从澳门驶来的商船带来了全新的发条和零件，庞教士和陆教士得以修复白山教堂的自鸣钟，每逢整点，自鸣钟叮当作响，引来众人围观，称赞一番，而后散去。四百年前，岁月悠长而缓慢，这个叮当作响的计时器却提醒世人，末日临近，在他们可以抵达的未来，南京城将迎来新的统治者，每个人都要改变服饰和发型，剃光脑门，留起一个小辫子，变得非常滑稽。有些人忍受不了自身的滑稽，想着自己的卑微，郁郁寡欢，结束了自己的性命，更多的人看到他人的滑稽，也能忍受自己的滑稽，接受了命运的安排。
教堂的自鸣钟引来了窃贼，他们看到那个神奇的钟表，认定教堂里面还有更多神奇的宝贝。窃贼在深夜进入教堂，偷走了一架天球仪，也偷走了那个来自未来的地球仪。庞迪我研究地图的手稿还在，但失去了那个地球仪，就失去了最重要的证据，手稿上的记录很像是一篇疯狂的呓语。老教士被这个沉重的打击击倒，卧床不起，陆亚烈悉心照料，早上煮一锅白粥，腌几样咸菜，中午来一碗面条加两个鸡蛋，晚上做一锅汤，他掌握了中华料理的方法，给庞教士吃的都是好消化的食物。
年轻教士还要登台布道，他紧张，讲起话来磕磕绊绊。闲暇的时候，他还会去大有堂学琴，他学到了最后两段，“曙景”和“鸡唱”。黑夜已然过去，白昼来临，鬼魂消散。这一日陆亚烈终于把《孤馆遇仙》全曲弹奏完毕，孙大有坐在罗汉床上，燃起了一支烟，烟雾与余音袅袅的琴声缠绕，孙大有说：“我就是一个孤魂野鬼，这首曲子就是安慰我自己的。”
陆教士无言以对，这些日子，他和孙大有守护着他们之间的秘密，只偶尔会谈及未来。陆亚烈相信现在与未来之间有一个神秘的通道，伟大的艺术品长存于世，就是其间的通道。他来到了一个神话的国度，见到了神话般的人物。让他略感遗憾的是，孙大有不能给予他智慧上的指引，在三百六十年后，孙大有的职业是个厨师，他不懂得“圆方等积”的问题，也不能理解笛卡尔的著作。他穿越回来，能传授给教士的是厨艺和弹琴。
孙大有手捧着宣德炉，弹着烟灰，缓缓说道：“教士，我本来想去扬州走一趟，几个月后，扬州就会有一场灭顶之灾，清兵在那里烧杀抢掠，我想去那里拜访一些绅士，给他们指点逃命的路线，他们肯定会给我一些古董作为报酬。我到这里十多年，就靠这个法子积累下我的家当。我听了你们讲道，知道整天嚼舌头根子，泄露天机，实在是天大的罪过。你们还说，人不可贪婪，我也想收敛自己的贪婪之心，可想着有无数宝贝要被毁掉，要被人抢走，还是于心不忍，还是想去出手挽救。”
陆教士手还放在琴身之上：“能挽救一些古物当然是好事，可孙先生为何不能解救更多的人呢？让更多的人逃命呢？”
孙大有掐灭了烟，把宣德炉放下，拿起一个瓶子：“教士你看这瓶子烧得多好，这上面的颜色浓淡均匀，蓝如深海，这是霁蓝釉，看着就让人高兴，忍不住多看两眼。”说着话，手一松，瓶子掉到地上，摔了个粉碎，陆亚烈一惊，孙大有哈哈笑道：“这瓶子碎了，可你刚才看到的瓶子，却记在了心底，越想越觉得它美。这东西之所以美，就因为它毁起来容易，说碎了就碎了，说没了就没了。人不一样，人生生不息，死一个，死一万个，转过头来，还会有千千万万的人。你这些日子总免不了问我未来是什么样子。未来是什么样子？我也不知从何说起。大体而言，未来的人会更聪明，不仅能航海，还能飞上天，但大多数人还是浑浑噩噩，和现在没什么两样。还是会贪婪，还是愚蠢、自私、精于算计、自以为是。人各有命，我救不了人，救不了世。你看徐公子种了几年的土豆，到明年，那种植园会是一片荒芜，要过上一百年，世人才能吃上更多的土豆，更多的番薯。”
陆亚烈望着地上破碎的瓷片，默然不语。此后几天一直郁郁寡欢，茶饭不思。战乱的消息从四面八方涌入南京，城中不断有人逃离。陆教士也不知该何去何从。庞迪我卧床两个月，病情依然没有好转。他和陆亚烈商议，离开南京，去往澳门，那里的葡萄牙医生能治好他的病。陆亚烈担心舟车劳顿，会加重老教士的病情，可庞教士去意已决。陆亚烈觉察出来，庞教士想回家了，这位老人预感到自己命不长久，听到了故乡的召唤。
孙大有听闻两位教士去意已定，到教堂和他们告别，将自己珍藏的一张古琴赠予陆亚烈，希望教士日后能时常拂动琴弦，告慰他这个游荡在错落时间中的幽灵。庞迪我得到的礼物是一个釉色清亮的笔筒，老教士在病床上探起身，有气无力地叮嘱孙大有，那个失窃的地球仪也许还在古玩铺子中流转，要是碰到那个样子的地球仪，一定要买回来，留待聪明人研究。孙大有潸然泪下，离开教堂之际，悄声对陆教士说，我看庞教士命不长久，落叶归根，你们还是早些动身回欧洲去吧。
当晚，陆教士在日记中写道：“和孙大有先生告别的时候，我也不能肯定他到底来自何处。没有什么确切的证据，能表明他是从三百六十年后返回南京的。那个打火机，那个遗失的地球仪，看起来的确是未来的事物，但孙大有身上没有什么来自未来显著的特征，他谈话风趣，有时还富有哲理，他说，我们将看到美丽的东西被毁灭，这样的毁灭将一再重演，世间美丽的事物，在他们被毁灭之时，显得最为美丽。我期待能从他身上看到更多的神奇，他向我传授了弹琴和做饭的技艺，他的厨艺出神入化，他的音乐造诣也非常了不起。然而，这些技艺让我更加思念余八先生的绘画，我未能和这位哑巴画工进行更多的交流，恐怕将是我在南京留下的最大的遗憾。”
两位教士收拾行囊，由燕子矶登船，前往太仓。孙大有一直将他们送到岸边，看风帆远去，在岸边幽幽唱道：“世途扰扰复憧憧，真恐华夷事亦同。岁月自消寒暑内，荣枯尽在是非中。今朝犹作青襟子，明日还成白首翁。堪笑愚夫足纷竞，不知流水去无穷。”陆亚烈在船中听着歌声，想着来南京不过一年多的时间，来的时候雄心壮志，如今却意兴阑珊，城中原本有六十个信徒，最近却接连有三个亡故，战乱将至，也不知谁能安顿他们的灵魂。
老教士日渐消瘦，在船上一日一日地煎熬。几个月后到达澳门，老教士也到了弥留之际。他住进了葡萄牙人的医院，临终之前叮嘱陆亚烈，一定要将所做的笔记带回西班牙，呈交给教会。澳门的神父为这个伟大的传教士举办了葬礼，他们向神祷告——主啊，我们向你祷告，求你在我们的祷告中向我们发言，我们将我们所缺乏的带到你面前，我们将我们所寻求的带到你面前。没有一个我们的意念是你不知的，也没有哪一个缺乏是你不顾念的。
陆亚烈在澳门逗留多日，乘船踏上返乡的路程。船过马六甲，遭遇荷兰海盗。海盗劫掠财物，而后放火焚烧商船。庞教士研究地球仪的笔记、陆教士的日记、跟孙大有学厨记下的菜谱均毁于海上。陆亚烈跳海求生，抱着一块木板在海中漂浮了三天，才被一条路过的葡萄牙商船救起。那条商船由马六甲前往日本，陆亚烈就在船上当水手，在后厨帮着做饭，他烤制土豆，煎海鱼，炖鱼汤，这番手艺让船员们大为惊叹。他发明了一种油炸蔬菜的料理方式，将蔬菜裹上面粉放到油锅里炸，这样可以处理船上那些不新鲜的蔬菜，这种料理方式传到日本，被日本人发扬光大，炸蔬菜炸虾，这就是“天妇罗”的来历。后来，他又用威尼斯产的玻璃瓶子装肉酱，排出空气，瓶子封口，放到沸水里煮，这就是罐头的由来。陆亚烈在这条船上度过了十来年，商船往返于马六甲、日本和印度果阿之间。他在海上听闻四川、广州被清兵攻占的消息，知道那片大陆上正发生着改朝换代的故事，有战争，有屠杀，有千万人流离失所，有文明遭涂炭，然而，看着幽暗无边的海水，又觉得那些风云变幻也会在瞬间消逝。
多年后，陆亚烈返回家乡。回到塞哥维亚大教堂中的厨房，用中国的烹饪方法做出来美味的烧鸭子、卤肉、黄豆炖猪蹄。他的时间感出现了错乱，海上帮厨的十几年仿佛被压缩了，而在南京逗留的一年却拉长了。他想念那里的牛皮糖、橘饼、山楂糖、河蟹、江珧柱、桃门枣，他凭借记忆画了几幅南京的风景画，每一幅都耗用大半年的时间，画成之后，悬挂在墙上，他向画中走去，每一次都碰壁而回，撞得头破血流。
新任的主教大人依旧喜欢陆亚烈的菜，他特批了一笔经费，在塞哥维亚城中办了一个小型养猪场。陆亚烈整日与猪作伴，将十来头猪养得肥肥胖胖，他用大豆做酱油，用酱油做猪蹄子、做猪头肉，教士们吃过陆亚烈的杀猪菜，都不住叫好。猪场里的猪对这位主人心生恐惧，每次见到他，都将蹄子收到身体下面去，把脑袋缩起来。陆亚烈看到这番场景，不由得大怒，有一日，挑了一头刚出生不久的小猪，做了一道烤乳猪。大猪见主人以如此残酷的方式对待小猪，不免更加惊恐，但转念一想，不满月的小猪就被杀掉，它们能活两年三年，已然是得享天年了。每隔一段时间，它们产下小猪，就会有一头被挑了去做烤乳猪，侥幸活下去的猪都会感谢上帝的厚待。
四百年前，岁月悠长而缓慢，但也免不了末日将近，陆亚烈到了暮年。主教大人派来一位小教士帮他养猪，跟着他学习厨艺，小教士闲来也向他询问东方的见闻，陆亚烈总是闭口不谈。有一日，小教士拿来一册拉丁文的图书，说是英国出了一位大哲人，写了这本书叫《原理》，论述世间万物乃至日月星辰，彼此都有引力。厨房中炉火旺盛，映得小教士脸蛋通红，陆亚烈想起当年在南京时，哑巴余八曾在草纸上写下牛顿的名字，孙大有也曾告诉他，大天才牛顿将引领世人走出黑暗年代，未来将有越来越多的光明。陆教士心中激荡，问那小教士：“牛顿这本书都说了些什么呢？”
小教士颇为兴奋，说：“我看了之后讲给你听。”
陆亚烈咧嘴一笑，说：“我怕我听不懂了。未来的人们，总把过往的岁月看作是黑暗年代。我就生活在黑暗年代中，再也见不到光明。”
年老的陆亚烈遭遇了一场意外，他用一口大锅给猪熬饲料，水刚煮开，陆教士不慎跌倒，正好掉到锅里，这位曾经在海上航行多年、在海浪中漂泊求生的教士，用最后的力气爬出大锅，他全身烫伤。教堂竭力抢救，也未能救回陆亚烈的性命。陆亚烈被安葬于塞哥维亚城外，教士们为他祷告——人活着不是单靠食物，乃是靠神口中所出的一切话。主啊，惟有你所赐的，叫我们喜悦，爱慕，甘甜，满足。吃了这属地的食物还要再饿，喝了这属地的饮料还要再渴，这属地一点不能解人的干渴，也一点不能叫我们饱足。
悠长而缓慢的岁月中，一些伟大的艺术品留存下来，今日我们还能看到《茅屋话旧图》，看到《山水图》，看到止园的画册，看到霁蓝釉的瓶子。塞哥维亚的引水渠和大教堂也如四百年前一样耸立着，不断有游客来到此间，抚慰心中的仓皇。某年某日，一队中国游客来到塞哥维亚，导游举着一面小红旗引领大家游览，拿着小喇叭讲解大教堂的建筑。回廊中有一头猪，懒洋洋晒着太阳，引得一位游客驻足观看，那头猪嗡嗡地发出声响，那位中国游客咿咿呀呀地作答，双手不断比画。导游招呼游客前行，说参观完教堂，就可以去吃午餐，要尝一尝塞哥维亚特产烤乳猪。队伍中有一中年男子，满面愁容，回头招呼那位与猪交谈的哑巴：“余八，咱们该走了。”