1959年3月28日。
山内从东京大学法学部（第二类公法课程）毕业，进入厚生省。
高级公务员考试的合格通知书上所写的名次是99人中的第二名。他在法学部的学习成绩，取得14个“优秀”。
对于立志成为官僚的东大法学部出身的精英们，即被称为“高级公务员群体”的人来说，在法学部取得“优秀”成绩的数量和高级公务员考试的名次，将在今后的官僚生涯中追随其一生，意义重大。
当时，倘若“优秀”成绩在两位数，且高级公务员考试名列前茅，据说，即便进入官僚优秀人才集中的大藏省，将来坐上科长的位子也是有保证的。
山内获得了第二名，大藏、外务、通产等大省当然会直接向他抛出橄榄枝，他可以毫不费力地进入官僚们都十分憧憬的这三个大省。
然而，山内却主动选择了厚生省。
为什么？
对于山内进入厚生省的经过，存在几种版本的说法。1986年1月9日，当时担任厚生省审议官的山内，参加了修猷馆高中毕业生团体“二木会”的活动（每月第二周的周四举行），并以“厚生行政的林林总总”为题发表了演讲。演讲中他在回顾自己进入厚生省的经历时这样谈道：
去年9月前后，我收到来自某大学社会学课程的问卷调查，内容是：“本研究室正在开展官僚成为政府官员的理由这一社会学调查。山内先生您为什么选择厚生省，请在以下选项中选择。”
总共有七个选项，实际上哪一项都不适合我，这让我有些头疼。有哪些选项呢？比如，成为政府官员可参与国家大事；政府官员生活安定，老年生活有保障；还有对该工作本身有兴趣等。哪个选项都不符合我的情况……实际上，我上大学的时候，法语班里有个我暗恋的女生，经过调查，据说她要进厚生省工作。我想如果能和她一起工作该有多幸福啊，所以进了厚生省。她被厚生省录取了，我也被厚生省录取了，但我们之间并没有发展的余地，因为第五年她就辞职了，好像早已有了未婚夫，我被彻底甩了。
那以后，我决定收心，把失恋的痛苦化作对厚生行政事业的热情，一直干到今天。（后略）
在会场上时不时发出的会心笑声中，山内就这样回顾了进入厚生省的经过。不清楚这个女生是不是他字写得很乱的日记中提到的女生，不过，后来他也不经意地对知子提起过有一个进入厚生省工作的女生这件事。
此外，还有一些能想到的理由。据说山内上初中期间患了骨髓炎，高中时代也一直拖着腿走路。尽管他身高168厘米，体重60千克，属于胖瘦适度型身材，但学生时代的山内不擅长体育运动，身体也不是很结实。
山内在经济上确实很富裕，成绩也出类拔萃，堪称优等生中的优等生。然而，包括童年经历在内，在成长过程中缺少家庭温暖的山内，选择以救助社会弱者为目的的厚生省也是十分自然的。
据说在刚进入厚生省时，遇到高中时代的友人伊藤正孝，山内十分高兴地说：
“我找到了天职。”
1959年4月1日，从厚生省医务局次官手里接过任命书的山内等新职员，参加了4月15日为期两周的研修。参加研修期间，山内在笔记上这样写道：
4月1日田边事务次官午餐会
次官
确立自觉意识面对不断扩大的厚生行政
午后
栗山科长感叹缺乏人文关怀的厚生官吏的存在
熊崎人事科长训话
不拘泥于形式，以备受期待的干部预备生身份受到关注
努力不辜负期待
以拓宽厚生行政幅度为目的的外派工作
人事科长熊崎关于“干部预备生”的这一说法，被认为是专门针对山内的。
4月1日，对于这些新人来说，这一天是走上厚生官僚道路的起点，同时也是厚生省内部的仕途竞争，即竞争事务次官这一独一无二职位的开始。
山内入职的1959年，厚生省正面临一个重大问题。
水俣病。
是年11月2日，熊本县水俣村的渔民们闯入新日本窒素肥料公司的水俣工厂，造成多人受伤。该事件在全国报纸上披露后，水俣病的存在第一次受到广泛关注。1959年这一年，也成了水俣病30余年历史上具有重要转折意义的年份。
日本窒素肥料公司（1950年名为“新日本窒素肥料”，现名为“チッソb/b”），是明治末年由熊本县水俣村为取代衰退的农业和制盐业而引进的电气化学工厂。窒素公司在第一次世界大战后从欧洲引进氯的合成技术，初次在日本生产合成肥料大获成功，从而作为日本代表性的化学企业之一得以成长。该企业的原动力是水俣工厂。之后，水俣市作为窒素公司的企业重镇发展起来，这也是调查水俣病致病原因之所以会被耽误的原因之一，只能说这是一个巨大讽刺。
该水俣工厂同时也开展技术研究和开发，1932年用乙炔合成乙醛，1941年同样用乙炔合成氯乙烯，均获成功。在这一合成过程中，用作催化剂的是水银b/b。
与日本“发展”的步调一致，从战后复兴走向高速成长，窒素公司作为企业也取得了发展。这一发展的代价，便是催生了水俣病。用作催化剂的水银在毫无处理的情况下排入海水中，积蓄在鳞介类生物体内，侵蚀食用鳞介类生物的渔民身体。
制造乙醛过程中出现的水银，自战前就开始持续地污染不知火海b/b，渔民和工厂之间不断发生冲突。这种冲突最初起因于鱼产量减少，窒素公司只是支付给渔民少量的补偿金作为代价。1956年，大量渔民开始出现手脚麻痹的“怪病”，问题变得日渐严峻b/b。
是年5月16日，熊本《日日新闻》报道了水俣湾的怪病，标题是：
“水俣儿童得怪病——出于相同原因吗？猫也幸免于难”
这被认为是第一篇对水俣病的实质性报道。关于之后报刊报道的经过，《公害的政治学追踪水俣病》（宇井纯著，三省堂新书）中有详细叙述。
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