达瓦齐被俘虏以后，清军也奉旨凯旋，只留下班第、鄂容安二人，带着五百名兵，和阿睦撤纳一块儿办理伊犁善后的事情。阿睦撤纳传令给邻部，不说自己投降了清朝，谎称是清朝让他来统治其他的部落。又暗地里让自己的手下去散布流言蜚语，说如果想让准部安定，就必须立阿睦撤纳为大汗。
班第、鄂容安立刻派人秘密报告了乾隆帝。乾隆帝便秘密给他俩下了命令，让他们诱杀阿睦撤纳。阿睦撤纳已经率众西行，好比大鱼回到海里，怎么会轻易上钩？况且班第、鄂容安手下只有五百名士兵，也不敢贸然行动，接到朝廷的命令，也只好按住不发，只是催促阿睦撤纳去朝廷参拜。哪位阿睦撤纳竟然号令手下来攻打班第、鄂容安。
班第、鄂容安只好边打边走，跑了三百多里，死的死，逃的逃，只剩下几十人，番兵却有数千人追来。班第知道肯定逃不掉，只好拔刀自刎，鄂容安也跟着抹了脖子。
这时定西将军永常，已经按朝廷的命令驻守木垒，听说番兵大举来攻，连忙退兵巴里坤，移粮哈密，因此阿睦撤纳声势更壮了。清政府把永常给逮回去，让公爵策楞前去代替他，玉保、富德、达尔党阿为参赞，去巴里坤进剿。玉保分军先行，忽然有番兵来报告说，阿睦撤纳已经被他的部下诺尔布抓住了，玉保大喜，急忙向策楞处报捷。策楞也不辨真伪，立刻把这个消息报告了朝廷。没想到过了几天，仍然还是老样子。
将军、参赞先后赶到伊犁，这时阿睦撤纳已经逃到哈萨克了。原来阿睦撤纳听说大兵前来攻打，害怕打不过，就特地派了自己的手下跑到清营，假报说自己被抓了，然后他往西逃跑了。策楞、玉保中了他的缓兵计，到了伊犁，你怨我，我怨你，相互埋怨个不停。
乾隆帝得到消息，又把策楞、玉保给革职了。任命达尔党阿为将军，飞速追剿，又任命巴里坤办事大臣兆惠为定边右副将军，出兵去支援，一心指望着能旗开得胜，马到成功。
没想到达尔党阿到了哈萨克边界，又被阿睦撤纳给骗了一回，谎称哈萨克汗愿意把他抓起交出来。来回折腾了几次，仍然还是原样，反而连额鲁特三部新封台吉也跟阿睦撤纳串通一气了。
阿睦撤纳从小路赶回去，会合其他部落。而达尔党阿还在哈萨克边境，索要罪人。定边右副将军兆惠已经率兵一千五百人赶到了伊犁，打听到额尔特的各个部落都已经反叛，知道自己孤军深入，不能久待，急忙带兵往回走。结果沿途一带都是敌人的堡垒，兆惠拼命冲突，走一路，杀一路，杀到乌鲁木齐，刀也缺了，弹也完了，粮也尽了，可怜这些士兵，身上没有完整的衣服，脚上没有完整的袜子，每天连饭都吃不饱，只宰些瘦骆驼和马，勉强充饥。正艰苦卓绝的时候，老天又起风下雪，非常寒冷。兆惠想派兵去求援，也不知道哪里有清兵，驿站的消息，到处都隔断了。
忽然听说番兵又来了，把乌鲁木齐围得跟铁桶似的，兆惠哭着对手下说：“事已至此，看来我们都活不了了。就算死也要死得够本，咱们狠狠地去杀一场，这才死得值。”
士兵说：“大帅的命令我们哪敢不听，但现在粮食没有了，马也疲劳了，咱们怎么办？”
正在危急的时候，忽然东北角鼓声喧天，有一支兵马到来。兆惠登高一望，远远看见清军的旗帜，忍不住大喜。番兵见援兵到了，不知有多少大兵，一声吆喝，都跑掉了。
兆惠急忙出寨迎接，原来是侍卫图伦楚。他因为很久没有兆惠的消息，所以才率兵二千来打探消息，无意中竟然救了兆惠。兆惠和他拉着手进营，住了一天，就一起回到巴里坤，写信告急。
乾隆帝下令逮捕达尔党阿回京，任命超勇亲王策凌的儿子成衮扎布为定边左副将军，出北路，仍然让兆惠出西路剿匪。这次兆惠吸取教训，挑选精兵，带足粮草，誓师出发，决定扫平叛寇。恰好绰罗斯部噶尔藏汗被他哥哥的儿子噶尔布给篡位杀害了，噶尔布随后又被部下达瓦杀死。辉特和硕特两部中痘疫盛行，多半死亡，兆惠趁着这个机会杀过去，摧枯拉朽一般。
番兵打一仗，败一仗，各部的酋长也都先后死去，阿睦撤纳被弄得仓皇失措，如丧家之犬，漏网之鱼，又逃到了哈萨克。兆惠率兵穷追，到了哈萨克边界。哈萨克汗阿布赉，派使者到了部队，说愿意捉拿阿睦撤纳。
兆惠对使者说：“你们大汗既然愿意交出反贼，那么就三天之内送来，过了三天，我就派人攻打，咱们玉石俱焚，到时候你们可别后悔。”使者连忙点头答应。
到了第二天，哈萨克又派人到了部队，报告说：“阿睦撤纳非常狡猾，正打算逮捕他的时候，被他给逃了，现在已经逃到了俄国去。我现在奉了大汗的命令，带着礼物，请元帅原谅。”兆惠一看他惶恐不安，知道说的不是假话，只是批评了几句，就让他回去了。然后，兆惠报告清政府，由理藩院给俄国写了信，索要阿睦撤纳。
等到俄国派人搜捕的时候，阿睦撤纳已经患痘身亡，只好把尸体交给清朝官员。然后让成衮扎布回来镇守乌里雅苏台，留下兆惠继续搜剿余孽。从乾隆二十二年到二十五年，清兵先后追剿，从山谷僻壤到川河流域，各处都搜遍了，统计额鲁特二十余万户，出痘死的约有四成，逃到俄国、哈萨克的约有二成，被清兵剿灭的约有三成，还有一成编入蒙古籍，不过二万户，而且妇女充赏，丁壮为奴，额鲁特的遗民从此就衰落了。阿睦撤纳简直就是大扫帚星转世。
准部平定以后，乾隆帝又派人去驻守，从此天山以北并入清朝版图。搞了一番仪式，又弄了一个石碑。他得陇望蜀，又想去征服回疆。回疆就在天山南路，和准部只隔着一山。起初是元太祖次子察哈台的领土，传了几代。后来回教的远祖摩诃末的子孙从西到东，一直争到天山南路，渐渐成了实力派，察哈台的后裔反没有主权了。因此，天山南路变作回疆。康熙时，噶尔丹强盛，举兵南侵，把元朝后裔都迁到伊犁，并把回教头目阿布都实特也抓去囚禁起来。噶尔丹败亡后，阿布都实特投降清朝，圣祖赏他衣冠银币，派官员送到哈密，让他回到以前的居住地。
阿布都实特死后，他的儿子玛罕木特想自立一部，不受准噶尔约束。策妄又派兵攻打，把玛罕木特和他两个儿子都抓到伊犁，囚禁起来。等清将军班第到了伊犁后，玛罕木特已经死了，他的长子布那敦、次子霍集占仍然还被囚禁。班第把情况报告了朝廷，奉命把布那放归叶尔羌，让他仍然管理旧部；留下霍集占居住伊犁，掌管教务。
不到几个月，阿睦撤纳谋反，准部又乱了，霍集占反而带领部队帮助叛逆。等到清副将军兆惠攻到伊犁，阿睦撤纳逃走，霍集占也逃回了回疆。兆惠剿平准部，又报告说让副都统阿敏图去南部招抚。
那布敦胆子挺小，本来愿意接受清朝指挥，后来他的亲兄弟霍集占从北路逃回去，劝他说：“咱们的祖宗摩诃末，以前声势显赫，天下闻名，传到我们这辈儿，反而受人家管制，整天活得恐慌万分。现在准部已经灭亡了，咱们的强邻已经没有了，正是咱们独立的好时机，现在不独立，要等到什么时候？”
那布敦说：“如果清兵来攻打我们，咱们怎么抵当？”
霍集占说：“清军现在刚刚收复准部，局势还没有稳定下来，猜想他们这时候也没时间进兵，就算他们率军南来，我们也可以占据有利的地形防守，等到他们兵疲粮绝，到时候逃跑都来不及，怕他干什么？”
那布敦仍然迟疑，霍集占又说：“哥哥如果要投降清朝，恐怕从今以后，咱们世世代代就给人家当奴隶了，他要我们的金银，我们也只好把自己的金银给他；他要我们的妻子，我们也只好把自己的妻子送过去；他要我们的脑袋，咱们也得把脑袋送过去。我们兄弟两人，以后还有安稳的日子吗？”
那布敦被他说动了心，于是就听从了弟弟的计划，招集回众，自立为巴图尔汗，传令各城，严阵以待。
回户数十万众，向来迷信宗教，因为那布敦兄弟是摩诃末的后裔，就称他们为大小和卓木。和卓木是回语，翻译成汉语就是圣裔的意思。这时候他们接到圣裔的命令，自然纷纷响应。只有库车城主鄂对害怕势力太悬殊，就率领自己的部下，打算投奔伊犁，半路上正好和阿敏图相遇。阿敏图让他仍然回库车，一块儿去招抚。没想到霍集占听说鄂对出走，立刻派部下阿布都赶到库车，把鄂对的亲族一一杀死，登城坚守。
鄂对听到消息，大哭了一场，然后就跟阿敏图商议，请求赶快回伊犁，添兵报仇。阿敏图说：“我是奉命来招抚的，现在没有看见叛众，就这么回去，叫我怎么跟将军汇报？”
鄂对再三劝说，阿敏图都不答应，还让鄂对先回伊犁。阿敏图只带了一百多个人，赶到库车，阿布都把他骗进城里，一阵乱剁，阿敏图就去跟阎王爷报到了。清政府因为兆惠剿抚准部还没有完事，就另派都统雅尔哈善为靖逆将军，率兵去征讨。雅尔哈善从吐鲁番进攻库车，大小和卓木带领几千部队穿越大戈壁来支援，跟清兵打了两次，但都被打得落花流水，只好退回城里。
清兵乘势围攻，因为城墙坚固，非常难攻。提督马得胜组织了六百人的敢死队，暗地里挖地道，昼夜不停。当他们快到城里的时候，守兵听到地下隐隐有响声，猜想是在挖地道，于是在城脚边挖了一个洞，用草塞住，用火点着，火焰冲进地道，可怜这六百个清兵，既不能进，也不能退，都被烧焦了。雅尔哈善被这么一折腾，不敢再轻举妄动，大小和卓木乘机逃跑了，阿布都也带领部队逃跑了。
清兵只得了一座空城，乾隆帝听说以后大怒，下令将雅尔哈善、马得胜等人，全都给处死了，仍然让兆惠带兵南征。兆惠就下令调集各路兵，队伍还没有到齐，因为政府一再催促，只好率领步兵四千人先走，过了天山，收复了沙雅尔、阿克苏、乌什等城，并在阿克苏城住了几天。后面的队伍仍没有来，兆惠性急如火，留下副将军富德驻守阿克苏，等待后军，他自己则带领着两三千人冒险前行。
半路上打听到大和卓木那布敦在叶尔羌，小和卓木霍集占在喀什噶尔，就再分兵八百名，让副都统爱隆阿守住喀什噶尔的援路，自己带领一千多名士兵，赶往叶尔羌。
叶尔羌城东边有条河，叫叶尔羌河，也叫黑水。兆惠兵少，不能进攻，就倚水立营。远远看见叶尔羌城南有驼马往来，是个阔大的牧场，兆惠就想抢过来作为军用，于是下令让士兵渡河，河上本来有木桥，清兵从桥上过去。刚过去四百人，没想到桥下竟然有伏兵，铙钩齐起，把木桥给钩断，城中跑出回兵五千人，上来攻打。隔河的清兵不能过来营救，河西的四百人哪里挡得住回兵？急忙扔了马，跳河游回去。回兵又搭好了桥，从桥上冲过来，后面又添了步兵一万人，张开两翼，来围攻清兵。
兆惠左右冲突，马中了枪，就换一匹马，死了再换。总兵高天喜战死，参赞明瑞也受了伤。清兵虽然杀了一千多名番兵，但毕竟众寡悬殊，只好退回营里，赶紧筑垒，准备固守。
番兵也建起长围，四面攻打，枪炮如雨。幸亏清营靠着丛林，枪弹多半都飞进林里。清兵伐树，弄到几万枚铅弹，还击回兵，又掘井得水，掘窖得粟，这才没被困死。
兆惠派出五名士兵，分路赶赴阿克苏告急，又传令让爱隆阿还军阿克苏，催促援军一块儿赶来。爱隆阿还没赶到阿克苏，富德就已经接到了警报，急忙带领三千部队，冒雪赶来救援，到了呼拉玛，这时距离叶尔羌还有三百多里，忽然被喀什噶尔的回兵截住去路，打了四昼夜。回兵越来越多，将富德军围住。接连几天，仍然没有援兵，富德急得不得了。