，这就犯下了一个大错，不仅放弃了有胜算的作战计划，而且将战场转移到了正处于危险的动乱之地，他们用来抵抗恺撒的大部分军队都心怀怨气。他们进行可怕严苛的征兵、夺取物资、摧毁较小的乡镇，一般人感到，他们从一开始就在为与自己无关而且已经失败的事情做牺牲，这让本地人民对罗马共和党在阿非利加的土地上做最后一搏而感到愤怒。而且，罗马共和党还对所有疑似参战不积极的城镇施行恐怖政策，这更让愤怒情绪高涨，发展成深深的憎恨。只要有勇气，各地的阿非利加城镇都宣布拥护恺撒，大量在轻骑兵甚至是军团中服役的盖图利亚人和利比亚人都纷纷逃亡。但是，西庇阿用蠢人所特有的固执坚持执行他的计划，率领全军从乌提卡来到恺撒所占领的鲁斯皮那和小勒普蒂城下，用重兵驻守哈德鲁米图姆以北和塔普苏斯以南。尤巴王也率领不用镇守边疆的全部军队来到鲁斯皮那，他和西庇阿一起屡次向敌人索战。不过，恺撒决定耐心等待他的老兵团。随着老兵陆续抵达战场，西庇阿和尤巴又不想冒险进行阵地战，因为他们的轻骑兵具有绝对优势，所以恺撒也不打算迫使他们出战。
将近两个月的时间都消磨在行军和鲁斯皮那及塔普苏斯附近的小规模战役中，主要目的是寻找当地常见的隐蔽式粮仓和扩大岗哨。敌人的骑兵迫使恺撒不得不尽量占据高地，甚至用壕沟来掩护自己的侧翼，不过艰苦和无尽的战事，逐渐让他的士兵习惯这种陌生的作战方式。朋友和敌人几乎认不出这位急性子的将领，用谨慎的辩论家的态度细心训练自己的士兵，常常还会亲自上阵。他娴熟地展现出拖延时的沉稳和行动时的迅捷，让他们困惑不解。
塔普苏斯战役
最后，恺撒和最后一批援兵汇合后向塔普苏斯的侧面移动。如前所述，西庇阿在这里部署了重兵把守，这样他就犯下了一个大错，给他的对手提供了一个易于夺取的攻击目标。很快，他又犯下了第二个不可饶恕的错误，为了营救塔普苏斯进行地面作战，将决定权交到了步兵手里，而这正如恺撒所愿，却一直为西庇阿明确拒绝。西庇阿和尤巴的军团立即沿着海岸，出现在恺撒军营的对面，前面的士兵准备作战，后面的士兵挖掘壕沟围住军营，同时，塔普苏斯的守军也准备反击，而恺撒军营里的卫兵就足以击退后者。身经百战的恺撒军团已经准确地判断出，敌军缺乏明确的队形而且行列混乱，虽然壕沟正在向前挖掘，但他们不等统帅发布命令，就让号兵吹响进攻的号角。当恺撒看见自己的士兵不等命令就进攻，他赶忙疾驰到前方，率领全军向前进发，攻击敌军。右翼部队位于其他队伍的前方，他们发射利箭，把敌阵的战象吓得调转方向，朝自己的队伍冲去，这也是最后一次在大战中使用大象。掩护的队伍被歼灭，敌军左翼被击破，于是西庇阿的军队全线溃败。由于败军的新军营还未建好，旧军营又相距甚远，所以导致其损失惨重，两个军营几乎毫无抵抗就被相继占领。众多战败的士兵都放下武器请求手下留情，但是恺撒的士兵已经不是伊莱尔达城下甘愿停战、法萨卢战役中饶恕放弃抵抗者的人。长久的内战和兵变所留下的仇恨，让他们执意要用权威以一种恐怖的方式在塔普苏斯战场上发泄出来。如果和他们交战的九头蛇总是长出新头，如果军队一直匆忙地从意大利到西班牙、从西班牙到马其顿、从马其顿到阿非利加，如果渴望的休憩永远都无法到来，那么士兵们所寻找的造成这种状况的原因是统帅的不当仁慈，这也并非毫无理由。他们发誓要补救统帅的疏忽，对于缴械投降的同胞们的恳求以及恺撒和高级军官的命令，一概置若罔闻。五万具尸体横尸于塔普苏斯战场，其中还有几位恺撒的军官，被他们自己的人借机杀害，这些军官被认为是秘密反对新君主制的人。这昭示了士兵们如何用自己的方式获得休憩。另一方面，胜利的军队中阵亡人数不超过五十人（罗马纪元708年即公元前46年4月6日）。
加图在乌提卡加图之死
塔普苏斯之战后，阿非利加的战斗已经无法持续下去，正如一年半以前法萨卢战败后，在东方的战事一样。加图作为乌提卡的统帅召集元老院开会，陈述了实施防御的方法，并让集会者决定是投降还是抵抗到最后，只是要求他们不要单独决定和采取行动，而要统一行动。有几个人支持采取较为勇敢的想法，他们建议为了国家应该释放能够作战的奴隶，不过遭到了加图的否决，因为他认为这侵犯了私人财产权，并提出一个替代做法，即呼吁奴隶主爱国。但是，很快这个决议就被终止了，因为聚会者主要是由阿非利加的大商人组成，他们都同意投降。随后，当执政官苏拉的儿子福斯图斯·苏拉和卢奇乌斯·阿弗拉尼乌斯，从战场上率领强大的骑兵队抵达乌提卡时，加图仍然想要依靠他们保住这座城。不过，他们要求首先要处死乌提卡不忠心的市民，加图愤然拒绝，他宁愿选择让这最后的堡垒落入君主手中，也不想让这种屠杀玷污了共和国最后的时刻。他利用自己的权威和慷慨的馈赠，极力压制住士兵对不幸的乌提卡人的愤怒。他尽其所能，为不愿委身于恺撒的仁慈者提供出逃的资金，为留下的人提供最好条件下的投降机会，这种关怀让人感动。他在无法给任何人提供帮助后才心满意足，卸任统帅职务，回到自己的卧室，用剑刺入胸膛。
共和派领导人被处死
至于其他逃亡的领导者，只有少数能幸免于难。从塔普苏斯逃走的骑兵遇到了西提乌斯的队伍，都被杀死或俘获，他们的领导者阿弗拉尼乌斯和福斯图斯被交给恺撒。当恺撒没有下令将他们立即处死时，他们却在骚乱中被老兵杀害。统帅西庇阿和战败者的舰船落入到西提乌斯巡航舰队的势力范围，当他们准备要攻击他时，西庇阿用剑刺向了自己。尤巴王对此也有所准备，他决定假如一定要死去的话，他要用一种符合国王身份的方式去死。他让人在扎玛的集市上堆积起一个巨大的火葬堆，想要把他所有财富和全体扎玛市民的尸体随他的躯体一起烧毁。但是，这座城镇的居民不想让自己成为这位阿非利加的萨尔丹纳帕鲁斯葬礼的装饰品，当马尔库斯·裴特雷陪同尤巴王从战场逃到城门前时，他们紧闭城门。有些人在放纵的享乐生活中，变得性情残暴，甚至将他们自己的死亡准备成一场醉人的宴会，尤巴王就是这样的人。他和自己的同伴一起前往他的别墅，让人准备好盛宴，宴会结束后，便向裴特雷发起挑战，进行一对一的死亡决斗。这位喀提林的战胜者死在了国王的手里，然后国王让一位奴隶刺死自己。少数逃走的名人如拉比努斯和塞克斯图斯·庞培，都跟随后者的兄长逃往西班牙，就像从前的塞多留一样，在这片仍然是半独立的土地上，在它的山山水水中寻找强盗和海盗最后的避难所。
阿非利加的管理
恺撒可以毫无阻碍地管理阿非利加的事务。按照库里奥曾经的建议，马西尼萨国被分割。最东部的西提非（sitifis）地区并入东毛里塔尼亚国王博库斯的国土，忠心的丁吉斯的国王博古德也受到重赏。一直以来，尤巴王在锡尔塔及其周边地区拥有至高无上的权力，由亲王马西尼萨和他的儿子阿拉比奥占据着，现在被授予雇佣兵队长普布利乌斯·西提乌斯，他可以用来安置自己那支半罗马化的队伍。但同时，这个地区以及前努米底亚国最宽广最肥沃的土地都被并入老阿非利加行省，命名为“新阿非利加”。共和国曾将该地沿海地区对沙漠游牧部落的防御，委托给属国负责，新君主将此任务交由帝国自己承担。
君主制的胜利
庞培和共和派与恺撒的君主制之间的战争，在历时四年后结束了，以新君主的完胜而告终。毫无疑问，君主制不是在法萨卢和塔普苏斯的战场中首先建立，而是始于庞培和恺撒推翻以前的贵族政体，建立联合统治时。然而，只有经过罗马纪元706年即公元前48年8月9日和罗马纪元708年即公元前46年4月6日的流血洗礼，才废除了与绝对统治权相对立的共和管理，才让新君主获得稳固的地位和正式的认可。觊觎王位者和共和派的密谋者，可能相继发动新的骚乱甚至新的革命和复辟，但是连续五百年没有间断的自由共和制被打破，合法性已成既定事实的君主制，在罗马帝国辽阔的土地上建立起来。
罗马共和国结束
体制的斗争结束了，当马尔库斯·加图在乌提卡用剑刺向自己时就已经宣告了结束。多年来，在正统的共和派与压迫者的斗争中，他都是前沿斗士；在早已没有任何胜利的希望时，他仍然继续战斗。但是现在，已经不可能再战斗了，马尔库斯·布鲁图斯所建立的共和国灭亡了，永远不会复活，共和派现在还能做什么？财富被夺走，哨兵被解除，如果离开，谁又能指责他们？加图的死是他一生中最高尚，也是最明智的事件。加图并不是一个伟人，尽管他缺乏远见、刚愎自用、枯燥乏味，还有些似是而非的言论，但对于他自己和永世而言，他作为轻率的共和主义的典范，以及嗜好共和主义者最喜爱的人，他却是唯一一位在最后的战斗中，仍在英勇捍卫这注定毁灭的伟大制度的一人。正是因为最精明的谎言遇到最简单的事实便自惭形秽，因为人性的高尚和荣耀最终不是依赖于精明而是诚实，所以，加图在历史上的地位高于很多智力远胜于他的人。他这个傻子只是让自己的死具有更深远的意义，事实上正因为堂·吉诃德是个傻子，才成为一位悲剧性的人物。让人深受感触的是，在这个活跃着众多伟人智者的舞台上，这个傻子注定成了最后一幕的上演者。
他的死不是毫无意义。共和派非常明确地反对君主制，当第一位君主上任时，最后一位共和派人士离去了。恺撒赋予他的君主制以合法性，然而抗议就像撕碎蜘蛛丝似的撕掉了所谓的合法性，揭露了所有虚伪的谎言，即宣称它能调和所有党派的关系，但结果却是，在其庇护下发展起独裁制。
几个世纪以来，正统的共和派幽灵，自卡西乌斯和布鲁图斯至特拉赛亚和塔西佗，甚至更晚的时候，他们持续不断地向恺撒的君主制发动战事——一场阴谋战和文学战，这就是加图临死时留给敌人的遗产。这些共和派反对者从加图那里获得了全部的态度——庄严、超验的虚夸言辞、自命不凡的刻板、消极的绝望、至死不渝的忠诚。这个一生被当作笑柄和丑行的人，在死后甚至立即被奉为圣人。但是，恺撒无意间向他致以了最大的敬意。恺撒向来对于自己的反对者，如庞培和其他共和派人士，都给予轻蔑的宽容，唯独对加图例外，甚至在加图死后，仍然对他怀有强烈的怨恨。对于反对他们的敌人，务实的政客通常所感到的仇恨，是认为既危险又束手无策。
一位恺撒第十军团的百夫长被俘后，向敌军统帅宣称：他准备用自己的十个人去击败敌人的精英步兵（500人）。拿破仑一世评论道：“在古代的战斗方式中，一场战斗就是由简单的决斗构成，这话只有百夫长说来是正确的，由现代士兵说出来则只是夸大其词。”在恺撒的回忆录中，补充了两份关于阿非利加战争和第二次西班牙战争的报告，前者是由一位二等军官所写，后者从各方面看都是出自一位下级军官的军营日记，里面记录了恺撒军队中所盛行的尚武精神，这就是生动的证据。
这个数字是由庞培自己列出的，并且与事实相符，他在意大利大概损失了六十营约三万人，带了两万五千人前往希腊。
元老院法令是1月7日通过的，到了18日，罗马已经知道恺撒越界几天了，报信者从罗马到拉文纳至少需要三天。据此，恺撒出发的时间大概在1月12日，对应儒略历的704年即公元前50年11月24日。
毫无疑问，按照正式的法律，“合法的议会”正如“合法的法庭”一样，只能在罗马城或城郊内举行，在阿非利加军队组织的元老院称自己为“三百人会”，并不是因为由三百名元老组成，而是因为这是自古以来元老的常规数目。很可能这次会议用有名望的骑士来补充数目，但普鲁塔克认为，三百人是意大利的批发商则是误读典籍。德萨洛尼迦的伪元老院一定也是类似的组织。
很难准确地确定战场。阿庇安朋确地将它定位于“新”法萨卢（今费萨拉）和埃尼佩乌斯河之间。在这个问题上，只有两条河流具有重要意义，毫无疑问就是古老的阿皮丹诺斯河（apidanus）和埃尼佩乌斯河，即索法第提科河（sofadhitiko）和费萨里提河（fersaliti）。前者发源于陶马克山（thaumaci）和多洛皮高地（dolopian），后者发源于奥斯里斯山（othrys），只有费萨里提河流经法萨卢。现在，按照斯特拉波所说，埃尼佩乌斯河发源于奥斯里斯山，流经法萨卢，那么莱亚克所宣称的费萨里提河就是埃尼佩乌斯河，随后格雷假定费萨里提河就是阿皮丹诺斯河的说法就站不住脚了。古人关于这两条河的其他所有说法都与此相符。我们必须和莱亚克一同假定，费洛科河是由费萨里提河和索法第提科河汇聚而成，流入佩涅奥斯河，古人称之为阿皮丹诺斯河，又名索法提第科河。可能因为索法提第科河常年水流不息，而费萨里提河则不然，所以自然这样称呼。这场战争取名为旧法萨卢肯定是因为地点位于费萨拉和费萨里提河之间。因此，战争在费萨里提河左岸打响，这样庞培军面对法萨卢，将右翼依靠着此河。不过，庞培的军营不能驻扎在这里，只能在埃尼佩乌斯河右岸狗头山的斜坡上，一部分是因为他们阻挡住恺撒前往斯科图萨的路，一部分是因为他们的撤退路线显然是翻过营地上面的山前往拉里萨。按照莱亚克的假设，如果他们驻扎在埃尼佩乌斯河左岸法萨卢的东面，那么他们不可能渡过河朝北前进，因为此处河床很深，庞培必将逃往拉弥亚而非拉里萨。所以，庞培可能在费萨里提河右岸安营扎寨，他们为了过河作战，也为了战后返回营地，由此处登上克兰农山和斯科图萨山的斜坡，斜坡位于斯科图萨之巅，在狗头山上，这是有可能的。莱亚克发现，埃尼佩乌斯河是一条水流缓慢的窄溪，在11月水深两英尺，炎热的季节经常会干涸，这场战役就发生在盛夏。此外，战争前两军相距3.5英里，所以庞培军能够做好充足的准备，也能用桥确保与营地的交通安全。如果战争最终完败，他们肯定不会退到河边或渡河，庞培无疑是因为这个原因只能勉强同意在此作战。庞培的左翼感觉距离撤退的基地最远，但至少中路和右翼在特定的情形下，可以从容撤退，不至于无法施行。恺撒和他的抄写员都没有提及渡河的事情，因为从整个叙述中，庞培军渴望作战已经描写得非常朋显了，他们也没有提及有利的撤退条件。
与此相关的是恺撒所下达的著名指示，即让士兵袭击敌人骑兵的脸。军刀无法打到骑兵，在这里，步兵采取了非常规的方式来进攻骑兵。他们没有投掷短矛，而是使用长矛攻击骑兵，刺向他们的脸，也能更好地进行防御。这个指示变成一件趣闻轶事，即庞培的骑兵因为害怕脸上留下疤痕所以逃跑了，他们“将手挡在眼前”骑马飞驰而去，这个说法不攻自破。因为这个观点只有假设庞培的骑兵主要是由罗马年轻的贵族组成，是“优雅的舞者”，事实并非如此。这很可能是军营中风趣的人士将这个非常荒谬但确实滑稽的事情赋予这个简单朋智的军事命令。
灯塔岛现在是个峡谷，这里肯定曾经失陷过，因为这座岛最初是由恺撒控制。防波堤肯定一直由敌人控制着，因为恺撒只用船和此岛往来。
在此期间，西北非洲各国还未界限分朋。朱古达战争之后，西部海域至萨尔底港即现在的摩洛哥和阿尔及尔，由毛里塔尼亚国王博库斯统治；丁吉斯（即丹吉尔）的君王可能从开始就与毛里塔尼亚统治者不同，他们甚至出现得更早。我们推测，萨路斯特提到的勒普塔斯塔、西塞罗提到的马斯塔尼索苏斯，就属于丁吉斯君王。他们可能在一定范围内享有独立性，或者受封于毛里塔尼亚王，就像徐法克斯已经统治了很多部落的酋长，而且大约在此时，马西尼萨王子占有了邻国努米底亚的锡尔塔，很可能是在尤巴统治时期。大约在罗马纪元672年即公元前82年，我们发现国王不是博库斯（bocchus），而是一个名为博库特（bocut）或博古德（bogud）的人，他是博库斯的儿子。自罗马纪元705年即公元前49年，王国一分为二，博古德国王占据西部，博库斯王国占据东部，毛里塔尼亚后来分为丁吉斯国和博库斯国（即约尔国）就是源于此。
在该地区的碑文中，还保存着大量关于殖民地的遗迹。西提乌斯这个名字在那里很罕见，非洲的小镇弥勒夫，罗马名为萨尔努斯殖民地，显然是来自努凯利亚的河神萨尔努斯。