这场垄断官司以比尔·盖茨在欧洲败退而告终。虽然微软表示将遵守欧盟的裁决，推出无媒体播放器版的视窗操作系统，但是微软却拒绝执行向竞争对手公开视窗系统的部分代码。2006年7月12日，因微软没有完全执行欧盟裁决，欧盟宣布对微软再次处罚2.8亿欧元，并且警告微软，如果在限期内拒不执行将继续提高罚款额——将处以微软公司每天500万美元的罚款。
2007年10月22日，微软公司宣布同意遵守欧盟2004年的裁决，向竞争对手开放源代码，为其他软件开发者提供兼容技术信息，以便其软件产品能够与微软视窗操作系统充分兼容。至此，欧盟与微软之间的反垄断官司终于告一段落。
不久后，又有新的公司向欧盟委员会提交微软反垄断投诉。2007年12月17日，挪威欧普拉软件公司投诉微软浏览器绑定操作系统。欧盟接到投诉后，又开始对微软进行新一轮的垄断调查。2009年1月17日，欧盟对微软的反垄断调查有了初步的结果——欧盟委员指控微软在视窗操作系统中非法搭售ie浏览器。2009年4月28日，微软承诺将为windows7提供封闭ie的拨动开关，但是这个承诺很快就被欧盟委员会驳回了。2009年10月7日，微软在欧洲市场为新的浏览器安装选择屏。同年12月18日，欧盟完成对此案的调查，欧洲的消费者将获得视窗系统上应用浏览器的选择权。微软将在欧洲境内在其操作系统中提供一个浏览器选择屏，而用户则可以自行选择自己喜欢的浏览器。
至2010年微软公司已经打了大约20多个反垄断官司，支付了数十亿美元的费用。这些反垄断官司虽然会对微软的垄断行为起到一定的遏制作用，但是它们从根本上却动摇不了微软在软件行业的霸主地位。比尔·盖茨在2009年仍然以400亿美元的资产登上了《福布斯》全球富豪排行榜的首位。
1998年6月25日，微软又推出了windows98。它是在windows95的基础上编写的，改进了对硬件标准的支持，首次加入了视窗组件，让它可以通过网络对系统完成自动更新。并且在操作系统上加上了ie浏览器，成功打击了网景公司的产品。由于这个版本的视窗操作系统受到了消费者的广泛欢迎，所以又帮助微软巩固了在计算机软件行业的霸主地位。h24．比尔·盖茨的慈善活动/h22000年以后，比尔·盖茨开始退居幕后工作——他任命史蒂夫·鲍尔默为微软的首席执行官，自己则为首席设计师。很快，比尔·盖茨完成了权力的平稳交接。在交接的过程中，比尔·盖茨开始在微软的各种会议上保留自己的意见，把精力和时间运用到微软未来的战略决策研究上，而鲍尔默也开始进入自己的角色——将决策权下放给下面的管理层，将懂得管理的人纳入到微软的核心管理团队，逐渐改变了微软以技术组建的管理构架。2006年，盖茨和鲍尔默的权力交接基本完成。2006年6月15日，比尔·盖茨宣布在2008年7月将退出微软公司，届时将会辞去微软首席软件设计师一职，今后将不再参与微软的管理事务。虽然比尔·盖茨在宣布这一消息的时候显得极为镇定，但还是让人觉得有些哀伤。一些员工听到这个消息后，都非常舍不得比尔·盖茨离开，有的员工甚至因此而热泪盈眶。2007年1月30日，比尔·盖茨完成了他作为首席软件设计师的最后一件大事——推出了windowsvista系统。2008年7月之后，比尔·盖茨将微软最为神圣的首席软件设计师的职位交给了雷·奥茨。
接下来，盖茨就投身到他的基金会和各种慈善活动中去了。不过盖茨表示，即使他离开了微软，也仍然会时刻关注着微软的发展，而且当自己有好的想法或者建设性的意见时，会在适当的时候向微软提出。
2008年6月27日，比尔·盖茨正式退出微软公司，走出了自己近乎完美的商业道路。
退出后盖茨表示：“巨大的财富意味着巨大的责任，现在是时候把这些资源回报给社会了。而回报社会的最好方式就是帮助那些处在困境中的人们。”于是，比尔·盖茨决定把价值580亿美元的个人财产全部捐给比尔与梅琳达·盖茨基金会。在此之前，比尔·盖茨就已经做了长达七年的慈善活动，在慈善活动中投入了超过300亿美元的资金，建立起了全球最大的慈善事业。
在比尔·盖茨的影响下，世界第二首富巴菲特也宣布将其财产的85%——370亿美元捐给盖茨的基金会，做慈善事业。巴菲特说，自己把钱交给盖茨很放心。据相关资料显示，比尔与梅琳达基金会在成立之后至少已经拯救了70万条生命。
不过，盖茨在创立微软并获得成功成为亿万富豪时，并不像现在这样慷慨。当时有很多要求捐款的信件寄到微软公司，向比尔·盖茨请求援助，而且盖茨的父母也要求他做些慈善工作，但是盖茨却并不理会。他认为，自己的首要任务是管理好自己的公司。因为在他看来，能为社会做的最好的事，就是让自己的企业成功。所以那时盖茨一心扑在自己的事业上，根本没有精力关注慈善事业。
正因为如此，比尔·盖茨曾经一度被著名杂志《经济学人》批评为坐拥金山，但却极为吝啬的人。而且，当时在资本主义高度发达的美国，对于像比尔·盖茨这样的富人是有很多限制的——在美国是不允许富人将财产长期存放起来的，要么进行投资，要么做慈善活动。
让盖茨思想上发生根本改变的是1993年秋天的一次非洲之旅，当时还只是盖茨女友的梅琳达和盖茨第一次踏上了非洲的土地——到非洲的扎伊尔旅游。本来他们是打算到非洲好好游玩一番，欣赏一下当地的风光，体验一下非洲的风土人情。可是没想到他们沿途看到的是一座座死气沉沉的城镇、一片片凄凉荒芜的景象，而且他们还看到很多人光着脚，头顶着水罐，怀抱着孩子，不得不走几英里的路到市场上去，而在市场上，只有少得可怜的蔬菜在卖。
在非洲的旅行途中他们在路上看到了无数饿得皮包骨的孩子，这些孩子没有孩子本该有的朝气，有的尽是呆滞的目光。而梅琳达在路上曾经想注意一下哪些走路的妇女是穿着鞋的，结果她没有发现一个穿鞋的，也就是说她们全都是赤裸着双脚在地上走。此外，他们还看到很多非洲妇女眼睁睁看着自己的孩子—个个饿死或者是病死，都哭得非常伤心。这一切都让盖茨和梅琳达感到心烦意乱——非洲当地人民的极度贫困让比尔·盖茨受到了深深的震撼。从非洲回来以后，盖茨就对好友说：“非洲彻底地改变了我。”可以说，这次非洲之旅对比尔·盖茨后来做慈善事业产生了非常重要的影响。
比尔·盖茨回到美国后于1994年和梅琳达举行了婚礼，而就在盖茨结婚之后不到一年的时间，盖茨的母亲就被癌症夺去了生命。在失去母亲的巨大悲痛中，盖茨开始重新思考自己的事业和人生，思考生命的意义，而这时盖茨的父亲则进一步推动盖茨进入到慈善事业当中。
比尔·盖茨的父母很早就热心于公益事业和慈善活动。盖茨的父亲在盖茨小的时候就经常参加一些社会服务活动，做一些义务工作，为西雅图的慈善机构积极筹集资金，并参与了当地多项捐助活动。而盖茨的母亲也是经常参加一些社会服务活动，是一个慈善活动的积极分子，而且盖茨的母亲还是一家慈善协会的会长。因此，在家中盖茨的父母经常讨论这方面的问题，给盖茨留下了深刻的印象。也就是说，父母的言传身教对盖茨做慈善也产生了一定的影响。
在盖茨成为世界上最富有的人后，他的父母感到非常自豪。那时盖茨的父亲已经退休，又加之盖茨当时根本无暇顾及慈善事业，所以父亲恐怕儿子受到社会的道德谴责，在征得盖茨的同意后，开始帮儿子处理那些求助信件，并以盖茨的名义开始进行一些慈善活动，作一些小数额的慈善捐款。
一天下午，盖茨的父亲突然来到了他的办公室，手里拿着一张图表，盖茨看到上面的内容是每年非洲有好几百万儿童都死于轮状病毒，而这种病早已经在美国绝迹了。这让盖茨感到很震惊，瞬间他意识到世界上还有很多慈善活动需要他去做。
于是，盖茨的父亲建议盖茨成立一个基金会，专门负责慈善活动，这样就可以有计划有组织地展开慈善工作了。对此，盖茨的妻子梅琳达也非常支持，而盖茨也想起母亲生前曾经希望他能从事慈善事业。于是，盖茨决定投身慈善事业。
在父亲的建议下盖茨拿出了9400万美元，建立了盖茨基金会，专门从事慈善事业。在这个基金会中，盖茨的父亲负责基金会的一些管理工作，梅琳达担任基金会的总经理，而盖茨则担任基金会的首席执行官。在一些发达国家，基金会不仅仅只是从事一些单纯的捐助和各种公益活动，它也会利用自身的基金进行一些投资活动，产生一定的经济效益，从而使基金会不用单纯地依靠募捐活动，自身就可以进行可持续发展。因此，盖茨还聘请了理财专家为基金会进行多项可增值的投资。h25．比尔·盖茨基金会的建立/h2在基金会建立后，梅琳达就全身心地投入到基金会的工作当中去了。在盖茨的母亲去世一周年时，比尔·盖茨和梅琳达以母亲的名义向华盛顿大学捐助了1000万美元，建立起了玛丽·盖茨奖学金。因为盖茨的母亲死于癌症，所以盖茨在生物科技领域作了大量的捐助和投资。他曾经向西雅图的癌症研究中心捐助了100万美元，用以推动他们的医学研究，希望他们能够研究出攻克癌症的方法，以挽救像盖茨母亲这样的癌症患者的生命。此外，比尔和梅琳达基金会还投入了大量资金用来研究疫苗、艾滋病和其他疾病的治疗方法。
1999年，比尔·盖茨已经拥有850亿美元的家产，相当于匈牙利、冰岛和卢森堡三个国家当年的国民生产总值。这时候，比尔·盖茨的财富达到了富可敌国的程度。比尔·盖茨在那时就公开表示，他和梅琳达不会给自己的三个子女留下很多的钱，在他们死后，只给自己的孩子留下几百万美元的遗产，其余部分，都将捐赠给慈善机构。
虽然盖茨与妻子都很疼爱自己的孩子，但是他们从来不会随意满足孩子们的要求，或者给孩子一大笔零用钱。在这方面，他们绝对算是一对吝啬鬼。盖茨的儿子菲比在小的时候就经常抱怨父母不给自己买他最想要的玩具车。盖茨认为，最明智的父母就是不要将钱留给子女，而是应该捐给那些最需要钱的人。在盖茨看来，这是作为公民应有的责任。
梅琳达希望自己做的慈善事业能影响孩子。梅琳达说：“我的孩子们很清楚我们去非洲做什么，他们知道我们是去给当地的孩子送药品和毯子。”
2000年，比尔·盖茨和梅琳达将他们原来建立的两个基金会合并在一起，成立了“比尔·盖茨和梅琳达·盖茨基金会”，合并后盖茨又向基金会捐助了60亿美元，使得这个基金会成为了世界上最大的慈善基金会。这个基金会的总部设在西雅图，一共有大约200名工作人员，其捐资主要集中在两个领域——卫生保健和教育领域。因为盖茨和梅琳达认为这是缩短世界贫富差距的关键。
2002年盖茨到印度进行访问，受到了印度总理杰帕伊的接见，他们在一起还商谈了有关在印度控制艾滋病蔓延的问题。随后在11月11日，盖茨在印度的新德里宣布，他们的基金会将向印度捐助1亿美元，用来预防和治疗艾滋病，从而控制艾滋病在印度的蔓延。
在基金会成立之初，梅琳达与盖茨曾经向非洲资助过电脑。但是后来他来到南非一个贫困地区考察时发现，他资助的电脑在当地根本派不上用场。因为对于当地居民来说，饥饿和疾病使他们的生存都成为问题，根本没有心情关注电脑。
当盖茨和梅琳达查看了1993年《世界发展报告》的内容后，更令他们震惊。梅琳达说：“很多非洲的孩子是死于腹泻或其他非常普通的疾病，凭借简单的接种疫苗完全可以避免这些悲剧。我们意识到这方面的信息还了解得太少，然而，我们知道得越多就越觉得不能再等了。”于是，盖茨就把对非洲援助的方向转为了关注消除饥饿、防治疾病等项目。梅琳达曾经说过：“我们为了把钱用于效果最显著的项目上，经常研究世界最欠缺平等地区的列表。”
2003年，盖茨夫妇再次进入非洲。其间，他们参观和访问了非洲当地的多家医院，并与当地的医护人员及患者进行了亲切的交谈。盖茨和梅琳达希望通过他们的捐助能够使那些贫困地区被疾病困扰的人们从中受益。在盖茨夫妇的捐助下，非洲的儿童在疫苗的接种率方面有了大幅度的提高，取得了很大成效。在非洲的一些国家里，儿童接种疫苗的费用已经从以前的每人不足1美元提高到了现在的10美元。这些疫苗据估计已经挽救了大约30万人的生命，在未来10年，预计挽救的生命将达到上百万人。
2005年1月27日，比尔·盖茨在瑞士举行的世界经济论坛上承诺，他将捐助7.5亿美元用来帮助第三世界国家购买急需的疫苗。
比尔·盖茨夫妇不仅关注疫苗方面的问题，他们对那些无家可归的艾滋病患者和贫困地区的孩子和青年人的生存问题也非常关注。盖茨夫妇除了在经济上和医疗上援助一些贫困的艾滋病患者外，还在当地宣传一些传染病的防治方法，以及让他们认识到艾滋病的危害并了解如何预防艾滋病的传染。他们建立的“青年自立计划”，让当地的青年人学会了如何谋生，并且还免费对他们进行一些技能方面的培训，使无数青年人从中受益。
2003年，比尔·盖茨曾经带着十几名媒体记者和摄影师到津巴布韦考察当地农村的医疗情况。在当地的一个诊所里，盖茨抱着一个婴儿与妈妈们围坐在芦苇席上聊天，询问当地的医疗情况。他为了解当地的性病传播状况甚至还到博茨瓦纳探访了一些妓女，以确定自己将要资助的项目。随行的媒体在报道了当地的情况后引起了有关政府对此类问题的关注。盖茨在津巴布韦访问时还宣布要捐资1.68亿美元用来帮助非洲大陆防治疟疾的肆虐。在比尔·盖茨宣布为非洲捐资后，一些欧洲国家的政府也纷纷响应，决定捐资参与有关非洲疟疾的防治项目。
到2005年，盖茨为了帮助非洲等贫困国家防治疾病和提高当地医疗保健水平已经捐出了60亿美元。在南非的博茨瓦纳这个国家竟然有超过1/3的人口都感染了艾滋病，为此盖茨夫妇立即拿出5000万美元帮助他们国家建立了基础的保健体系。比尔·盖茨之所以选择捐资疟疾和艾滋病领域，是因为在众多疾病中疟疾和艾滋病是最致命的。在非洲每30秒就有一个儿童因为疟疾而失去生命，每7秒就有一个人感染艾滋病。而且，在非洲的贫困国家中每年会有数百万人因疟疾而失去生命。盖茨认为在社会和政府共同的努力下，这一切将会得以改变。而且，盖茨相信在医学技术的发展下，疟疾这一疾病在世界范围内将会被彻底消除。
盖茨和梅琳达在为基金会选择一个新的捐资方向和地点时，他们讨论了两个问题：一个是，在哪方面捐资会影响最多的人？另一个是，在过去他们曾经忽略过哪些问题？比尔·盖茨夫妇在捐款方面非常严格，梅琳达曾经说过：“对所有的不公平我们都会认真审视，并希望在我们的努力下能够通过捐款给他们带来最大的变化。”所以，盖茨对他们投资和捐资的每一分钱都精打细算，物尽其用。有一次，一个南美的申请人曾经建议盖茨为一个村庄的猪和人同时注射疫苗，这让盖茨非常恼火。盖茨认为，在死亡线上挣扎的还有很多穷人，竟然还有人想把钱花在猪身上，这简直是太浪费了。
为了寻找解决人类的疾病问题的方法，盖茨从基金会中拿出了2亿美元，通过借助美国国家卫生研究所的科研能力，来共同寻求解决的办法。为了召集全球最出色的科学家来共同研究人类如何战胜疾病，盖茨基金会与美国卫生研究所将共同启动名为“全球健康挑战”的运动。他们研究的主要方向是，确定哪些疾病是全球面临的最严重的疾病，然后科学家们再进入实质性的研究和开发阶段，寻找攻克的最佳方法。
盖茨夫妇捐款的金额与世界卫生组织的年度开销基本不相上下。其中，大部分的资金都用于预防和治疗人类的疾病，以及援助世界贫穷地区，提升当地的教育水平。曾批评过比尔·盖茨是一毛不拔的铁公鸡的《经济学人》杂志，也因此改变了态度，赞扬比尔·盖茨是慈善事业的新典范。而且比尔·盖茨和梅琳达还被美国的《商业周刊》评选为最受欢迎的慈善家。在慈善事业方面，盖茨通常更注重有关疫苗研究和解决未来问题的科学方案，而梅琳达则更为关注如何帮助病人立即减轻病痛。
比尔·盖茨的基金会对中国也非常关注。2004年，比尔·盖茨与梅琳达基金会被中国批准为合格的境外机构投资者，向中国投资了1亿美元。2004年，基金会还派出专家来到深圳，考察了深圳有关艾滋病的防治能力，并与深圳有关方面进行了探讨。比尔·盖茨认为中国是个有趣的国家，因为中国一方面在接受其他国家的援助，另一方面还援助其他更为贫困的国家。
2007年盖茨基金会在北京开设了一个办事处，并投入了5000万美元用于解决中国的艾滋病问题。盖茨还表示，基金会在防治艾滋病这一计划上将会和中国卫生部保持密切合作。此外，盖茨基金会在农业方面也启动了一些相关计划。因为全球两大水稻研究中心分别在中国和菲律宾，盖茨基金会将通过与亚洲水稻研究人员的合作，研究出适合于非洲的水稻品种，并且想把中国的农业技术引入非洲，帮助非洲提高当地的农作物产量。
比尔·盖茨在2008年曾经表示盖茨基金会将再推出一项新计划来帮助中国人戒烟和对中国乙肝疫苗接种方面进行援助。在2008年中国的四川发生特大地震后，盖茨基金将130万美元捐赠给了中国卫生部，用于地震灾区的疾病控制和水源安全方面的工作。
盖茨也非常注重教育方面的慈善活动，他认为教育对人类来说是非常重要的事情。为了能改善低收入人群的学习条件，比尔·盖茨迄今为止已经投入了十多亿美元，单单向美国的一千多所中学，盖茨的基金会就投入了7亿多美元。在盖茨第九次来到中国时，他代表微软和中国教育部合作启动“携手助学”计划，在中国的中西部欠发达地区建设了一百多间计算机教室。根据微软和教育部的协议计划，微软将在未来五年内投入1000万美元，用以改善中国农村和偏远地区的基础教育。按照计划，微软将首先从农村中小学现代远程教育、师资培训等方面与中国教育部展开合作。
2009年比尔·盖茨以400亿美元的资产再次荣登《福布斯》全球富豪榜首位。比尔·盖茨在近年来的慈善活动中出手阔绰，曾经出资5000多万美元为当地贫困阶层和少数族裔建立了67座中学。在2010年1月29日，比尔·盖茨在达沃斯论坛的发布会上表示，盖茨基金会在未来十年内将会捐赠100亿美元，用于世界最贫穷地区的疫苗研究、开发与应用工作。