孔有德等人开始建立伪政权，这时称王称帝他们还不太敢，而是建立了一个军政府，他们首先推举最年长的李九成为都元帅坐头把交椅，孔有德居第二、耿仲明居第三，他们竟然还以缴获的登莱巡抚印来号令登莱各州县。正当明朝廷将战抚皆不得力的山东巡抚余大成和登莱巡抚孙元化下狱治罪，而主抚和主剿两派争执不下时，叛军们已经开始实施军事行动，向登莱各州县进兵。叛军凭借先进的火炮形成的强大攻坚能力，攻克黄县。为了挽救危局，明廷新任命了徐从治为山东巡抚、谢琏为登莱巡抚，按照分工，谢琏在莱州城指挥作战，徐从治坐镇青州负责增援、后勤，但为了安抚民心，徐从治依然也进驻莱州，进入了最前沿。很快叛军就将莱州围了个水泄不通，这样在这个包围圈中，有徐从治、谢琏两位巡抚、莱州知府朱万年、还有从通州来援的总兵杨御蕃，明朝的四位省、地、师级的高级干部。
为了攻克莱州，叛军调来了几乎所有的红夷大炮，从四面向莱州城轰击，这些叛军的炮兵叛乱前都曾经过葡萄牙军官的训练，炮打的得特别精准，尤其对于静止的目标，轰击城墙的垛口，就如同打靶一般的轻松。反观莱州城所处的地势并不十分险要，但是莱州城是在万历二十六年才重建的新城，莱州县志上说城墙“周九里，高三丈五尺，基厚两丈四，门四座，东曰澄清，南曰景阳，西曰武定，北曰定海，城下为池，深两丈，阔倍之。”而且还参照了西洋筑城法，筑有炮台，作为辽东的另一个后勤基地，城中的粮草、兵器充足，但不足的是重型火器较少，大多是国产的轻型火炮，而且懂得操作火炮的士兵也不多，但是莱州城在知府朱万年的严密部署下，井然有序戒备森严，莱州军民正是依托于此，展开了保卫战。
四位朝廷大员分兵把口，各守一座城门。叛军久攻不下，分兵一部攻克平度后再回师攻打莱州。这次他们集中了炮火主攻城的东北角，在炮火的掩护下，叛军不断的挖地道，想以此攻入城中，而城中则埋设了数口大缸，让盲人从中听出地道的方向后，守军向地道里灌水，淹死了敌兵，叛军再次派兵在城边挖地道，挖成大洞后，用棺材装满火药置入其中，击发引火，爆炸后城墙被炸塌了数丈，叛军从城墙缺口处蜂拥而入，守军向涌入的叛军泼下沸油，再扔下火把，冲天烈焰下叛军死者枕籍，徐从治等再命人投下早已准备好的沙袋，堵塞缺口。守军打得也极为机动灵活，夜里，徐从治等又派出敢死队悄悄出城，从几个方向出击，击毁叛军的多座火炮，并颇有斩获。不久，神机营参将彭有谟进入莱州城后，则又加强改进了火炮的技术，提升了守军的操炮水平。在叛军的一次趁夜偷袭中，他率兵连续打退了叛军的三次进攻，莱州军民称作有“再造之功”。
这时朝廷派出辽籍文官中官衔最高的张国臣前往招抚，而张国臣受到了叛军诈降的蛊惑，命令城中的军民和各路援军不许擅自出战，以免破坏抚局。徐从治派人趁夜潜出城，将一封奏章送到了北京，阐明了战况，并请求皇帝不要再招抚，要全力以赴的围剿叛军，他在奏章中动情地说：：“莱城被围五十日，危如累卵。日夜望援兵，卒不至，知必为抚议误矣。国臣致书臣，内抄诏旨并兵部谕帖，乃知部臣已据国臣报，达圣听。夫国臣桑梓情重，忍欺圣明而陷封疆。……臣死当为厉鬼以杀贼，断不敢以抚谩至尊，淆国是，误封疆，而戕生命也。”但这么重要的一封奏章，崇祯帝竟然没有看到。
同时，全国各地的援军汇集青州，但由于山东巡抚被围莱州，无人统一协调指挥援军，援军停顿不前，朝廷再次任命兵部右侍郎刘宇烈为总督，全权指挥各路援军，与他一起来的还有京城神机营和五门红夷大炮，用以和叛军对抗。但这个刘宇烈也是个主抚的文官，不积极组织进剿，却被叛军的再次诈降迷惑，还释放了被俘的叛军兵将，叛军借谈判之机，绕到明援军后路焚烧了辎重，刘宇烈大惊率部拔营撤退时，被叛军在沙河掩杀的大败，神机营的火炮也落入了叛军手中。而明军东路驻守宁海的总兵吴安邦，按计划从东面夹击叛军于登州，却也听信了叛军的诈降，也被击败，只得退守宁海，虽然在登州的东面，有宁海、文登、海阳等海防卫所，驻有大量的士兵，但他们畏敌如虎却不敢向叛军出击，只能自保。而叛军此时也无暇东顾，他们根本就没把这些卫所军放在眼里，认为的这些州县迟早是他们的囊中之物。而莱州的军民在援军不至的情况下，依然顽强坚守，可是四月十六日，山东巡抚徐从治在战斗中，中炮牺牲，莱州全城军民无不痛哭。
不明战况的崇祯帝还在准备招抚，他又任命了辽将前往招降叛军，辽将孙应龙因为与耿仲明旧交甚好，写书信一封劝降耿仲明，耿仲明将计就计，随便找了一个人头送了过去，说他已经斩了孔有德，让孙应龙迅速来受降，孙应龙高兴的率领海军舰队从天津直奔登州，刚一上岸就被耿仲明斩杀，大量的战船也成了叛军的战利品，凭借缴获的战船，叛军打退了皮岛总兵黄龙从海路的进剿。在陆地的进攻中，叛军攻克招远，虽然攻莱阳不克，而莱州还在围困中，但叛军的气焰还是在日益嚣张。
为了攻克莱州，叛军故伎重演再次向总督刘宇烈请求投降，而且提出了只要莱州城内的几位文武大员亲自出城宣诏，他们就投降，对招抚心存一线希望的登莱巡抚谢琏决定出城招降，他与莱州知府朱万年一出城，孔有德就痛哭流涕跪倒在地说自己死罪，孔有德逼真的表演真应该获得奥斯卡最佳男演员奖，他还说第二天受降仪式时请总兵杨御蕃一同出席，谢琏回到城中，出身军人世家的总兵杨御蕃深知叛军反复无常的秉性，坚拒不出城，果然第二天，也是这一年的七夕节，谢琏、朱万成二人再次出城就被叛军逮捕，叛军挟二人为人质，令杨御蕃献城投降，朱万成大呼：我们死了，你们一定要坚守住！围在我身边的是叛军的精锐部队，快向我这开炮！！杨御蕃也果断下令向叛军密集处开炮，叛军死伤累累，但朱万成也同样死在了自己人的炮火下。读史至此，海纳如同亲眼所见朱万成的忠勇，不胜唏嘘。
明朝廷中，抚战两派还在争论不休，莱州人、户部侍郎、大书法家刘耳枝一头撞死在朝堂的柱子上，他的死谏终于使崇祯帝下决心派出一支劲旅围剿叛军。
年轻的总兵杨御蕃独自率领莱州军民继续坚守莱州城，他秉承了徐从治的不走、不降、不抚、死战的信念，抗击叛军。这时孔有德得知，朝廷派出文官朱大典接任山东巡抚，太监高起潜监军率两万人马驰援莱州的消息时，竟然轻蔑地说：我视杀山东兵如同斩瓜切豆一样容易，他们就是来了数十万人又能怎么样？也的确，孔有德造反的八个月间，不断的招降纳叛，在辽东的毛文龙旧部不断有人渡海投奔他，他还收罗了纵横于黄渤海的很多海盗、海匪，使得他的叛军兵力由反叛之初的不足两千人，发展到两万人。
而当明援军与叛军交战于沙河时，叛军却惊讶地发现，这次来援的明军中，有令他们惧怕的、与他们同样出身的辽东兵。虽然参战的辽东兵马只有不到五千人，但他们是这支援军的主力，统帅他们的是辽东的总兵金国奇、靳国臣，祖氏家族的绰号“祖二疯子”的祖大弼、祖宽，还有少壮派军官吴三桂等悍将，叛军迅速败北，八月十九日，叛军从莱州城撤围而去，鼠窜退守登州。可是援军当来到莱州城下，城中守军竟然还是不敢打开城门，他们已经被叛军的多次诈降的诡计所蒙蔽，不敢再轻易相信了，直到监军高起潜派出了随行的太监，前往宣诏，杨御蕃才下令四门洞开，迎接援军---什么都能作假，这太监可是做不了假的，不知道杨总兵在听诏之前，是否让太监先脱下裤子验明正身过，呵呵。----自此，坚守了七个月二百多天的莱州城终于解围，莱州保卫战胜利结束，莱州城在历史上也获得了“铁打的莱州”的美誉。
朱大典的援军，马不停蹄一面追剿叛军于登州，一面派兵连续收复平度、黄县、招远等县城……
7、仙境中的炮声---没有胜者的战争
在收复黄县的战斗中，叛军被歼灭一万三千余人，之后，九月一日，明军进逼叛军占据的最后一座城池—登州，登州城这座从明初洪武年间开始修建，耗费数代人的心血建成的坚固城防、军港，这个八仙过海传说的发生地，秦始皇求仙之所在，这个有着海市蜃楼胜景奇观，被大诗人苏东坡所赞颂过的美妙仙境之地，此时已沦为了叛军最后的巢穴。固若金汤的登州城，不仅使明军官兵倍感棘手，同样使凭险固守的叛军气焰仍然嚣张，但是当叛军大头目、叛乱的煽动者都元帅李九成上阵搦战，被祖宽一箭射死后，孔有德、耿仲明等人就开始考虑放弃登州突围。
登州城被明军围困了三个月，战斗进入了胶着状态，叛军凭借着城防利炮，让官兵进展缓慢，叛军的几次突围同样未果，同时城中粮草不济，士气低落，最后粮食匮乏时，叛军竟然捉来女人吃她们的肉，暴行令人发指。收复登州城的战斗，从交战双方的武器上看，可以说是当时世界上技术含量最高的战斗，他们都掌握着当时较为先进的火枪火炮，现在常从电影上看到的，西方十七八世纪的那种硝烟弥漫的战场，此时的登州也同样上演着。
孔有德开始实施他的大规模突围计划，二月十二日，他计划集中3千匹战马，组成骑兵队为先导冲击，五千步兵跟进，兵分三路，他和耿仲明、李应元各带一路，从西门强行突出重围。他的战略设想是，突围后作一支冲州撞府流寇。但叛军中的一名下级军官趁夜越城反正，报告了这一重大军情，朱大典等明军将领，积极部署三路伏击，当叛军进入埋伏圈，官兵四起冲杀，力图一举攻克登州，但是叛军中埋伏后，迅速撤退，登州城的留守叛军也发炮策应，使明军官兵无法靠近城墙，与此同时，明军在登州东门也加紧了进攻，祖宽部已经攻占了水城的外围护城城墙，孔有德明白，如不尽快做出决断，水城被明军占领，他们就成了瓮中之鳖，只能束手就擒。他也看出了，这支明军的不足，他们没有海军配合封锁海面。当夜他下令，登州城中除了留下千余人掩护，其余一万二千多叛军及其家属（其中战斗部队三千六百人），乘坐百余艘大船，连同军器、枪炮等一应物件从水城北门，冒着明军拦截的炮火，由海路突围而去，登州港内原有明朝海军的主力舰队，加上被诈降蒙蔽被斩的孙应龙带来的战船，足以使这支庞大的队伍逃脱。
明军很快就攻入了登州城，叛军的留守部队仍在凭借水城负隅顽抗，明军游击刘良佐暗中率人潜入靠近水城城墙的永福寺（现在蓬莱阁景区的一个景点），从中挖地道至城下，填入炸药，轰塌了一段城墙，攻克水城---叛军攻莱州城时的伎俩终于报应了他们自己。但仍有一部分叛军退守登州城海边的丹崖山，准备做困兽之斗，（丹崖山上有宋代修建的蓬莱阁、苏公祠等名胜古迹），朱大典对最后这支叛军队伍没有斩尽杀绝，对他们进行劝降，叛军大部下山投降，一部分人投海自杀。
而孔有德此时还十分茫然，他不知道最后的出路何在，他的初步设想是在辽东沿海占据一个岛屿或一块三不管的地方，武装割据一方。但是，驻守在皮岛、旅顺的明军总兵黄龙率领海军对他们进行了截杀，李九成的儿子李应元被斩杀，毛承禄、陈光福被俘，将他的梦想彻底打碎。他与耿仲明带领剩下的舰船、人员在海上漂流了数月，也在海上过了年。走投无路的孔有德，做出了最后的决定，投降明朝的敌国—后金，在与后金联络接洽后，他们在指定的地点登陆，皇太极派出了汉八旗将领打退了明军的追剿，接应孔有德叛军进入后金的领土。皇太极开始还以为是明朝做出的苦肉计，在证实是真实的投降行动后，皇太极大喜过望，亲自在沈阳城外迎接孔有德、耿仲明。
自此，历时十八个月孔有德叛乱结束，但这场平叛战争，交战双方都没有胜利，虽然明朝平息了叛乱，并在太庙举行了盛大的献俘仪式，将李应元、毛承禄两个匪酋凌迟处死，算是给连战连败的帝国打了一针强心剂。但明朝的登莱两州，这个辽东前线的后勤练兵基地，被叛军捣了个稀巴烂，也给近在京畿的山东地区带来杀人十余万、残破三百里的恶果，而且数位朝廷封疆大吏和大批地方官员被杀。同时，叛乱的两个首犯都没有落网。而孔有德虽然一度攻占了登州多座州县，但也没有实现他的自立为王武装割据，与明朝分庭抗礼的构想，他最终沦为了汉奸，成为满清人的一条狗。
但交战双方之外，却有一个最大的赢家，这就是清朝的前身后金，他们的天聪汗皇太极终于得到了梦寐以求的精良的西洋火炮---孔有德带来了至少二十门葡萄牙澳门造炮局原装的红夷大炮，而且还得到了孔有德等，由葡萄牙军事顾问所直接传授，弹药制造技术以及瞄准知识与仪器操作的军事技术人才，不仅如此，海战是后金最欠缺的地方，而孔有德带来了大量的战船，使后金也建立了自己的海军，凭船运炮使他们可以绕过山海关，在明朝沿海任何一个地方登陆，至此，后金与明朝的军事实力立刻就出现了消长……
8、都不得善终---事件相关人物的结局
孔有德
孔有德投降后，他的部队被改编为汉八旗，但番号却不是“尼堪超哈”（汉兵）而是“乌珍超哈”（火器兵），足以看出皇太极对这支部队的另眼相看。投降三个月后，孔有德就迫不及待的要求在后金军进攻皮岛、旅顺的战役中，充当马前卒，旅顺失陷总兵黄龙自杀，孔有德即算是报了被海上追杀的一箭之仇，也算是交上了自己的入伙投名状。同时在此役中，他还策反了山东三矿徒的第三个人尚可喜。这样山东三矿徒—孔有德、耿仲明、尚可喜全部投降后金。至此，皇太极通过连续的招降纳叛，他的的汉兵部队已经有了相当大的规模，可以说，此时与明朝对抗的已经不仅是满族（女真），而是整个东北地区以满族为首的各民族的武人集团。公元1636年，明崇祯十年，皇太极称帝登基，改国号为清，孔有德作为臣服的汉人代表，向皇太极献上了表章，并被封为恭顺王，这也是为了表彰他指挥炮兵、海军跟随皇太极、多尔衮东征朝鲜、西征蒙古，和与明军作战为满清立下的“大功”。在明朝灭亡的前一年，他带领清军从海上突袭宁海（牟平、烟台），登陆后在宁海地区大肆屠杀数日，后人只知道嘉定三屠、扬州十日，却不知道满清入关前在烟台地区就有同样的暴行。
公元1644年，清军入关，孔有德部配属多铎南下进攻南明政权和剿灭农民军余部，以及镇压江南的抗清斗争，他也被抗清斗士们骂做“吴桥贼”。顺治三年（1646年）授平南大将军，进攻南明永历政权。五年，改封定南王，出征广西。这时孔有德达到了他人生的顶峰。但在广西他遭遇了原李自成的部将、南明政权的军事统帅李定国，在连续的兵败之下，他的王府所在地桂林被包围，城破前他这个投机分子又想“反正”，终未成功自杀身死，他的儿子夫人一同被杀或被俘，只有一个女儿孔四贞逃脱，被封为清朝的唯一的一个汉人格格，去过北京的朋友都知道，北京有个地名—公主坟，这个公主就是孔有德的女儿孔四贞，据说当代作家琼瑶就是根据这一人物，无限发挥，又写出了后来家喻户晓的爱情小说《还珠格格》。
耿仲明吴三桂
公元1636年，耿仲明被封为怀顺王，随清兵入关后，也参加镇压农民起义军。顺治六年(1649)，改封他为靖南王，与尚可喜进军广东，与郑成功部作战，后死于途中。他的结果还算是寿终正寝，他的儿子耿继茂世袭了靖南王的爵位，驻守广州，又移福建。康熙十年(1671)，耿继茂死，其子也就是耿仲明的孙子耿精忠袭爵位，耿精忠成为了清初著名的“三藩”之一，后随吴三桂叛清，兵败身死，耿家也被满门抄斩。
吴三桂在平息兵变中并无突出的作为，但就是在这次平叛中，他拜监军太监为义父，受到推荐进入了崇祯帝的视野，而平步青云，他的故事和结局众所周知，在此不赘述。
徐光启孙元化
这师生二人苦心谋划的军事改革，不仅一切成空，而且竟是帮助了敌人，孙元化被逮至京师的镇抚司，追究其各项罪名，孙元化在狱中遭到严刑，首辅周延儒和其师徐光启一直设法对他营救，但终究无法挽回。崇祯五年，莱州攻防战正酣时，七月二十三日，孙元化在京城被斩首弃市，他死前著名的西方传教士汤若望化装成送炭工人，潜入狱中为他这位中国最早的天主教徒做了赦罪礼的祈祷。孙元化的老师徐光启从此对军事、朝政心灰意冷，一心作他的历法修订，第二年就愤愤而死。明朝两位精通西学、西式兵法的人死后，从此，明朝的军事力量更是每况愈下，直至它的灭亡，而中国刚刚开始的学习西方文化科学乃至宗教的步伐，也就此嘎然而止。
孙承宗杨御蕃
孙承宗被罢官后，一直闲居在高阳老家，崇祯十一年，清军深入内地，孙承宗率家人拒守家乡高阳，城破自杀。
杨御蕃后来官至凤阳总兵，坐镇凤阳指挥数万人马与农民军作战，但海纳在史书中没有找到他的结局。
登州、莱州
铁打的莱州城墙，在上世纪五六十年代被拆除了，它已经失去了军事意义，登州水城被保留了下来，这得益于它的特色，这是世界上目前保存最为完好的古代军港，此篇文章杀青时，报纸上传来了水城申请世界文化遗产的消息……
崇祯帝和他的明王朝中国
崇祯帝不合时宜、过犹不及的勤政，疑心易怒的性格，还有倒霉的运气，终于使他的帝国倒塌了，想秘密和清朝讲和却不慎泻露天机，使明朝失去了一次结束两线作战的时机。李自成一度被剿灭，却又东山再起死灰复燃，而他在李自成兵临城下之时向他提出的，请求招安而且开赴山海关前线，这样极具民族大义的要求竟然也都没有答应，他不仅没有逃走，而且上吊自杀。不知道李自成这时会不会嗤之以鼻的用陕西话说：“这个皇帝真基巴坎”（这个皇帝真傻）。而最后还是组织最严密。而且掌握着最先进武器的满清入主了中原。
明王朝政权的覆灭，说其覆灭于农民起义或者说覆灭于满清，甚至说覆灭于罕见的连续七十年的自然灾害还有鼠疫疫情，倒不如说是毁灭于它自身的腐朽，皇帝的顽劣、群臣的党争，太监的干政，官员的腐败，军队的低劣，一切积重难返都最终使这个政权崩溃，读晚明历史可以看一个现象，清军南下遭到的抵抗并不明显，老百姓似乎都在坦然接受改朝换代的事实，很多抵抗实际上发生在多尔衮的剃发令下达后，剃发易服让汉人感到了被奴役的耻辱而起来奋起抗争，而并不是对明朝有什么留恋。
明王朝政权所代表的中国、汉文明，终被落后于自己的满清所征服，汉人成为了在野民族，但这一次民族征服太不是时候了，世界再有百年就将进入一个新的时代，科学技术、社会制度都将有质的飞跃，这对于一个刚刚脱离于奴隶社会的满族来说太超前了，他们对刚刚学到的汉文明尚且来不及消化，更别说更加陌生的西方文明，满清夜郎自大心理和征服了中原后的洋洋自得，使他们不会再重视其他文明，（声明，海纳完全没有蔑视少数民族意思，这些感慨只是在针对当时的历史背景）这时候只有汉文明才能兼容并蓄的学习好其他文明的成果。
此时的中国，商品经济的发展和海外贸易的出现（虽然可能不合法），使社会出现了资产阶级萌芽，儒学出现了的王阳明、顾炎武、黄宗羲新的流派，新儒学甚至有了些西方式启蒙思想的影子，徐霞客和李时珍的探索，开始了中国人对自然科学的研究，徐光启对西方科学的学习研究，明朝廷对西方技术的拿来主义，而皇帝的惰于朝政，甚至也能为君主立宪制创造条件。都将昭示着中国人也能沿着正常途径进行社会、科学的发展，但清军的入关使这一切都化作了泡影……
是文明的气数还是天意？