庞迪我对南京充满了思念，他壮年时曾在那里传教十年。长江从城市西侧经过，城墙之内遍布雄伟的建筑和优美的园林，骑一匹快马要一天的时间才能围绕南京城转上一圈。内城周长十八里，有十二道城门，每一座城门都有大炮镇守。内城之中是华丽的皇宫，尽管皇帝已迁居北京，但南京的宫殿依然显示着国王的威严。庞迪我喜欢城中的秦淮河、夫子庙、鸡鸣寺，喜欢那里美好的世俗生活。他坚信，富足的百姓要是信奉了天主，那就是天堂一般的地方。当时南京有一富翁，人送外号叫“徐半城”，信了天主，受了洗礼，城中的富裕阶层很是轰动，有不少人也跟着信了教。徐半城成了基督徒，又请庞迪我做私塾教师。徐家公子天资聪慧，不愿意读什么四书五经，走科举之路，受洗之后，教名为“约瑟”。徐约瑟跟着庞迪我念拉丁文，学数学，学地理，庞迪我倾囊相授，不过七八年时间，这位徐公子就能读《几何原本》。这套书一共十五卷，头六卷早就由利玛窦等人翻译成中文，后九卷却从未翻译。徐公子问庞迪我，为什么利玛窦不译后九卷？庞迪我回答，前六卷乃是数学理论，后九卷多是应用，学了理论也就差不多了。徐公子不以为然，他说利玛窦恐怕没弄明白后九卷的道理，待有了闲暇，要和庞迪我一起把后九卷给翻译出来。庞迪我一周讲两次课，讲了《天学概要》，又讲《泰西水法》，慢慢就把自己的学问讲光了。他后来南下福建，跟徐半城告别，说天下没几个人能教得了你家公子了，你家公子要想接着学，就要稍微等一等。徐半城问，等什么呢？庞迪我说，要等人类再有什么进步，再有什么新的科学认识，你家公子才有的学。庞迪我在福建传教，与徐公子书信来往，讨论学问，没几年，徐半城去世，徐约瑟继承庞大的家业，俗务繁忙，信也就写得少了。后来庞迪我回欧洲述职，中断了音讯。此番重返南京，想着能见到自己的学生，庞迪我甚感欣慰。
茫茫海路六万里，旅途颇为凶险，此前六十年，共有三百二十条商船由威尼斯开往印度果阿，其中七十条船遭遇海难。意志的考验由上船之日就开始。陆亚烈跟着庞迪我学习汉语。庞迪我时常提到天资聪慧的徐约瑟，夸赞徐约瑟是天下少见的聪明人，言谈之中却又有些失意，感叹南京城上流社会的大多数人，只是对西方文明有一些好奇，却未能理解其中的理性精神。陆亚烈对中国充满渴望，在船上捧着一本马可·波罗的游记看，庞迪我告诫他，这本游记多有不实之词，马可·波罗去往东方，对他所不理解的事情，未详细辩解，就一味鼓吹其神奇，演绎得如万花筒一般。相比之下，利玛窦的《中国札记》更为平实可信。此去中国，我们势必会碰到许多奇妙的事物，我们不要为表象所迷惑，而要探求其中的道理。陆亚烈在船上也研究了郑和航海图，不禁赞叹郑和舰队的高妙，庞迪我对郑和也很是敬佩，但他说，郑和之后，中国的航海、天文观测都裹足不前，而西方有天文学家探究天体，有航海家环行世界，有医生探明血液循环。老教士自以为真理在握，对世界有了清晰的判断，东方是一个黑暗蒙昧之地，要引来一束上帝的光芒。
两位教士由威尼斯至果阿，在果阿逗留半载，等到夏日的季风，又搭船前往澳门，由澳门再搭一条中国帆船前往南京。这条中国帆船长十一丈，宽两丈八，深一丈六。启航之后，船长站到船头，将一块木头扔进大海，而后疾步走向船尾，检视海中那块木头是否同时漂到了船尾，陆亚烈从未见过这种校正航速的方法。他看到了驾驶舱中的罗盘、海图、观星板和沙漏，也见识了船尾的“将台”，那里供奉着一座天妃神像。庞迪我告诉陆亚烈，这是中国的“海神”，保佑水手的平安。天妃像前有一只白瓷盘子，上面焚着一炷香。庞迪我说，这炷香既是对海神的礼赞，也是一种记录时间的方式，中国水手将一昼夜分为十更，三炷香为一更，继而说道：“子在川上云，逝者如斯夫，中国人的时间观念与我们西方人不太一样，他坐在河边，面对奔涌而去的河流，过去在他面前，在他能够审视的地方，未来在目力所不及之处。而我们背对往昔，面向未来。时间永逝，我们不能浪费。”
庞迪我和陆亚烈从澳门前往南京的时候，正是崇祯这个年号的尾声，也是顺治这个年号的起始，先前到达中国的教士试图推行格里高利历法，想让世人明白，公元一千六百年是什么样的概念，而许多的中国文人宁愿采用甲子纪年，想着世间事不过六十年一轮回，活过一个甲子已然是幸福。陆亚烈在航海途中时常画几张速写，记录下他看到的场景，他当然可以不顾时间的切分，作一幅画，将印度洋的海岸线和南海的波涛并置，但是，按照科学的透视法则，他只能记下某一瞬间看到的画面，这些画面并不能完整地表达空间变化带给他的刺激。在这种错乱的时空感中，两位教士将在南京遇到一些错乱的事情。
船过南澳岛，过福建东山岛，过乌丘山，过东沙山，过观唐山，过五虎山，过浙江象山港，过孝顺洋，不一日，到了南汇口的宝山县。海路至此结束，海船沿江而上。陆亚烈见江中有无数的商船往来，交通便捷，贸易兴盛，心中暗暗惊叹。这一日船泊太仓刘家港，陆亚烈上岸游玩了一番，又去参观了停泊在港口的一条渔船，回来后跟庞迪我说，那渔船非常古怪，船舱中满是黄鱼，用盐腌了，要运到南京城去贩卖，这里腌鱼的方法和巴斯克人腌制鳕鱼的方法大同小异，海船捕鱼，为防止鱼肉变质，大多会腌制。那条船神奇之处在于他们有一个“冰舱”，舱内是巨大的冰块，冰块中镇着一条五米长的章鱼，说到了南京城，这条巨大的章鱼能卖出好价钱。
庞迪我道：“用硝石制冰，这法子在中国已有数百年的历史。皇室有专门的冰窖，富贵人家也用冰块运输海鲜江鲜，长江流域中的刀鱼鲥鱼，都是美味，到了捕鱼的季节，就有商人冰镇刀鱼鲥鱼，贩卖到北方城市。不过，你说的这样大的冰舱，我也没见过。”
陆亚烈说：“中国人真会享受，我们塞哥维亚的主教大人，从来没吃过冰镇的食品，有时候鱼肉、猪肉都臭了，我只能多加香料，压制住那些异味，如果我们的厨房能配备一个冰窖，那我做起饭来会更得心应手。”
庞迪我哈哈一笑，想这位青年，跋涉万里，还惦记着故乡的厨房和美味，就宽慰他：“南京城里有不少好吃的，单说这冰块的用途，夏天就有小贩做乌梅汤，加入冰块，又凉又酸又甜，还能解暑。有的商家将果肉、牛奶和冰块搅在一起，盛上一小碗，吃起来甜滋滋的。”
陆亚烈咽了口吐沫：“这食品叫什么名字？”
庞迪我道：“这叫冰激灵，就是吃了冰，打一个激灵的意思。”
陆亚烈暗暗记下，到南京一定要尝尝乌梅汤和冰激灵。船在刘家港停留一夜，早上起锚直奔南京。到南京港口，庞迪我上岸去雇搬运工和马车，将两千册图书装车，他们在一个阴云密布的午后进入南京城。这样的鬼天气已经持续三个月，每天早上，乌云在郊外的皇陵上空聚集，而后将整个城市笼罩。每一个居民都知道，这是凶兆，王朝的气象已然衰竭，但他们对无从逃脱的宿命有一种听之任之的乐观。陆亚烈对南京城的宏伟一再赞叹，庞迪我背诵了一首诗——山河千里国，城阙九重门。不睹皇居壮，安知天子尊。经过海上的汉语学习，年轻教士陆亚烈已经能理解这样简单的古诗。
先前的传教士在南京建了一所白山教堂，起初，教堂只有一处会客厅，供信众集会，而后才有了礼拜堂和钟楼。陆亚烈看这教堂，和塞哥维亚大教堂的气势不可同日而语，不免心中失落。庞教士告诉他，前辈教士筚路蓝缕，多年努力，才有了白山教堂这样一个根基，需格外珍惜。在南京传教要谨言慎行，这里的百姓对教堂还不太接受，早年间他们总以为会客厅是个举办宴会的地方，想租用会客厅喝酒吃肉。钟楼外有一座自鸣钟，教士们要展现他们在机械和天文学上的造诣。城中市民并不理解，没人去敲这座钟，它为什么会响，也不理解一个白昼一个夜晚为什么要分解成那么多细小的刻度。这座钟表和南京传统的计时法有所冲突，但依旧被当作一个神奇的装饰物。教堂会客厅的墙壁上绘有一幅巨大的地图，用中文密密麻麻标注着许多地名，南京的知识分子都曾来观看这幅地图，了解世界的面貌。后来参观的人就少了许多，偶尔有人来看看，嬉笑着说“世界原来是这个样子”，就走出门去，过自己的日子。此番庞迪我重返白山教堂，发现自鸣钟出了问题，停在了正午十二点，损坏的擒纵部件要从意大利进口。会客厅中的地图也已经褪色，需加以整饬。
两位教士在白山教堂安顿下来，教堂边上就有个集市，集市上有牛肉、羊肉、猪肉、鸡、鸭和各种水产品，蔬菜的品种更为丰富，有大白菜、芥蓝、油菜、胡萝卜、莴笋、水芹。陆亚烈知道，漫长的航海旅行之后，要进食大量的蔬菜，他在集市上发现了西红柿，还有从太湖运来的莼菜，从九江采摘的藜蒿，从高邮运来的菱角。这些食材及产地虽然陌生，可陆亚烈毕竟厨艺高明，见了食材就知道该如何料理，他用莼菜做汤，绿色的汤，散发着浓郁的香气。他学会了炒藜蒿，煮菱角，还在集市上发现了一种奇异的蔬菜，乃是弯弯的豆芽。菜农将绿豆浸入水中，泡上一宿，第二天捞出来，控干，找一块芦席铺在湿地上，把绿豆放上去，盖上一层青草，再一天的工夫，就长出来一大堆的豆芽菜。陆亚烈买了许多豆芽回教堂做菜，庞迪我告诉他，当年郑和下西洋，就在船上发豆芽菜吃，中国水手靠豆芽菜战胜了败血症。郑和舰队还曾在船上种菜、养猪，陆亚烈听了更是惊叹不已。
集市上还有许多野菜，陆亚烈辨别清楚什么叫麦蓝菜、毛连菜，什么是地锦苗、柳叶菜、狗掉尾苗，他用石墨笔画下各种蔬菜和野菜的样子，记下豆腐及各种蔬菜的烹制方法。每天，两位教士吃着青菜豆腐，整理带来的书籍和科学仪器。陆亚烈在日记中记述，南京的商业街上有川流不息的人群，寺庙中香火旺盛，集市上有较为充足的食品，但市民还需要挖野菜来弥补蔬菜供应的不足。南京城里的百姓沉醉于世俗生活，且享有一种很高的文明，日记中有一段这样说：“我在太仓停留时，参观一条渔船，船上配备了冰舱，用以储存海鲜，这种保护食物的方式在西方还非常罕见。中国人在制冰工艺上有悠久的历史，他们能降低制作冰块的成本。他们生产的盐和糖，也比西方更白更细。那条渔船上的冰舱中储存了一条大章鱼，渔船和我们的商船一起离开太仓，几乎同时抵达南京，港口上就有几位商人等候，竞相出价购买那条章鱼。几天后，我在南京城中发现了一座海鲜酒楼，那里供应烤章鱼，我不知道这个饭馆里出售的章鱼是否就是我在太仓看见的那一条，它在冰舱中还保持鲜活的状态，运到南京就变成了盘中餐。那座海鲜酒楼供应产自长江的河鱼，还有许多来自浙江近海的海鱼，这说明冰块在水产品的运输上得到了广泛运用。”