康熙帝即位以后，由四位辅政大臣尽心辅佐。他们首先是打算肃清宫禁，将内官十三衙门全部去除。
什么叫十三衙门？就是司礼监、尚方司、御用监、御马监、内官监、尚衣监、尚膳监、尚宝监、司设监、兵仗局、惜薪司、钟鼓司、织染局。这十三衙门，用的都是太监，顺治帝在的时候，曾经设立内十三衙门铁牌，严禁太监干政，只是因为衙门没有撤销，所以仍然不免鬼鬼祟祟，暗里藏奸。
康熙帝即位以后，首先就撤销了十三衙门，宫廷内外得到这个消息，自然都称颂不已。
到了康熙元年三月，平西王吴三桂、定西将军爱星阿写信报告说：“按照命令攻打缅甸，两路进兵，缅甸酋长害怕了，把永历帝朱由榔献出来，云南彻底扫平。”这封信交上去以后，上面很快回复，提拔吴三桂当了亲王，仍然镇守云南，让爱星阿尽快带兵回京。
桂王寄居在缅甸，本来就困顿万分。李定国这时正在景线，一连写了三十多封信，想到那儿去迎驾，都被缅甸人给拦住了。李定国就带兵攻打缅甸城，缅甸人守不住，恰好清兵也来攻打缅甸，李定国只好又回到景线。
这时，缅甸酋长巴哇喇达姆摩杀死哥哥自立，正想借助清朝的势力，压制缅甸人，就暗地里和清兵串通，愿意献出桂王。吴三桂答应了，限定时间让他交出来。缅甸酋长就带了三千人马，围住了桂王的住所，假托诅咒盟约，让桂王的随从喝毒水。马吉翔先出来，被用来开张，李国泰做了第二个，接着走出来一个，杀死一个，一共死了四十二人。只有沐天波与将军魏豹，杀死几名缅甸人后自刎而死。马吉翔和李国泰等人是死有余辜，只有沐天波死得冤枉。
桂王知道难免一死，含着眼泪写了信，派人送到清营，交给了吴三桂，信上说：
将军是清政府的功臣，以前也是我们明朝所倚重的。我明朝世代对将军一家优待，让你守卫边疆，先皇对你的奖励可以说很优厚了。
国家遭遇战乱，李自成造反，攻陷了我们的京城，毁了我们的祖庙，逼死了我们的先帝，杀戮我们的人民，将军像有志恢复楚国的申包胥，去向清兵求救，把李自成杀了，给先皇报了仇，你当时的初衷一定还没有改吧。为什么依仗大国的势力，狐假虎威，借着给先皇报仇的名义，却去做了别国的开国功臣？
李自成已经被诛杀了，但南方的土地已经不是明朝的了。这些臣子不忍心国家灭亡，在南阳迎立新皇帝，还没坐稳，就发生战乱，弘光往北而逃，隆武被杀，我这时痛不欲生，哪有时间想国家大事？各位大臣再三请求，我才勉强接位，从这以后，我一直居无定所，南北流窜。幸亏李定国到贵州迎接我，我才去了南方，本来以为可以与世无争了。
没想到将军忘了家国之仇，一心要开国之功，带兵攻到云南，把我的住所给毁了。我实在没办法才逃到缅甸，苟延残喘。
将军不避艰险，请命远来，带领十万部队，穷追不舍，难道觉得天下不够广吗？难道整个天下就没有我存身的地方？你已经封王赐爵了，还要杀了我去邀功吗？
我的家被你毁了，儿子被你杀了，读到这样痛彻心扉的文字，你难道没有一丝恻隐之心？将军也是世代受朝廷恩典，就算不可怜我，难道不想想先帝吗？就算不想先帝，难道不想一下自己的列祖列宗吗？就算不想自己的列祖列宗，难道就不想想自己的父亲、祖父吗？不知道清朝给了你什么好处？我又何处得罪了将军？
将军自以为聪明，其实愚蠢；自以为仁厚，其实刻薄。千年之后，有史书记载，会怎么描写将军呢？我现在兵穷力竭，一条小命悬于将军之手，如非要杀死我，我也没有办法。要是能够转祸成福，容我活命，同受新朝雨露，就是有再多人也交给将军了。请将军想一下。
这封哀切凄婉的信到了吴三桂手里，本想着吴三桂能网开一面，没想到吴三桂仍然逼着缅甸交出桂王。
桂王正等着吴三桂回信呢，结果来了七八十号缅甸兵，蜂拥而入，也不问情由，抬着桂王就走。还有桂王的二十五位家眷，也哭哭啼啼地跟着。
桂王精神恍惚，任由他们抬着，不知走了多远，到了缅甸的都城。外边有几座大营，旗帜飘扬，右首写着“平西大将军”，左首写着“定西大将军”。缅甸兵从平西大将军军营进去，放下桂王以后，就自己出去了。自然有军兵过来接待，桂王问这是什么地方。
军兵说：“这是平西大将军吴王爷的军营。”
桂王说：“是吴三桂吗？”
桂王感叹了几声，又看见自己的家眷大都蓬头赤足，被缅甸兵押着进来，到了桂王跟前，一个个放声大哭。
营里一个军官进来，吼了一嗓子说：“王爷来了，别闹！”这些人被一吓，都不哭了。
不一会儿，一位雄赳赳气昂昂的大将走了进来，身边被几个士兵护卫着，见了桂王，作了一揖。
桂王见他头戴宝石顶，身穿黄马褂，早料到是个大将军，就故意问他是谁？这人回答说：“清平西王吴……”说到吴的时候，不说了。
桂王说：“你就是大明平西伯吴三桂吗？”吴三桂听到“大明”两个字的时候，就像被雷劈到了一样（可惜不是真劈到），顿时有点毛骨悚然，不由自主地跪下了，声音打颤地说：“是。”
桂王说：“好一个平西伯，果然能干！可惜就是忘本了。但事到如今，也不必多说，我正想回北京，拜谒祖宗十二陵寝，你要是能替我办到，我死也瞑目了。”
吴三桂仍然声音发颤地说：“是。”桂王让他起来。
吴三桂赶紧告辞回到大营，对手下众将说：“我自从军以来，大小经过数百次战役，也没有什么恐惧，没想到今天见到这末代皇帝，偏偏让我局促难安，这可真是奇了怪了！”
于是，就让部将护着桂王和桂王的家眷，簇拥而行，自己则邀爱星阿一起带领人马回到了云南。没几天，就到了云南的省城。吴三桂把桂王单独囚禁在一个监牢里，接着就跟爱星阿商议处置桂王的法子。爱星阿打算把俘虏带到北京，听从朝廷发落。
吴三桂说：“要是半路上被劫了去，怎么办？据我看来，不如就地处决得了。”爱星阿不便阻拦，就按照吴三桂的意思写了信。到了四月十四日，收到了清圣祖的命令：“对于前明桂王朱由榔，不用进献俘虏，可以就地处决。钦此。”吴三桂立即升帐，传齐所有马军、步军，把桂王及其眷属二十多人，都弄到了篦子坡法场，立即绞死。
桂王也不多说，只有桂王十二岁的儿子大骂三桂说：“吴三桂你个臭贼！我们明朝哪点对不住你？我父子二人和你有什么仇？你非要害死我们。苍天有知，保证不会让你这臭贼得善终！”
这时，李定国正联合暹罗、古刺等国，准备大举进攻缅甸，要回桂王，忽然听说缅甸已经把桂王献给了吴三桂，赶紧带兵去追赶。