尼基弗鲁斯如今成了皇位最强有力的争夺者。与阿莱克修斯不同，尼基弗鲁斯乃“出身帝王家”(porphyrogennetos，字面意思是“出身于紫色之中”，因为皇宫里的卧室都是紫色的，因此在位皇帝的孩子都是出生在紫色的环境之中)。他的性格也很坚毅强势：具有天然的魅力，富有吸引力，长相英俊。就连安娜·科穆宁娜也对此印象深刻：“他身体强壮，号称能与巨人抗衡；肩膀宽阔，金发碧眼，比同辈人都要高出一个头。人们要是看见他在马背上打马球、射箭或一边疾驰一边挥舞长矛，准会惊得目瞪口呆，觉得自己一定是看到了不世出的天才。”sup45/sup
1094年，皇帝准备出征巴尔干，而尼基弗鲁斯也决定趁机起兵。他不打算假手他人，而是要亲自动手杀掉皇帝。一天傍晚时分，尼基弗鲁斯臂下藏着一把剑，接近了皇帝的营帐。但据说他并没有找到下手的时机，因为帐中有个年轻女仆在为睡着的皇帝扇扇子驱赶蚊虫，还有随同皇帝出征的皇后也在场。不久之后，尼基弗鲁斯再次失败，这一回是去洗澡的路上，一名侍卫发现他携带了武器。sup46/sup
得知尼基弗鲁斯的这些可疑行为之后，阿莱克修斯请自己的弟弟阿德里安(时任西部军队统帅)悄悄进行干预，以免发生公开的冲突反而威胁到自己的皇位。可是其实阿德里安对第欧根尼两兄弟的计划知道得比皇帝还多，他佯装查了一番，然后复命说在所谓的嫌疑人那里什么也没找到。sup47/sup皇帝此时只能采取更粗暴的手段了，他逮捕了尼基弗鲁斯，还对其用了刑，最终尼基弗鲁斯招供了一切。
当阿莱克修斯确切地知道了有哪些人参与过这场阴谋后，他震惊了。sup48/sup其中既包括前皇后玛丽亚(米哈伊尔七世和尼基弗鲁斯三世·伯塔奈亚迪斯的妻子，她曾与阿莱克修斯关系亲密)，也包括他姐姐玛丽亚·科穆宁娜的丈夫米哈伊尔·塔荣尼特斯(michaeltaronites)。sup49/sup此外，尼基弗鲁斯还赢得了元老院中的主要人物、军中高级将领，以及有影响力的贵族们的支持。sup50/sup提供了关于这一时期主要相关记录的《阿莱克修斯纪》当中没有指明这场叛乱具体涉及了哪些人，为了避免直接叙述令人尴尬的叛乱情节，书中只在一份外交文书中大概勾勒了密谋者的名单。不过，我们依然能够确定这场密谋的主要支持者，而其中最重要的就是阿莱克修斯的弟弟阿德里安。
这位帝国的西部军事统帅对尼基弗鲁斯来说是一个相当有价值的筹码。两人有姻亲关系，阿德里安娶了尼基弗鲁斯同父异母的妹妹。而阿德里安似乎也知道前一次谋反活动的细节，说明那次谋反他可能也参与了。sup51/sup还有一个证据也表明他曾参与其中：密谋暴露后，他就消失了。
阿德里安在第一次十字军东征中没有起到任何作用，他既没有指挥卫队，引导十字军穿越拜占庭领土，前往君士坦丁堡，也没有在他们抵达都城时予以接待。当皇帝一方与十字军一方发生争执而暴力相向时，皇帝别无选择，只能动用军队来对付骑士们，此时也同样没见到阿德里安的踪影，受命带兵反击的是其他人。1097年，无论在尼西亚围攻战之前、之中还是之后，他都没有出现。尽管他是帝国军队中级别最高的将领，但率领帝国军队渡海前往小亚细亚，并引导十字军去安条克的人，并不是阿德里安。众多关于十字军的原始文献当中，没有一份记录过他的名字，抑或隐约提及他的存在。事实上，他此时已经失宠。这就是他之所以在修道院度过余生，帝国各种昭告文书都不再出现他的名字，12世纪时他的子孙也被排除在权力圈之外的原因。sup52/sup
除他之外，还有一些重要人物从我们的视野当中消失了，这是因为他们也参与了谋反，其中就有尼基弗鲁斯·梅里森诺。他曾与阿莱克修斯公开争夺皇位，失败后就变成了一个满腹抱怨的人，经常挑皇帝的刺，是个公开的反动分子。sup53/sup这时他也同样被悄悄处理掉了。sup54/sup尼基弗鲁斯·科穆宁(nikephoroskomenenos)的情况也类似。此人生平不详，我们只知道1094年之前的某段时间里，他曾是帝国海军统帅。sup55/sup而到十字军东征时，他已经不在那个职位上了，取而代之的是尤斯塔西奥斯·基米内阿诺斯(eustathioskymineianos)。sup56/sup所以，反对阿莱克修斯的不仅是拜占庭的精英阶层，就连他自己的家族成员也在抛弃他。
阿莱克修斯的统治此时受到了严重威胁。他很快采取行动控制了这场阴谋实际牵涉的范围。一份流传甚广的报告称，这场阴谋是君士坦丁·都卡斯告诉皇帝的，而这根本不可能是真的。sup57/sup这场阴谋很有力地告诉了皇帝，他的人望已经跌到多么惨的地步，以致他要被迫依靠谎言来让大家相信他仍然拥有拜占庭内某些重要人物的支持。前任皇后玛丽亚参与的消息也被封锁，没让公众得知。sup58/sup《阿莱克修斯纪》表明，有许多重要人物以及军中要员都参与了这场阴谋。sup59/sup而此时皇帝的支持者“已经仅限于很少几个人，他的生命受到威胁”。sup60/sup
皇帝召集自己的血亲和姻亲们——也就是安娜·科穆宁娜所说的“那些真正忠诚于他的人”——开了一次危机应对会议。为了掌控局面，阿莱克修斯铤而走险：他宣布第二天要召开一次大集会，向所有跟随自己出征的人讲话。第二天黎明时分，一行人跟随阿莱克修斯来到他的营帐前，面向集结等待的军队。气氛紧张肃穆得让人受不了。sup61/sup
忠于阿莱克修斯的人站在他旁边，手持刀剑。瓦兰吉卫队围成一个半圆，肩扛他们的武器重斧，从后面护卫着皇帝。阿莱克修斯没有穿着帝王的长袍，而是身着普通士兵的衣服。这么做是充满了象征意义的。如果他在这场集会中被乱刀砍死，那也是作为一名战斗的士兵倒下的。皇帝的统治和拜占庭帝国的命运此时似乎都已经到了生死攸关的转折点。
“你们都知道，第欧根尼在我的手上没有遭受什么苦难，”阿莱克修斯说道，“把帝国从他父亲手中夺走的不是我，而完全是其他人。我也不是他遭遇的任何苦痛和邪恶的源头。”皇帝说，虽然他一直在照顾着尼基弗鲁斯，尼基弗鲁斯却总不知感恩，全然自私自利。阿莱克修斯继续说道，虽然自己不断原谅他们诋毁皇帝甚至阴谋推翻皇帝的行为，可第欧根尼却完全以怨报德。“然而，我这些好意却完全无法扭转他的叛逆之心。相反，他的感恩方式就是要置我于死地。”sup62/sup
让皇帝感到欣慰的是，他的演讲立刻引发了听众的激越反应。有人大呼，他们不希望任何人取代阿莱克修斯称帝。但这种反应并不是人们迎合他才说的，而是因为他们感到恐慌，害怕皇帝的卫队要对聚集起来的众人展开一场大屠杀。等阿莱克修斯说，只要人们能供出首犯们，让他们得到应有的处置，就将宽恕和赦免在场的众人，人群中才爆发出一阵乱哄哄的声响。“声浪轰然，在场的人从未听闻过这样七嘴八舌的场面。有人赞扬皇帝，叹服于他的善意和宽容，其他人则在诅咒(谋逆的主犯们)，坚称要把他们处死”。sup63/sup
最终，主谋们虽然罪孽深重，却还是被免去了死刑，只是被剥夺了富贵恩宠，遭到流放。尼基弗鲁斯·第欧根尼和他的头号帮凶卡塔卡隆·恺考梅诺思(katakalonkekaumenos)被刺瞎。sup64/sup但是，此次谋逆显露出的反对力量如此之强，还是让阿莱克修斯感到震惊。据安娜·科穆宁娜所说，这场叛乱对他的身心健康都产生了极大的影响。sup65/sup安娜称，在她父亲其后的统治期里，焦虑始终挥之不去，有时竟令他无法呼吸。sup66/sup
虽然11世纪90年代初拜占庭在小亚细亚的种种挫败是人们想罢黜阿莱克修斯的主要动因，但点燃帝国精英们怒意的导火索，却是阿莱克修斯皇帝做出的大规模征讨西北部边界的决定。这个决定让精英们觉得自己在帝国心脏区域的利益被有意忽视了。阿莱克修斯1081年夺取皇位后能顺利执政的核心要素，就在于他巩固了权力，创建了一个每项人事任命、每次军事行动以及每项政策都出自他自己的政治体系。而这也意味着贵族的权威和影响力被削弱，这是间接地通过强化皇帝居于中央的角色，以及直接地通过削减甚至取消俸禄而形成的。沉重的赋税、官方的利润盘剥，以及出于政治目的的财产充公，也起到了削弱拜占庭统治阶级的作用。
这样对待帝国的贵族们，已经将阿莱克修斯的统治逼到了崩溃的边缘。1094年发现并处理了第欧根尼的谋逆事件之后，阿莱克修斯一回到君士坦丁堡，就马上开始了对统治阶层的肃清。在他统治前半期曾位居高位的那批人如今全被一批新人取代。新官员的选取标准不是家世、政治背景抑或自身的政治重要性，而是更加直接明确的标准：完全忠于阿莱克修斯。这次肃清主要的受益人就包括来自西部行省的一些人。这其实也是帝国本身的一次重塑，标志着权力分配上的决定性转移：从旧的拜占庭王朝的安纳托利亚贵族手中，转移到了一批来自色雷斯的新崛起的家族手中。
也有其他人飞黄腾达。第欧根尼谋逆之后，曼努埃尔·伯托米特斯(manuelboutoumites)首次出现在了历史记录中，从一个籍籍无名之辈，一跃成为掌管拜占庭帝国若干最重要职责的人。他将在第一次十字军东征中扮演重要角色。尤迈西奥斯·费罗卡勒斯(eumathiosphilokales)为人粗鲁顽固，以致有位圣人曾觉得连祈祷也无法拯救他。但他却从伯罗奔尼撒的边缘地方被提拔了上来，阿莱克修斯对塞浦路斯的权威一确立，就任命他为该岛总督。sup67/sup还有像尼科塔斯·卡里克斯(niketaskarykes)和尤斯塔提奥斯·基米涅阿诺斯(eustatioskymineianos)等人，也在这次反叛发生之后得到了提拔。sup68/sup而尼基弗鲁斯·比伦尼奥斯则由皇帝亲自指定，代替君士坦丁·都卡斯，成了安娜·科穆宁娜的未婚夫。sup69/sup
1094年的巨变使得更多的异邦人升到了高位。十年前开始为皇帝服务的诺曼人彼得·阿里法斯，此时更加受到皇帝的倚重。sup70/sup帝国海军则交给了兰道夫(landulph)指挥。他的名字显示出他的伦巴第出身，而他也成为第一个指挥帝国舰队的非拜占庭人。sup71/sup与此同时，一向备受器重的塔提基奥斯这时已经被推到了军中顶峰，他也将在第一次十字军东征期间承担一项极为敏感和重要的任务。sup72/sup
只有极少数的高层官员在这次清洗中幸免。乔治·帕莱奥罗格斯和约翰·都卡斯没有退出历史舞台，前者将在与十字军的谈判中极力为皇帝争取权益，后者则与君士坦丁·达拉森诺斯一道，sup74/sup率军收复了小亚细亚西部。sup73/sup要知道将旧的一批帝国护卫全部清理掉是有风险的。不分青红皂白把所有曾经支持过第欧根尼或曾表示出不满的人都清理掉，会造成真正的危险状况。因此，在某些情况下，清理是分阶段进行的。比如尼基弗鲁斯·梅里森诺在这次叛逆之后的好几个月，都还活跃在1095年春对库曼草原游牧民族的征战中，只是受到了新提拔的高级将领们的监视，此后，就慢慢地消失在了历史舞台上。sup75/sup
尽管做出了种种努力，阿莱克修斯对权力的控制仍然有些不太牢靠。1095年伊始，这种状况变得更加明显。当时有消息传来，称一个凶猛的库曼部落托戈塔克(togortak)已经越过了多瑙河，正在进攻帝国领土。据说与库曼人一道前来的一人自称列奥·第欧根尼(leodiogenes)，是皇帝罗曼努斯四世之子，他想趁拜占庭国中人心浮动及他“兄弟”尼基弗鲁斯·第欧根尼的叛乱刚被平息之际，寻机挑事。此人一路引领库曼人来到色雷斯的阿德里安堡(adrianopole)，将这个重要城镇重重围困了好一段时日，而库曼游牧民又在巴尔干半岛的别处制造了恐慌气氛。sup76/sup尽管库曼人最终回到了多瑙河对岸，但拜占庭的危机却仍然在持续发酵。
然而，最紧迫的问题还是重新征服小亚细亚，尤其是收复尼西亚。阿莱克修斯之前本想用计收复该城，但收买或骚扰其守军的方法都没有奏效。sup77/sup剩下的解决方案就只有一种了：艰难的围城战。但这需要有相当的军力，最好是有一支擅长攻坚战的军队。而阿莱克修斯需要的这种人力和技术来源，显然只有一个。
希腊中部城市，塞萨利大区首府。——译者注
小亚细亚古代城市，当时位于密西亚(mysia)域内，赫勒斯滂海峡(今达达尼尔海峡)沿岸。——译者注
指其他民族(主要是拜占庭希腊人)与游牧野蛮民族的混血儿。——译者注
阿莱克修斯一世手下一员大将，生平不详，曾出任拜占庭帝国的东部兵马大元帅(stratopedarches，希腊语直译为“营帐总管”，此官衔的高低根据时期不同有所差别，但在10—13世纪的拜占庭帝国中是军中最高等级的官职之一)。——译者注
曾支持阿莱克修斯夺取皇位，但1092年却联合他人谋叛。——译者注
约等于8093平方米。——译者注
小亚细亚弗里吉亚地区的古代城市，位于今土耳其代尼兹利市以北约6公里处。从其城市河港可直接航行入地中海。——译者注
英文通常写作mopsuestia。古代城市，位于今土耳其阿达纳以东约20公里处。从其城市河港可直接航行入地中海。——译者注
今土耳其安塔利亚，位于安纳托利亚海岸，邻陶鲁斯山脉，是土耳其在地中海沿岸的最大港口城市。——译者注