11世纪80年代末，除了仍由阿布勒-卡西姆掌权的尼西亚外，拜占庭保持了对东部诸省许多重要地区的控制，尤其是关键的沿海地区：肥沃的各个河谷地区以及爱琴海诸岛，也就是对帝国的贸易和交通网络异常关键的战略敏感地带。这一时期，这些地方大都在拜占庭的控制下繁荣发展着，证据是：1088年和1089年莱罗斯岛(leros)和帕特摩斯岛(patmos)等诸岛上的僧侣们多次接待了皇帝阿莱克修斯的母亲。他们当时正在筹划一项宏大的建造计划，希望得到可贵的免税权。sup1/sup
但局势很快发生了急剧的转变。我们之前已经看到，1090年时，佩切涅格人对西部诸省的侵扰陡然加重。前些年还只是零星的游击骚扰，这时却整个部落都已移民到色雷斯腹地。这种压力给东部的突厥军事豪强们提供了绝佳的时机，起而反抗拜占庭帝国。阿布勒-卡西姆也真的这样做了。大约在1090年年中，他开始着手准备进攻尼科米底亚。这座城镇坐落在尼西亚以北，离君士坦丁堡只有50英里。sup2/sup
阿莱克修斯一世竭尽全力想要保住这座城镇。佛兰德斯(flanders)伯爵罗贝尔(robert)在1089年底结束耶路撒冷朝圣之旅的返乡途中与阿莱克修斯一世见了一面，他答应派出500名佛兰德斯骑士来为拜占庭皇帝效劳。这批人马本来是打算用于对抗佩切涅格人的。sup3/sup但当他们在次年年中来到拜占庭境内时，却很快被运送到博斯普鲁斯海峡对岸，以增援尼科米底亚。事实证明，他们的到来具有立竿见影的效果。但1091年春，骑士们又被召回来转去拉维尼欧对抗佩切涅格人。sup4/sup尼科米底亚是小亚细亚最古老也是最著名的城市之一，这座曾在公元3世纪一度成为罗马帝国东部都城的城市，随即落入阿布勒-卡西姆之手。sup5/sup对拜占庭而言，失去尼科米底亚是一场灾难，人们开始质疑帝国是否能长久保有东部所有省份。
还有其他势力也正虎视眈眈地想要趁火打劫，这让人们进一步加深了对拜占庭在小亚细亚前景的质疑。一位颇具个人魅力的突厥军事领主达尼什蒙德(danishmend)从小亚细亚东部发动了令人生畏的攻袭，一直深入到卡帕多契亚，目标指向塞巴斯蒂亚(sebasteia)和凯撒利亚等主要城镇。sup6/sup还有察卡(Çaka)，他是个野心勃勃的突厥人，以小亚细亚西海岸的士麦那为大本营，确立了自己的势力范围。他付钱让当地的造船商为自己建造了一支舰队，袭击了自己新基地周边的一系列目标，包括爱琴海诸岛。sup7/sup其他暂且不谈，这些袭击的后果与丢掉尼科米底亚一样糟。察卡的舰队具有远程攻击的能力，可以骚扰沿海城镇和岛屿的船运，而船运对君士坦丁堡来说是至关重要的。由于佩切涅格人的威胁，此时首都的供给已经备感压力，海运受到的干扰更是加重了供给短缺、通货膨胀和社会动荡。更严重的是，1090年—1091年，人们经历了记忆中最为严酷的冬天，纷飞的大雪让许多人只能被困家中。sup8/sup
一首大约写作于这个时期的诗作，描绘了一位来自小亚细亚某个省份的女性实在饥饿难耐，不得不去吃蛇肉的情景：“你整吞或分食过蛇肉吗？你是把它们的头和尾巴切掉，还是所有部分都吃掉？你是怎么做到吃了这些充满毒液的肉却没有即刻丧命的呢？”严冬、大饥荒和野蛮人灾祸共同带来了如此惨痛的后果。sup9/sup
对抗察卡的举措实在是一团糟。一位当地的总督毫无抵抗就弃城逃走，而皇帝派来保卫小亚细亚西部沿海地区的援兵则是匆匆拼凑起来的，最后毫无意外地大败而归。拜占庭的舰队不仅遭遇惨败，而且有好几艘舰船被察卡俘虏。这些舰船大大便利了他在别处的斩获。sup10/sup
察卡的舰队逐步成了气候，这也给拜占庭带来了另一层隐忧。君士坦丁堡在陆地上有坚不可摧的城墙、壕沟和重装哨塔护卫，但拜占庭人一直对未来可能的海上攻击忧心忡忡。虽然有一根巨大的海上防卫链横亘在通往金角湾的入口处，让人多少有点儿宽慰，可它实际上往往不起作用。来自海上的进攻，哪怕只是一小股游击势力，也会让城中居民惶恐不安甚至歇斯底里。这样的情况在公元9世纪和10世纪都发生过，当时维京和罗斯的游击武装突袭了君士坦丁堡的近郊地区，结果造成了普遍的恐慌。至于察卡，人们担心，这个突厥人或许会与佩切涅格人达成合作，携手对都城发动进攻。1091年春，有这样的流言四处散播：佩切涅格游牧民族与察卡之间有所往来，而察卡将协助他们对抗拜占庭帝国。sup11/sup
都城内气氛压抑，人心浮动。1091年春，当着皇帝阿莱克修斯一世及其随从们的面，安条克牧首奥克斯特的约翰(johntheoxite)七世回顾了帝国所处的困境，言语中颇多怨言。也不过就在三年前，奥赫里德的提奥菲拉克特的致辞还是积极乐观的，如今约翰的态度却截然相反了。牧首说，开俄斯(khios)岛和米蒂利尼(mitylene)已经失陷，爱琴海诸岛已经全部沦陷，而小亚细亚则完全陷入混乱之中，东部已经片土不存。sup12/sup与此同时，佩切涅格人已经兵临君士坦丁堡城下，而事实证明，阿莱克修斯的应对方式根本就不奏效。sup13/sup在思索为何威胁会变得如此严重时，约翰得出了一个直接而尖锐的结论：上帝已经不再守护拜占庭。军事上鲜有胜绩，严峻的困境却旷日持久，这一切都乃皇帝之过，牧首这样宣称。在登上帝位之前，阿莱克修斯一直是一名优秀的将领，但自此之后他却吃了一场又一场的败仗。1081年，他夺取帝位，触怒了上帝，上帝如今借异教徒之手来惩罚拜占庭。想要改变形势，亟须皇帝悔悟赎罪。sup14/sup这种末世论式的裁决强有力地表明，11世纪90年代初困扰着拜占庭帝国的种种问题是多么严重。
生活在拜占庭帝国境内的西方人以惊恐的心情观察着小亚细亚局势的迅速恶化。“突厥人与多方结盟，入侵本应属君士坦丁堡的帝国领土，”一位来自法国中部的见证者写道，“他们洗劫了各地的城市、城堡及其殖民地，教堂被夷为平地。被他们抓住的教士和僧侣们，有些遭屠戮，其他人则怀着无法言表的罪恶感弃主而去，拜服于强权。而修女们(哦，真是惨啊)则在他们的兽欲下遭难。如同饥饿的狼群，他们无情地捕猎，而上帝在公正裁决之后，把某些基督徒交到他们手上听凭其处置。”sup15/sup
小亚细亚局势已经失控，这类令人沮丧的消息很快传遍了整个欧洲。比如，法国各地都听说了各种有关突厥人在那里杀人放火、奸淫掳掠的故事，而僧侣们则在编年史中记述了大量充满暴力血腥的场景，如挖人内脏、斩首等等。sup16/sup这类消息是由11世纪90年代初住在或到访过君士坦丁堡的西方人传播开来的，比如某个来自坎特伯雷但定居在这座都城的僧侣，或是对君士坦丁堡的壮观景象萌生敬意、赞叹地描述所见所闻，并记录下自己与城中居民交谈所得的某位旅人。sup17/sup
阿莱克修斯本人也传播了拜占庭人在突厥人手中遭受暴行的消息。他在送给佛兰德斯伯爵罗贝尔的一封信中，就以令人沮丧的口吻描述了1090—1091年间小亚细亚的局势。sup18/sup这份通信一直以来都被视为伪造的，数代学者都认为其内容并不可信，理由是拜占庭1081年就已经失去了东部诸行省，他们判断自那时起到第一次十字军东征前期，东部行省的局势并不可能发生重大变化。于是，他们普遍认为，信中所声称的拜占庭人与突厥人力量对比发生的大逆转，根本是毫无事实依据的。学者们振振有词地认定，这封信是伪造的，因为在12世纪初，当阿莱克修斯与第一次十字军东征的一些主要人物关系无可挽回地破裂之后，这封信曾被用来集聚起各方反对拜占庭的力量。sup19/sup
不过，另一点人们却相当肯定，即考虑到两人之间关系的密切，11世纪90年代初阿莱克修斯的确有可能写了一封信给佛兰德斯伯爵。既然是这样，那么，这封流传下来的信确实是源自君士坦丁堡的一份原始文件——但经过了再诠释和不必要的添油加醋。sup20/sup确实，这封信采用的辞令和书写语言毫无疑问是拉丁式的，而其中体现的外交和政治思想也显然是西方式而不是拜占庭式的。
虽然如此，这也并不意味着这份文本是伪造的。我们之前已经看到，11世纪末，君士坦丁堡住着许多西方人，其中有些人与皇帝的关系还很亲近。那么，信中的语气和观点很可能表明它出自某位客居帝都的人之手，这种可能性和它出自某位生活在第一次十字军东征之后的作者之手一样大。如果这么看的话，这封信最让人震惊的地方或许在于，它所说的一切与根据当时的其他文献构筑起来的小亚细亚新图景高度吻合。这封给佛兰德斯的罗贝尔的信也描述了11世纪90年代教堂纷纷遭亵渎的景象。这与我们从其他文献中了解到的一样：“圣所遭亵渎，遭损毁，种种情状难以胜数，而更糟的预期还在等着它们。此情此景，谁不忧伤？听闻此事，谁无同感？谁不会闻之骇然？谁不会禁不住祈祷求助？”sup21/sup信中还描述了突厥人之凶狠残暴，这也同样印证了当时的其他文献记载，只是更加详细：“贵妇和她们的女儿被剥得精光，一个接一个遭到强暴，犹如兽类。有些(暴徒)还无耻地当着母亲的面，强迫处女们一边唱着淫荡不堪的歌曲，一边接受强暴……男人呢，不分年龄和身份地位——无论孩童、青年还是老人，贵族还是农民，更悲惨的是教士和僧侣，甚至包括主教们——都被逼进行鸡奸。有一位主教被迫屈从的消息已经传遍海外。”sup22/sup
阿莱克修斯就在不久前刚得到500名骑士的支援力量，因此，他再向佛兰德斯伯爵求助也是很有可能的。阿莱克修斯希望能从气质性格(禁欲、虔诚、实干)与自己类似的这位伯爵那里求得更多的帮助。虽然很多人认为信中对东方局势的绝望描述并不可信，但很多迹象表明，它确实反映了拜占庭帝国当时的悲惨处境。甚至连其中那种悲观的自述“虽然贵为皇帝，我却找不到补救之方，也没有合适的人可商讨，只能不断从佩切涅格人和突厥人面前落荒而逃”也并不荒谬。毕竟当时帝国中最高级的那位教士竟能公开声称，上帝抛弃了阿莱克修斯。sup23/sup君士坦丁堡中日益蔓延的四面楚歌的氛围，与这封信的基调高度切合。
从尼科米底亚召回佛兰德斯军团，或许并不是这座城镇落入突厥人之手的全部原因，但肯定也不会对守城有什么好处。1091年，就在击败佩切涅格人后没多久，拜占庭方面组织了一次重要攻势，想要收复这座城镇，并希望将突厥人驱离紧临都城的那片区域。阿莱克修斯集结了大量兵力，收复了远至“圣乔治之臂”(thearmofstgeorge)，即上溯至尼科米底亚湾一带的领土。尼科米底亚本身也最终得以收复，而收复者们立即着手重新修复它的防御工事，以防日后再次陷落。他们还建起了一座与尼科米底亚城相对而立的要塞，主要为了防护城镇，但同时，一旦城镇落入敌手，也可以作为反攻的大本营。此外，修筑一道宽阔壕沟的庞大工程也启动了，以设立更多的防御障碍来保护尼科米底亚。这表明了拜占庭帝国11世纪70年代一种绝望的心态，以及有限的企图心：不是要重新收复广大失地，而是要重点保有帝国手中仅存的地盘。sup24/sup
加强该城的防御花了整整六个月时间。与此同时，帝国政府劝说那些在阿布勒-卡西姆进攻时逃离的居民从“岩窟和地洞”里出来，重返尼科米底亚。结果逃跑的人们并不愿意返城，这表明很多人都认为拜占庭这次的收复应该也不会长久。sup25/sup
尼科米底亚虽然被收复了，但西部沿海地带以及爱琴海诸岛的形势却在恶化。《阿莱克修斯纪》的相关纪年也是不可信的。一位名为圣克里斯托德洛斯(stchristodoulos)的僧侣留下了一系列文献，揭示出突厥人造成的威胁真实地加剧了。阿莱克修斯的母亲安娜·达拉塞娜帮助这名僧侣确保了对爱琴海岛屿科斯(kos)、莱洛斯(leros)和利普索斯(lipsos)上若干地产的所有权和免税权。圣克里斯托德洛斯野心勃勃地想要在这些地方建起多所修道院。安娜的支持非常有用，皇帝应允了1088年在帕特摩斯岛(patmos)上修建圣约翰修道院的计划。sup26/sup
可是，从11世纪90年代初开始，比起获得地产所有权和免税权，活下去已经成为圣克里斯托德洛斯及岛上僧众们的首要关注点。突厥海盗和游匪们的进攻迫使他们立即采取措施加强定居地的防御。在帕特摩斯、莱洛斯和利普索斯岛上，他们建起了小型城堡以保护当地的人们，但局势很快就明朗了：克里斯托德洛斯完全是在做徒劳的抗争。sup27/sup因为害怕被突厥人抓走，僧侣们纷纷逃离。到1092年春季，克里斯托德洛斯自己也放弃了，逃亡尤卑亚岛，一年后在那里过世。他在临死前写了一份遗嘱，其中的附件表明，他是最后一个离开帕特摩斯岛的人，“阿格莱纳人、海盗和突厥人”无休止的进攻已经让安稳的生活成为幻想。sup28/sup
在随后的几年里，爱琴海或小亚细亚西部沿海的状况也没有什么好转。安娜·科穆宁娜很看不起察卡，讥讽他是装腔作势的小人，穿着御用的便鞋神气活现地在士麦那招摇。她还暗示收拾掉察卡是件轻而易举的事，但事实却与她的判断大相径庭。sup29/sup1094年，在圣克里斯托德洛斯去世后，西奥多·卡斯特里西奥斯(theodorekastrisios)被任命为帕特摩斯岛圣约翰修道院的托管人。但他却感到自己别无选择，只能辞职。他说他之所以要辞职，是因为突厥人对爱琴海东部不断骚扰，他都没法儿登上帕特摩斯岛，更别说去管理岛上的修道院了。sup30/sup
就这样，帝国对小亚细亚的掌控大规模且迅疾地全面崩塌了。佩切涅格人造成的威胁确实起了主要作用，让某些如阿布勒卡西姆和察卡那样的突厥首领有机可乘，但造成这种结果的最主要原因还是阿莱克修斯之前采取了错误的策略。他扶持了当地的某些势力作为联盟，但现在，这些盟友却成了拜占庭面临的核心问题。此前，阿莱克修斯成功地争取到了突厥豪强们的结盟，而后盾是与巴格达的苏丹达成的强有力的互助协议。因为对巴格达的苏丹来说，有效控制这些处于塞尔柱世界边缘地带的埃米尔，也是有利于己的。
1091年春天，阿莱克修斯与马利克沙的同盟关系还存续并发挥着积极的作用，阿莱克修斯还抱怨说苏丹为他送来的援兵被察卡分化和争取过去了。sup31/sup同时，这个地区权力的巨大动荡也让马利克沙感到困扰，于是1092年夏，他派出了一支大规模的远征军深入小亚细亚，想要教训一下阿布勒-卡西姆。带兵的布赞(buzan)是他麾下最为忠诚的官员之一。虽然布赞强势推进到了尼西亚，但在这座城市坚不可摧的防御面前，他一筹莫展，最后也只能退兵了事。sup32/sup不过，那年秋天，君士坦丁堡和巴格达之间仍然进行着外交来往，双方在持续探讨如何能更好地合作对抗阿布勒-卡西姆以及其他的背叛者。sup33/sup
1092年11月，马利克沙死了，这对阿莱克修斯的东方政策实在是沉重的打击。就在他死前的几个月里，马利克沙发现自己的权力在被削弱，因为巴格达的各方派系开始了争权夺利。为了巩固自己的权威，马利克沙降了一批高级官员的职位，但这种举措也只是增加了离心力。sup34/sup反对势力的核心人物是苏丹的维齐尔——博学多才的尼扎姆-穆尔克(nizamal-mulk)。他权倾朝野，极大地影响了11世纪后半叶塞尔柱帝国的样貌。但1092年底的时候，他却被一个叫阿萨辛派的狂热教派所暗杀。据一位知情人透露，这场暗杀就算不是马利克沙指使的，他也肯定早就知道。sup35/sup几个星期后，马利克沙也因误食了变质的肉而死，这让突厥世界陷入混乱之中，谁也不能确定苏丹的亲属中到底谁会继位。这场混乱的结果就是长达两年几乎无休无止的内战。sup36/sup
很多学者认为，伊斯兰世界的这场动荡给阿莱克修斯提供了绝佳的机会来巩固拜占庭在小亚细亚的地位。可事实却恰好相反，马利克沙的死使阿莱克修斯失去了一位在最困难的时刻可以依仗的珍贵盟友。此外，继承问题悬而未决，这意味着安纳托利亚出现了权力真空，而地方的突厥豪强们很快就会趁机蜂起，这让阿莱克修斯的处境更加艰难。这些地方霸主充分利用了自己突然拥有的自由和拜占庭的虚弱无力，大肆争抢地盘，而阿莱克修斯哪怕竭尽全力也只能勉强加以遏制。
1094年，局势变得非常微妙而关键。在君士坦丁堡举行的一次宗教会议上，来自帝国各地的主教们聚集一堂，话题突然转向了东部教区的主教们。他们很多人来到都城并不是自己愿意的，而是突厥人的军事行动让他们根本无法返回各自的教区。阿莱克修斯承认帝国东部的问题，但是他也认为西部地区的主教们并没有这样的借口继续留在都城，于是命令他们离开君士坦丁堡回各地履职。sup37/sup人们都同意，安纳托利亚的主教们不应该再待在君士坦丁堡了，况且因为他们已经和自己的教区断了联系，帝国还要负担他们在都城的用度。会上通过了执行遣返西部主教的教令。sup38/sup